自动计数菌落和细胞——Image J软件零基础教程

张老湿按：Image J具有两大核心功能：对WB条带进行灰度分析和自动计数，上一期已经分享了灰度分析，这期分享自动计数的教程！教程作者李一关童鞋，李一关童鞋顺路还把如何下载得到Image J软件也告诉大家了~所以，再在后台问软件哪里有下载的，当心我揍你们~

image J是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Windows，Mac OS，Linux等多种平台。重要功能就是对图像的区域和像素进行统计（大小），包括长度，角度。阳性点密度和数量。除此以外，它还有一个非常吸引人的优点——完全免费！

开始本期教程：

1、安装软件

直接在搜索引擎搜索「image J」

从官网下载软件

下载后解压即用

无需安装

2.打开软件

可以看到界面非常简洁

3.图片前处理

点击「File」→「Open」

打开想要数数的图片

本图需要裁剪到培养皿的轮廓

所以选中主程序的「圈选」功能

圈中需要计数的中间部分

点击「Edit」→「Clear Outside」

可以看到外边缘被删除

4.调整阈值

点击「Image」→「Type」→「8-bit」

可以看到图片被转为灰色

点击「Image」→「Adjust」→「Threshold」

右侧出现灰度直方图

不玩摄影的朋友可能不怎么看图像的直方图

解释一下

灰度直方图是将数字图像中的所有像素，按照灰度值的大小，统计其出现的频率。它表示图像中具有某种灰度级的像素的个数，反映了图像中某种灰度出现的频率。

在此图上我们看到两个峰，左侧的大峰是除菌落以外的灰度分布，因为显然菌落占的空间小，所以应该用底下的两个拖动条，框选右侧峰，即选中我们需要统计的灰度分布。看到菌落都在红色范围，点击「Apply」应用。

我们发现有部分菌落粘连，会影响统计结果

所以点击「Process」→「Binary」→「Watershed」

将其分开

分离效果如下：

5.计数

点击「Analyze」→「Analyze Particles」

弹出以下选择框

Analyze particles 菜单下：

Size（pixel^2）:0-Infinity 表示需要分析的粒子的大小范围，作用是用以除去过小的杂质粒子。

Circularity：0-1 圆度，默认范围是0-1，在此我们不需要选择。粒子越接近圆圆度越接近1。标准的圆的圆度为。

Show：选择outlines显示计数的细胞轮廓和计得细胞数编号，还有其他选择。Nothing，图象和叠加图都不会显示。

对于细胞计数来说一般Outlines即可。

下面勾选的是Display results，显示结果。

Clear Results，重复测量之前被测量的结果将被清除。

Summarize，对结果做总结。

在此，我选择Size（pixel^2）:10-Infinity，Show：outlines，Display results，Clear Results,Summarize，点击OK

计数界面就都出来了

tips：在Size选择时，是以像素为单位，所以不好估计尺寸时可以多试几次。

右键之后可以直接存为excel

到这里，这次的教程就结束了，想说明的是，此软件很好上手，有多好上手呢？笔者试了20分钟就写出了这个教程。所以推荐各位下载一个试玩一下。

本文来自公众号：关于LYG