这3款好用的论文协作工具，快收藏！

需要咨询科研服务？点击上方蓝字关注我们

 “Nature Research 科研服务” 是自然科研的官方服务号，依托Nature百年积淀， 致力于为中国科研共同体提供全方位的科研服务。

原文作者：Jeffrey M. Perkel

科学家的文件共享工具。

科学研究是一项协作性的工作，无论是撰写论文或基金申请，还是征求论文委员会的反馈意见，研究人员经常需要撰写、编辑并与同事共享文件。

Federico Caputo / Alamy Stock Photo

在他们的工具箱中，最熟悉的除了微软的Office，可能就要数谷歌（Google）的Docs、Sheets和Slides了，这些也能在联合编辑的协作模式下使用。但是，除此之外还其他许多替代工具。

其中之一就是协作编写平台HackMD。例如，在每周的实验室会议上，伦敦艾伦·图灵研究所的研究员Kirstie Whitaker会给她的研究团队布置一点家庭作业。“实验室里的每个人都要分享一条信息让大家学习，而且每个人都要提一个问题。”她说。

“我们每个人都有一些东西可以拿出来讨论，我们可以一直向他人学习，”Whitaker解释说，“而且我们可以提出问题，尝试建立联系，形成社区。”

为了收集大家的回答，Whitaker在HackMD上创建了一个可共享的文档。她在团队Slack上共享了文件的URL，成员们可以直接在文档上进行答复。之后，她将同样从HackMD上收集到的会议记录整合成一篇公开的博客文章——这是她实验室活动的公开记录，契合Whitaker提倡的开放科学精神。

像HackMD这样的协作编写工具一般都是基于云端的，允许多名作者在同一文档上工作，而不需要将文档由一个人发给另一个人（有时是同时发送给多人）。

隐私功能让作者可以决定谁可以和谁不可以阅读和编辑他们的文档，而版本控制工具则允许他们查看文档如何随时间推移发生变化。

由于这些系统一般都使用纯文本文件格式，由此产生的文档非常方便下载，而且很容易通过任何基本的文本编辑器进行离线编辑，和/或同步到版本控制系统，如GitHub。 

使用哪种系统取决于你和你的合作者的技术能力，以及隐私方面的考虑。在这里，我们可以考虑三种选择。

HackMD

HackMD（个人免费使用；付费账户5美元/月起）是一个基于浏览器的编辑器，用于编辑用Markdown编写的文件。

Markdown是一种简单的纯文本文件格式，其中的格式选项——粗体文本、斜体、超链接、高亮显示等——都被编码在文本本身中。这使得使用版本控制软件（如Git）跟踪变化（包括格式）变得简单。

“利用Markdown，原始文本只需要一点点格式，就可以很好地渲染页面，”Whitaker解释说。“但它非常轻量级，而且真的非常有利于版本控制。”

HackMD的编辑界面包括两个并排的面板。左边，Markdown文件在一个简单的编辑界面中呈现；右边，文件渲染为一个格式化网页。

编辑界面中的语法高亮显示（Syntax highlighting）提供视觉提示，而工具栏则提供指向-点击式（point-and-click）格式选项，如粗体、复选框和超链接。

HackMD文件可以是公开的，也可以是私有的，多个合作者可以同时对文件进行处理。“它就像Google Docs一样，可以多人实时同步编辑，并看到结果。”使用HackMD的加州大学戴维斯分校的生物信息学家Titus Brown说。一个名为"HackMD-it"的可选浏览器插件允许用户搜索和打开文件，并在HackMD上编辑GitHub文件。

Brown使用HackMD来撰写博客文章，也用它征求别人的意见，以不断充实自己的想法。

“我经常使用HackMD做东西，在我做的过程中就拿给别人看。”他说。

至于Whitaker，除了实验室会议之外，她还利用HackMD来帮助改进面对面的研讨会。在研讨会结束后，她会邀请与会者通过Plus/Delta（+/Δ）提交匿名反馈，要求用户写一句话，表明他们喜欢什么（+），想要改变什么（Δ）。

“那真是一种非常有趣的体验，”她说，“在会议结束时，看着这个文档，嗖!——被一下子填满。”

Manubot

当多个作者编辑同一个文件时，跟踪修订会成为一种累赘。微软Word和Google Docs的"跟踪修订"功能可以显示文件的更改情况。

但是，随着越来越多的合作者对文件进行修改，就很难弄清楚发生了什么：例如不可能只查看某一个人或在某一特定时间点所做的修改。

有一次，宾夕法尼亚大学的生物信息学家Casey Greene在着手协调对生物学领域的深度学习进行大规模综述时，精准地预见到了这个问题。于是，他的团队成员Daniel Himmelstein与威斯康星大学麦迪逊分校的Anthony Gitter合作，开发了一个解决方案：Manubot。

Manubot （manubot.org）"是一系列的软件包，并能将它们联系在一起，让你把一个GitHub库变成一篇个人发表的手稿。"格林说。

简单地克隆GitHub上的Manubot ‘rootstock’库。然后，用Markdown写下你的论文，推送到你的rootstock克隆，Manubot就会自动检查文档的错误，创建参考文献目录，拉入（和编号）图表，并输出格式化的HTML、Word或PDF文件。 

