惊！为何肿瘤ceRNA机制依然可以发表在10+级别期刊上？

1. 引言

CeRNA机制自2011年由Pandolfi等人提出之后立刻成为医学研究的宠儿，很多医学研究者好似被打通了“任督二脉”一样，一时间围绕着大量之前认为无作用或者作用不明的lncRNA以及circRNA展开相关的ceRNA机制研究，ceRNA也在较长一段时间里成为SCI与国自然的“明星”机制，风头一时无两。

正所谓盛极必衰，2018年以后因为过多的SCI发表与基金的中标，ceRNA成为审稿人与评审专家的眼中钉、肉中刺，尤其是在肿瘤研究领域。因为肿瘤研究在医学中的科研水平一直名列前茅，所以专家们还是期待看到一些多元化的机制研究方向，所以导致千篇一律的ceRNA机制无疑成为国自然“削藩”重点。这也给很多年轻医学工作者产生了一种误解：ceRNA是一个很简单很容易验证的研究机制，这其实是个很大的误区。

可能有些粉丝会问了“不就一个circ RNA或者lnc RNA吸附microRNA使其不能与靶基因相结合吗？验证有什么难的。”只能说会提出这样问题的粉丝“Too young, too naive”，因为一旦科研思维较为完善的科研工作者都知道多因素实验设计是十分复杂的。

比如ceRNA当中三个变量circ RNA或者lnc RNA、miRNA和mRNA这三者都是处于一个很复杂的调控网络之中，例如靶向mRNA的miRNA那么多，如何挑选？相关的长链非编码RNA又如何确定？如何在繁复的ceRNA网络中明确我所研究的这条ceRNA调控信号轴？这些要想研究的全面，实验数据量必然较为庞大，但是数据量大则不等同于全面。何谓全面呢？即该假说从多个方面均已得到妥善验证并且没有重复的无用功，例如A/B/C三种实验手段都可以验证一个分子的表达量，那么只需选一种即可无需都在实验设计中涉及到。

所以同样的ceRNA机制，有些人现在这种大环境下还是可以发到10分以上，而有些人总是在3-5分徘徊，归根结底就是初期课题设计全面性不足，也许实验也没少做、经费没少花，最后却落得一个被审稿人劈头盖脸一顿数落的下场。下面胖师兄就结合两篇本月发表在Molecular Cancer上文章来给大家阐明为何在ceRNA已经“过气”的情况下别人还是可以发表10+文章。

Molecular Cancer杂志在本月上旬一共发表了6篇ceRNA机制相关的文章，这个数量是十分惊人的，说明相对于机制创新性该期刊更加注重验证的合理性和全面性，每篇文章的数据量均很庞大。胖师兄挑选了同一课题组于5月4日与5月6日发表的两篇circRNA ceRNA机制的文章来给大家分析思路，篇幅有限不能给大家多找几篇文章分析，希望大家可以融会贯通（毕竟同一课题组同一种肿瘤我可以少打些字）。

案例一题目

案例二题目

2. 结果展示

两个案例所关注的疾病均为胰腺导管癌（PDAC），在引言部分案例一是按照PDAC临床危害与研究意义→通过肿瘤淋巴转移引出研究明星分子VEGF-C→circRNA与肿瘤发生发展的关系→miRNA与肿瘤发生发展的关系→研究基础（预实验）阐述→科学假说提出，而案例二则是先叙述circRNA再给出明星分子MET的mini综述，从本质来说二者并无任何差别，就个人写作习惯和逻辑思维习惯来说我还是更喜欢案例一这种模式，如果是基金撰写的话这种模式就是立项依据逻辑结构的典型范例了，案例二的这种难免有些思维跳跃。

在最为关键的验证层次方面，案例一和案例二一开始均是通过高通量测序技术筛选所要重点关注的circRNA，然后对其一些特征与表达情况进行验证，除去常规的临床样本验证和不同PDAC细胞中的表达验证之外，还进行了circRNA结构分析、细胞中的定位（FISH法）等更为具体的特征检测，这也是一份全面ceRNA机制验证的必要步骤与开端。 

旁白：：图太多，就截一下案例二的大家看一下!

接下来的验证流程二者就存在一定差异了，案例一验证了所关注cirRNA与mRNA的临床相关性，而案例二则是没有采用临床样本而是在体外进行了PDAC细胞一系列增殖、侵袭等表型实验，这也是二者靶基因不同所决定的差异。案例一中着眼点是淋巴管形成与肿瘤淋巴结转移，所以其在体外只是做了淋巴管成管实验与肿瘤细胞的侵袭实验；而案例二中着眼点是肿瘤的生长转移，所以其做的表型实验除了转移相关的之外还做了增殖相关实验。

这一步的验证一般的ceRNA文章也均会具备，只不过可能没有那么多经费用他们这么多细胞系。第三大部分的验证实验是circRNA在动物模型中对PDAC的作用验证，这一块也相对较为常规，在这里不再赘述。 

旁白：：动物实验已经是图片量最少的一个组图了...

不知道大家有没有发现，其实两篇文章到目前为止根本没有出现miRNA相关验证，两篇文章不约而同的先做完了所有关于circRNA的验证，在这之后再利用荧光素酶、RIP等分子互作实验对circRNA与miRNA以及miRNA与mRNA之间的作用关系进行验证，然后根据rescue策略再重复circRNA相类似的体外实验，通过miRNA的mimics与inhibitor干预其表达，观察其与相关细胞表型的关系。这一步就是很多ceRNA文章缺乏的部分，而挽救实验的缺乏可能就是决定你的ceRNA研究不够全面的原因。

旁白：：其实看看假说图还是蛮简单的一个机制，别人就能扩充成十分的文章

3. 总结     

这两篇文章出自同一课题组之手，所以在验证顺序和技术手段运用上还是有很多相似之处的，不得不佩服他们实验室的人手之充足以及实验能力之强悍。同时进行两个如此大实验量的实验设计真的很不简单，两个案例每个都有四五十张实验数据图片，所以想真的做完善ceRNA验证，投入的经费与时间其实是相当大的，对于分子机制基础知识相对薄弱但是动手能力与毅力较强的粉丝们来说，ceRNA依然可以在肿瘤领域为你拿下一个不错影响因子的文章！

 注：此推文未经许可禁止转载！

阅读推荐：