R Documentation：整合的R包说明平台
点击蓝字↑↑↑“微科享”，轻松关注不迷路
R包是我们生息分析中不可缺少的工具，在学习和使用过程中，我们常会遇到：无法找到解决实际需要的函数，或希望有汇总的网站可以找到相关包的具体说明。搜索R包的途径有很多，例如分别通过RCRAN mirror、Github以及Bioconductor去搜索。而今天介绍的网站R Documentation，通过将多个平台进行汇总，可以搜索所有CRAN，Bioconductor，Github软件包及其存档，帮助使用者节省时间和精力。
网址：https://www.rdocumentation.org/
点击进入RDocumentation首页后，右上角分别是①R Enterprise Training：链接到DataCamp，DataCamp这是有配套的实操训练的R自学课程网站，感兴趣的同学可以了解一下；②Rpackage：R Documentation的github界面，可以使用install.packages安装，并通过?和??查询包和函数，此时已经覆盖基本的help功能；③Leaderboard：点开后会显示目前已经汇总的包和相关函数，以及最近更新的包和函数
图1
图2 Leaderboard显示包和函数的更新情况
在这里，我们分别通过对①包和②功能查询进行演示：
1. 对包进行搜索
我们想学习ggplot2这个包，在搜索框输入ggplot2后，弹出相关的包和函数
图3
进入ggplot2界面后，首先是对包的简要介绍，以及安装方法
图4
by后面的为作者，点击后可弹出作者写的其他包；view source可显示包中所有函数的源码
图5
图6
ggplot2的网页继续往下翻，是对每个函数的详尽介绍，并有详细的链接，提供每个函数的用法及示例。
图7
R documentation对每一个函数的用法、专业术语、细节以及案例都做了详细介绍。如果不想看每个函数的用法，也可直接看example的示例。
此外，R documentation还贡献了Vignettes的Rmd链接，点击进入后，依托于DataCamp平台，可以进行代码交互，有助于快速学习。（记得在运行代码前，先library包！）
图8 代码交互界面
2. 对所需功能进行搜索
当我们无法确定自己需要实现的功能在哪个包中时，R documentation提供了功能搜索的服务。例如我们要搜索绘制一个火山图，在输入框内输入volcano，此时会出现多种function，点击show more results进入详细界面。
不过这个搜索框，对于多关键字的搜索不够友好，经常会出现只匹配到一个关键字的情况，所以表述需要尽可能简洁。
图9
我们选择其中一个来源于statVisual包function，点进去后是该函数的介绍，from是来源的包名，usage是基本用法
图10
图11
Examples显示使用示例
图12
我们复制到R中运行看看，记得在运行前先安装并调用该包，本例中即安装并调用statVisual包，效果如下：
图13
并可通过查询数据的结构，方便下次整理使用
图14
总之，RDocumentation为我们提供了一个整合的环境去学习包，并根据需求搜索相应功能的函数，并提供了更清爽的阅读界面和交互平台，有助于我们高效学习并有针对性地寻找所需函数，不妨一试！
END
微科享，享科学
微科享是微生太旗下专注于学术知识免费分享平台，内容主要包括学术资讯、学术直播以及干货分享。
微科享仅用于学术成果分享与交流，不涉及商业利益。严禁他人将本公众号的内容用于商业运营。
长按二维码即可关注