科研大咖手把手教你单细胞测序数据分析与课题设计

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单细胞测序数据分析与课题设计

（网络精讲班）

（两天一晚    ZOOM网络会议，时间：2020.5.16~5.17号）

为帮助正在或打算开展单细胞课题研究的科研人员尽快掌握单细胞相关研究的思路与方法， 考虑目前在疫情期间的实际情况，我们决定5.16-5.17号召开【单细胞测序数据分析与课题设计（网络精讲）学习班】，为了保证学习效果，我们采用国际顶级的ZOOM网络会议平台授课，效果体验好！

---发过Nature文章的大咖手把手教你单细胞测序数据分析与课题设计

 【网络学习班背景】

单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。单细胞技术以及数据分析方法在肿瘤、发育生物学、免疫学、神经科学等领域有重要应用，是现今生命科学研究的焦点。

【学习班特色】

本次课程以近期CNS文章为案例主线，逐一详细剖析，全程电脑实战教学。理论与实践相结合，老师将以最简单易懂的方式，既介绍单细胞测序的研究方法、分析内容和最新前沿进展，又介绍具体的数据库、工具和软件的使用，并在课堂上进行上机指导。讲师经验丰富，教学深入浅出，能让大家获得从单细胞组学原始数据实现CNS图形绘制的实战能力。

【讲师背景】

中科院研究员，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，目前已在Nature等杂志发表文章四十多篇，承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。

【主要内容】

详细内容见课表

1.熟悉单细胞组学图表解读和研究思路。

2.掌握单细胞组学分析标准流程和常用软件。

3.熟悉单细胞数据的分型和marker基因鉴定。

4.掌握单细胞数据的轨迹分析及功能富集分析。

5.了解单细胞课题设计方法及研究思路。

【预期目标】

本学习班由多年从事单细胞组学研究的科研人员授课，通过深入浅出的理论讲解和实例案例，帮助学员拓展研究思路，提升科研水平，增加职业竞争力。通过本次课程培训将使学员系统掌握当前主流的单细胞组学分析流程、方法和软件，从零基础实现到CNS图表的绘制，同时提升研究深度和广度，拓宽研究思路。

【使用软件】

主要使用R和Rstudio，部分涉及Lniux

以下为课程详细课表

单细胞测序数据分析及研究思路研讨会议程
第一天上午（理论）	9:00-10:30	单细胞测序技术与应用	1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。
2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。
3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	单细胞测序图标解读及思路	4. 单细胞文章常见图表解读。
5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。
	12:00-13:30	午餐及午休
第一天下午（实操）	13:30-15:30	Linux及R语言入门、软件安装	1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。
2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。
3. R语言语法介绍及常用命令。
15:30-15:45
15:45-17:00	R语言数据处理实操	4. 数据处理功能及统计应用。
5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。
	17:00-18:00	晚餐及休息
第一天晚上（理论）	18:00-21:00	单细胞转录组数据分析思路及流程	1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。
2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。
3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。
4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。
5. 基因富集分析和可视化。
第二天上午（实操）	8:45-10:30	单细胞数据可视化、细胞分型	1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。
2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。
3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。
10:30-10:45	茶歇
10:45-12:00	单细胞数据marker鉴定及差异分析	4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。
5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。
	12:00-13:30	午餐及午休
第二天下午（理论+实操）	13:30-15:00	单细胞数据轨迹分析，功能富集	1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。
2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。
3. 单细胞数据分析总结。
15:00-15:15	茶歇
15:15-17:00	单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备	1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。
2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。
备注：必须携带电脑，上课主要软件为R和Rstudio，涉及部分Linux系统，讲师会详细带着操作

培训时间和培训方式

网络班时间：2020/5/16-17        培训方式：ZOOM网络会议

网络学习班主办：医药加科研培训中心

网络学习班承办方：上海遐永医药科技有限公司

学习费用

学费 2800元/每位（两天一夜晚集中网络授课，互动性好，可开发票，可回放）

优惠政策

1. 疫情过后，可补差价参加医药加线下同名班

2. 参加过医药加同名线下班的学员，只要300元复听费用（推荐新学员的，免收复听费用）

3. 办理了VIP年卡的学员是免费参加的。

4. 分享到朋友圈并且推荐评论的，可以减免100元

注意：此次课程为线上直播教学模式，ZOOM网络会议平台授课，体验与质量有保证！

报名付费成功后，提前发培训需要应用到的软件与课件，并且指导安装。

参加培训的学员课后可通过微信群继续和老师交流，长期获得指导机会。

可以开正规会务发票或者技术服务费发票。 

                    本次网络学习班报名通道，扫码报名

医药加平台简介医药加平台创立于2016年（上海遐永医药科技有限公司），采用线上网络课堂与线下培训相结合的方式，整合资源，构建平台，为广大科研人员，医生、医学生提供整体完善的科研培训。目前已覆盖受众40余万科研人员。
医药加平台已经聘请了上百位各研究领域的专家（以医学，生命科学教授为主），都具有丰富的课题设计指导，高水平论文指导，国自然项目评审经验。 医药加金牌学习班自开办以来，已经成功举办了几百期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。 2017-2019年医药加学习班全年数据：金牌学习班场次：350+培训出的学员人次：9000+开设金牌课程数量：20门+开班城市：北京，上海，广州，深圳，南京，成都，武汉，长春，哈尔滨，大连，昆明医药加网络课堂参与人次：10万人次培训合作单位有：中科院，北大，清华，交大，浙大，复旦，南大，山大，吉大，武大，协和，首都医科等各地医科大学，全国各省中医药大学，以及全国各省市三甲医院。

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