任何人都可以编写或编辑文本：先在GitHub上找到存储库，在网络浏览器中编辑页面，然后将自己的修改以"拉取请求"（pull request）的形式"推送"回GitHub，这会邀请文档维护者来评估他们所做的修改。一旦这些修改被批准，Manubot软件就会启动，确保没有引入错误（例如，无法解析的引用）。

Manubot为创建参考文献目录提供了极大的灵活性，Greene说，它允许用户用DOI、PubMed或arXiv ID、URL或ISBN编号列出参考文献。

"我讨厌去维护一个有DOI以外的另类标识符的库，"他解释说，"因此，对我来说，按一致标识符引用是一个杀手级功能。"

话虽如此，Manubot确实要求作者能够自如地使用GitHub——Greene的一些合作者并不愿意跨过这个门槛。事实上，在这里介绍的工具中，Manubot可能是技术要求最高的。不过，他还是说："我想说，如果是一篇开放的、合作完成的论文，我不知道还有什么更好的工具。"

Overleaf

对于物理学、数学和计算机科学界的研究人员来说，严肃的文档编写涉及LaTeX——一种类似于软件代码的排版语言。

因此毫无意外的是，当欧洲核子研究中心（CERN）的研究人员在2016年发起一项试点研究，以测试评估大家喜欢在CERN内使用什么样的协作编写系统时，绝大多数人都选择了基于LaTeX的系统。

这项研究由计算工程师Nikos Kasioumis和时任CERN出版人的Valeria Brancolini领导，它要求45名来自不同学科和部门的员工考虑三种协作编写平台：Overleaf——一个基于网络的LaTeX和所见即所得的"富文本"编辑器；Authorea——一个基于网络的平台，支持LaTeX、Markdown和富文本；以及doDOC。

Overleaf（个人免费套餐；学生套餐8美元/月起）以63%的投票领先；Authorea和doDOC分别获得了23%和14%的投票。

自2017年试验结束以来，CERN社区广泛接受了它的选择，Kasioumis说，Overleaf的采用率在CERN跃升了11倍，达到约4500个用户。(Overleaf为Digital Science所有，Digital Science是由霍尔茨布林克出版集团运营的一家公司，霍尔茨布林克出版集团持有自然指数的出版商施普林格·自然集团的一定股份。)

CERN紧凑型直线对撞机（CLIC）项目的工程师Markus Aicheler是试验的参与者之一。几年前，他使用LaTeX与人合作编辑了一份长达800页的CLIC实验"概念设计报告"。

但是由于每个编辑都有不同的计算设置，而且安装了不同的LaTeX库，因此将文本从一个人发给另一个人是很痛苦的，他说。另外，他们当时使用的是一种叫做“SVN”的版本控制系统，而这些编辑都不精通该系统。

"最后的效果还算不错，但我们损失了很多时间，付出了很多心血。"他说。

更平坦的道路

所以，当2017年要整理CLIC"项目实施计划"的时候，Aicheler和他的合作编辑们希望在继续使用LaTeX的同时，让这个过程变得更简单。

和HackMD一样，Overleaf也提供了一个双面板界面：左边是LaTeX代码编辑器，右边是实时渲染的输出。（LaTeX新手可以选择在"富文本"模式下进行编辑——带有常用格式选项按钮）。

Overleaf同时提供了"跟踪修订"和批注功能，还可以使用Git记录修订详情，而且Overleaf项目可以同步到GitHub上进行离线编辑。此外，还有大量的LaTeX模板库（包括期刊模板）可供选择，一些期刊还允许研究人员直接从Overleaf提交稿件进行审稿。

Patrick Koppenburg是CERN的一项大型强子对撞机实验的编辑委员会主席。该委员会由11人组成，负责审查每年从该实验中产生的50来篇论文。他和他的同事使用Overleaf来帮助协调委员会和稿件作者之间的沟通。 

Koppenburg 解释说，每篇论文由一个三人小组负责，最初每一位成员都会同时阅读稿件的 PDF 版本并提出意见——往往会产生相同的意见。现在，他们可以直接对稿件文本进行编辑和评论——这是一个更高效的过程，尽管也是一个更漫长的过程。

对于Aicheler来说，Overleaf的杀手级功能是其能够处理参考文献和生成文献目录。传统的LaTeX工作流要求用户以".bib"文件形式从参考文献管理器中导入参考文献，或者手动输入。

这给协作性项目带来了挑战，因为随着不同的研究人员都对参考文献数据库做修改，这些文献列表可能会不同步。Overleaf允许用户直接从Mendeley或Zotero连接一个群组参考文献库，这意味着他们的主数据库始终是最新的，即使有多个研究人员在使用它。

"在LaTeX中，参考文献曾经令人头疼，但是现在已经成了一件轻松的小事，"Aicheler说，"它真的发生了180度大转变——绝对是一个强大的功能。"

若要开始使用 LaTeX，请查看 overleaf.com 上的教程。如需有关Markdown的帮助，请尝试查看Markdown指南。

原文以Three ways to collaborate on writing为标题发表在2020年1月10日的News上

©Nature

点击“阅读原文”查看英文原文

更多阅读

版权声明：

本文由施普林格·自然上海办公室负责翻译。中文内容仅供参考，一切内容以英文原版为准。欢迎转发至朋友圈，如需转载，请邮件[e-mail]。未经授权的翻译是侵权行为，版权方将保留追究法律责任的权利。

© 2020 Springer Nature Limited. All Rights Reserved

喜欢就转发或点个“在看”吧⇣⇣