[一句话贩焦] XBB，大趋同时代的邪恶结晶，凶兆初现

各位早上好上午好中午好下午好晚上好！

昨天简单搞了个收豆文章的试验，以备之后不时之需，

现在重发免费版，希望各位喜欢~

另外，为表诚意，今天额外附送一大坨焦虑值，见文末（昨天看过收豆版的朋友也请不要错过哦）

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——首先请品鉴：

↑ 以上是来自鲁汶大学巨佬Wenseleers老师的建模预测，铁口神算了可以说是。

总之，前几天咱们品鉴过Wenseleers老师针对次世代毒王竞争者们的增长优势预测，

现在更详细的按地区分层版本来了。

具体来说：

• 本文主角XBB在亚洲增长优势明显、在大洋洲也接近BQ.1.1；
• BQ.1.1在除了亚洲之外其他地区保持领先；
• BA.2.3.20则在除了亚洲之外所有地区都紧咬BQ.1.1。

战况焦灼啊可以说是……

所以啦，咱两个星期之前的抢跑，基本上算是命中靶心了，详见：

也许有朋友会问：

”可是拍老师，按照Wenseleers老师的铁口神算，次世代三小强里头，明明是BQ.1.1最猛，BA.2.3.20其次，为啥你偏偏就看好XBB呢？”

原因很简单：

• 一来，BQ.1.1的成绩，绝大多数是靠着测序数量较多的欧陆和美帝刷出来的。而XBB的表现，靠的则是测序数量明显低很多的亚洲地区来反映；
• 二来则是因为，BQ.1.1略老（并没有），8月初就登场了，9月中旬展露出毒王风范，前后间隔了一个多月。而XBB则直到9月初才在孟加拉以外的地方冒头、9月12号初现增长优势，然后……短短两周时间就在新加坡完成了从零到主流毒株交替……

于是问题就来了……

前几天在《巴塞尔报告（第六期，2022年10月2日）》这篇文章里头，

咱搬运的那张“集齐五朵金花立地成神”示意图，

上面XBB明明只排在第三档……

——请回顾品鉴：

那么为啥这货的增速，

反而远远超过了第四档的4种变异株，

甚至跟第五档的BQ.1.1平起平坐了呢？

原因在于，Johnson老师这幅世界名画，

它的作用毕竟只是通俗易懂地说明一个现象，即：

Omicron的徒子徒孙们正处于“大趋同时代”（The Great Convergence）。

但涉及到趋同演化的那些热点突变，

其实远远不止Johnson老师点名的那五朵金花。

所以咯，严谨的Cornelius小哥，前两天利用Cov-Spectrum平台搞了个更严谨的“大趋同时代”计算器。

——请品鉴：

解说一下：

• 以上是Cornelius小哥版本“大趋同时代”的计算结果，使用了Cov-spectrum平台的数据和算法；
• Cov-spectrum平台的数据则全部来自于GISAID数据库（有3天左右延迟）。不过Cov-spectrum提供了比GISAID好用一百倍的检索功能；
  
• 其中Cornelius小哥的检索逻辑是“[x-of: S:346T, S:356T, S:444, S:445, S:450, S:446, S:452, S:460K, S:486, S:490, S:494P]& ! (S:444- | S:445- | S:450- | S:446- | S:452- | S:486- | S:490-)”……也就是说，他认为趋同突变位点不止Johnson老师所说的五朵金花，而是多达11朵金花，即：346、356、444、445、450、446、452、460、486、490和494（其实还是不止）。

总之，根据Cornelius小哥的计算：

• 当前已经有很多子分支集齐了十一朵金花当中的三朵，包括深受CDC重视的BA.4.6和BF.7。这个档次的子分支绝对数量最多，然而增长率最低；
• 有五个子分支的收集进度达到4/11档次，即：BA.2.75.2、BQ.1、BM.1.1、BY.1和BA.2.3.20。这部分子分支绝对数量略低，但增长率明显更快；
  
• 另有四个子分支收集进度达到5/11档次，即：BQ.1.1、BN.1、BM.1.1.1和CA.1，这一档各个都是怪物了可以说是……增长率触目惊心；
  
• XBB则独占一档，收集进度为6/11，增长率傲视全场；
  
• 暂时还没有收集进度更高的存在

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最后，Cornelius小哥表示，

上述计算器只涉及刺突蛋白RBD结构域的增益突变，

然而硕大一个刺突蛋白，除了RBD之外，还有其他不少重要的结构域。

比如北大曹老师就表示：

“XBB的NTD结构域突变，比如V83A，really bad……”

“针对NTD结构域的单抗，有一个算一个，全部拉胯……”

——请具体品鉴：

↑ 解说解说：

• 上边的单抗中和测定表，想必不需要解说了，绿框框出来的，就是XBB的战绩，NTD单抗基本全灭可还行？
• 下边的NTD结构图，紫色高亮的部分（标记为α），是针对BA.5有效的主要NTD中和抗体表位。然后绿框标出来的全都是XBB特征突变（从BJ.1那边儿继承下来的）……突变成这样，怪不得中和抗体全灭呢

所以咯，情况就是这么一种情况：

大趋同时代的邪恶结晶，

已经在凛冬将至的时候悄然诞生。

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各位，转眼一天时间过去了，

上面提到的好几条信息都有了新进展。

——请首先品鉴：

↑ Wenseleers老师专门为新加坡跑了个预测，

结果显示，XBB已经在新加坡成为主流毒株；

不是即将，而是已经……

或者更具体地说……

前两天咱这边太粗心，然后Wenseleers老师也犯了差不多的毛病……

总之，上图有点笔误~

在新加坡一桶浆糊的，并不是普通版XBB，

而是其子毒株XBB.1（额外多出了刺突蛋白G252V和ORF8:G8stop）……

——请品鉴：

↑ 可以看出，XBB.1相对于XBB额外多出来的两个突变，发生频率从9月初的0%迅速蹿升到9月底的95%左右~

或者也可以说，XBB在诞生之后，暗搓搓地经历了一次适应性演化，获得了额外的fitness，完成了自我取代。

啊……这内卷而励志的演化史！

那么问题就来了~

XBB.1还有没有可能继续快速演化呢？

——请再品鉴：

Cornelius版“大趋同时代”计算器今天更新了最新计算结果。

之前说XBB之上暂时没有段位更高的存在……这条记录已经被打破了~

如上图红字所示，市面上已经有了两条金花收集进度7/11的怪物。

很不巧，这两条怪物序列都是来自印度的XBB.1加额外的刺突蛋白K444R突变。

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最后，附几张来自新加坡卫生部的应景图表。

——请品鉴：

↑ 9月9日到10月6日期间，新加坡新增确诊人数七日滚动均值（左），以及新增确诊人数环比变化率。

——请再品鉴：

↑ 9月9日到10月6日期间，新增确诊病例数，按年龄段分层（20-39岁年龄段醒目！）

——请继续品鉴：

↑ 9月9日到10月6日期间，入院病例数，按年龄段分层~

——请接着品鉴：

↑ 9月9日到10月6日期间，需输氧的病例数，按年龄段分层~

——以及，含焦量最高的来了，请最后品鉴：

↑ 9月9日到10月6日期间，ICU病例数，按接种状态分层~

大趋同时代的邪恶结晶，凶兆初现

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