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数据说话!深扒第一个新型冠状病毒潜在抗体药物!

ForteBio ForteBio 2020-09-03




康复期血清疗法 (convalescence-phase plasma therapy) 是一种很经典的治疗方案,就是把已经康复的病人血清提取出来,本质上就是抗病毒的抗体,作为药物再注射到其他病人的体内。例如中和抗体mAb114于2019年5月被美国FDA授予突破性药物资格,将埃博拉病毒感染的致死率从67%降到11%;考虑新型冠状病毒2019-nCoV与SARS-CoV的基因比较相近,那么可以中和SARS-CoV的抗体是不是也可以中和2019-nCoV呢?考虑新型冠状病毒2019-nCoV与SARS-CoV的基因比较相近,那么可以中和SARS-CoV的抗体是不是也可以中和2019-nCoV呢?目前2019-nCoV新型冠状病毒在中华大地施虐,各个科研机构开足了马力在筛选药物和研发疫苗。复旦大学基础医学院的应天雷课题组在1月28日发表了预印版文章【1】通过实验证明了从原先SARS病人体内提取的一株抗体可能是针对新型冠状病毒的潜在药物。









靶点蛋白制备与检测


作者选取的靶点是2019-nCoV 的S蛋白的RBD结构域(刺突蛋白的受体结合结构域,下面简称S-RBD),这个是针对冠状病毒疫苗和药物最热的靶点。一个潜在药物必须验证其与靶点的亲和力,首先需要获得靶点蛋白。2019-nCoV基因序列在1月10日公布,并发现2019-nCoV的受体和SARS-CoV一样是ACE2【2】


然后作者马上委托公司合成靶点S-RBD基因序列;通过HEK293真核表达系统表达(S蛋白是糖蛋白,存在翻译后修饰,用真核表达比较保险),并融合了Avi-tag标签和HIS标签;用镍柱进行纯化后,用SDS-PAGE和A280分别鉴定纯度和浓度。


在生物膜干涉技术(BLI)检测中,因为有Avi-tag,可以体外用生物素化连接酶对S-RBD进行生物素化,然后固化在链霉亲和素传感器上。这种生物素化为定向生物素化,只在末端带一个生物素,可以最大程度的保持蛋白活性。


为了检测S-RBD的活性,用BLI技术(Octet RED96相互作用仪)检测靶点与受体ACE2的亲和力(如下左图),并和之前报道的SARS-CoV的S-RBD和ACE2的亲和力(如下右图)进行对比【3】



左图:2019-nCoV的S-RBD与ACE2亲和力检测(BLI法) 右图:SARS的S1蛋白与ACE2亲和力检测(BLI法)


2019-nCoV的S-RBD与ACE2的亲和力在十几个nM级别,和之前报道的同样用BLI检测的SARS的S1蛋白与ACE2的亲和力差不多。


这个数据不仅说明靶点蛋白具有良好的活性,而且第一次检测到了2019-nCoV和受体的亲和力,意义也非常重大。S蛋白与受体的结合是病毒侵染人体非常重要的一步。一般来说,病菌与宿主受体的亲和力越强,宿主越容易感染病菌。如果2019-nCoV的S-RBD与受体的亲和力和SARS相似,是不是意味着两者的易感性一样呢?


但是陈老师认为,虽然两个数据都是BLI法测试的,并且使用了同样的表达系统获得S蛋白,但是实验有几点不一样:

1

蛋白来源的融合标签不一样,右图是Fc融合,左图是生物素化;

2

所用的固化方式不一样,右图是氨基偶联,左图是链霉亲和素;

3

实验的缓冲液也不一样,右图是pH8.0的缓冲液,左图的未透露,只说是PBST,一般为pH7.4。



所以两种冠状病毒的S蛋白与ACE2的亲和力是否一致,还需要进一步鉴定,至少需要在同样实验条件下进行测定。

潜在药物抗体的亲和力


文选取了三个SARS-CoV和一个MERS-CoV的抗体,分别针对SARS-CoV和MERS-CoV S RBD蛋白的抗体,并检测它们与S-RBD的结合力。这些抗体已经证明具有中和SARS-CoV和MERS-CoV的能力。本文用BLI技术检测这些抗体与S-RBD的亲和力,将S-RBD固化在链霉亲和素传感器上,与不同浓度的抗体进行结合解离,结果如下图所示:


几种抗体与2019-nCoV S-RBD蛋白的亲和力检测


几个抗体中只有CR3022可以结合2019-nCoV,这个抗体来自于SARS康复病人血清,其他抗体没有结合或者结合很弱。另外,BLI结果与ELISA结果非常相似。


ELISA结果表明CR3022结合能力最强


潜在药物不能阻断ACE2与靶点的结合


者还做了受体竞争实验,固化S-RBD蛋白,然后依次与ACE2 和CR3022结合。如果CR3022仍然有结合信号,说明CR3022与ACE2不是竞争结合S-RBD的。考虑到ACE2与S-RBD的解离比较快,所以在第二步抗体结合时,加入了同样浓度的ACE2。


受体竞争实验(BLI法,OCTET RED96)


从上图可以获知,ACE2与CR3022不竞争结合S-RBD。可能意味CR3022联用其他阻断抗体效果更好。但是考虑到CR3022对SARS-CoV的中和活性【4】以及与2019-nCoV S-RBD的较高亲和力,这个抗体也算是一个潜在药物。

讨论


这篇文章数据只能说明这个药物是非常潜在的药物,至少还要通过病毒中和实验才能进一步证明,还有后续的动物实验,临床实验等。


不过考虑到从1月10日2019-nCoV的基因序列公布,到1月24日前完成所有实验,这个课题组在两个星期内获得这些成果可以说是光速了。陈老湿根据经验和文章提供的信息预估了作者的时间节点。


预估每个步骤的时间节点


文章的主要数据(BLI和ELISA实验)仅花了一两天的时间完成。没有加班加点的拼搏,没有长时间的技术积累,没有各个单位的配合,这个课题组在短时间内是无论如何都完成不了这些工作的。


这也是奋战在抗击新型肺炎一线工作的同志们的缩影,我们相信在各个科研人员的不分日夜的工作下,新型冠状病毒肺炎的药物或者疫苗会马上到来!再次向奋战在一线的科研工作者致敬!







参考文献:


1. Potent binding of 2019 novel coronavirus 1 spike protein by a SARS coronavirus-specific human monoclonal antibody. Jan. 28, 2020; doi: http://dx.doi.org/10.1101/2020.01.28.923011


2. Shi Z-L, Zhou P, Yang X-L, et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent

pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv. 2020:2020.01.22.914952.


3. Walls AC, Xiong X, Park Y-J, et al. Unexpected receptor functional mimicry elucidates

activation of coronavirus fusion. Cell. 2019;176(5):1026-1039. e15


4. Ter Meulen J, Van Den Brink EN, Poon LL, et al. Human monoclonal antibody combination

against SARS coronavirus: synergy and coverage of escape mutants. PLoS medicine.2006;3(7).

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