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举报人回应南开校长曹雪涛院士对造假的回应:将公布更多问题文章,目前已超50篇……

科研大匠 科研大匠 2021-03-18

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北京时间2019年11月14日深夜,曾就职于斯坦福大学医学院的Elisabeth Bik博士发推称,中国南开大学校长、曹雪涛院士18篇文章涉嫌造假(目前已发现53篇),涉嫌造假文章已全部发在PubPeer(pubpeer.com)网站上(因访问量太大出现宕机目前无法正常访问)


鉴于曹雪涛院士标杆性地位和叹为观止的学术经历,事件迅速发酵,引起轩然大波,无异于中国学术圈大地震。方舟子更是在其推特上称“曹雪涛院士是用PS代替实验的高手”


事件发生的第四天,也就今日凌晨(11月18日),曹雪涛院士在PubPeer网站发文正式回应Elisabeth Bik质疑,回应原文及中译文如下:



Dear Dr. Bik,


对于您最近发表的关于在第二军医大学医学免疫学国家重点实验室和免疫学研究所进行的上述研究的询问,我写信给您,我是通讯作者

I’m writing to you in response to recent inquiries you posted with regard to mentioned studies conducted at the National Key Laboratory of Medical Immunology and Institute of Immunology at the Second Military Medical University, with me being the corresponding author.
感谢您对我们工作的兴趣以及您对保护科学记录的准确性和研究追求的完整性的承诺。一直以来,它们对我也至关重要。在收到您的询问后,我将其列为我们的首要任务,并立即采取措施调查您与团队和合作者提出的问题,并仔细地重新检查了我们的手稿,原始数据和实验室记录。如果我们的调查显示所发布记录的最高准确性存在任何风险,我们将立即与相关的期刊编辑部合作
I appreciate your interest in our work and your commitment to protecting the accuracy of scientific records and the integrity of research pursuit. They are of utmost importance to me all along as well. Upon being notified of your inquiries, I have made them our highest priority and immediately took steps to look into the concerns you raised with the team and collaborators and carefully re-examined our manuscripts and raw data and lab records. We’ll work with the relevant journal editorial office(s) immediately if our investigation indicates any risk to the highest degree of accuracy of the published records.

根据到目前为止的分析(仍在进行中)以及从同事和同行那里获得的其他反馈,我想补充一点,我对这些出版物中得出的科学结论的有效性和优势以及我们工作的可重复性仍然充满信心。然而,监督或实验室领导地位的任何失调都是没有借口的,您提出的疑虑再次提醒我,我作为指导者,主管和实验室领导者的角色和责任是多么重要;以及我可能无法做到的事情。因此,对于我现在和以前的学生,我的员工和同事,我的同龄人以及整个社区,我感到非常心情沉重,并感到非常抱歉。对于我的疏忽以及给您带来的不便,我深表歉意。

Based on our analyses up to this point (still ongoing) and additional feedback we received from colleagues and peers, I would like to add that I remain confident about the validity and strength of the scientific conclusions made in those publications and our work’s reproducibility. Nevertheless, there is no excuse for any lapse in supervision or laboratory leadership and the concerns you raised serve as a fresh reminder to me just how important my role and responsibility are as mentor, supervisor, and lab leader; and how I might have fallen short. I feel therefore very heavy-hearted and tremendously sorry, to my current and former students, my staff and colleagues, my peers, and the larger community. I most sincerely apologize for any oversight on my part and any inconvenience it might have caused. I’ll use this as an invaluable learning opportunity to do better not only in advancing science, but also in safeguarding the accuracy and integrity of science.
Yours sincerely,
Xuetao Cao

针对回应,Elisabeth Bik今日再次发推称,“我不是在指责任何人的不当行为,请记住,许多重复可能只是诚实的错误(honest errors)”并将此条推文置顶。但“我仍将继续研究该小组的全部论文(超过300篇)后续可能会有更多的问题文章发出来。目前已经在PubPeer发了50篇。”


Elisabeth Bik在接受《中国新闻周刊》采访时说,早在2014年,她无意间发现了曹雪涛作为通讯作者的三篇论文有着可疑之处。目前,Elisabeth Bik已发现疑似造假论文已经超过53篇。科研大匠小编注意到,截止发稿前,因PubPeer网站目前无法访问,她将新发现的文章发在了其推特上。


最新消息称,曹雪涛院士今日已提供原始图片,对受质疑的6篇论文进行了解释。


PubPeer

一个神奇的网站


此次造假事件,爆料和回应双方都是在PubPeer网站进行的,PubPeer究竟是何方神圣?

PubPeer官方推特回应无法访问


PubPeer(pubpeer.com) 网站

PubPeer(pubpeer.com) 网站创建于2012年,总部在美国,它是一个鼓励科研人员匿名对已发表的论文进行评论的网站。类似于一个科学论坛,只要拥有PubPeer的账号,都可以对已发表过的论文进行评论。可以匿名,也可以实名,但评论需要审核后才能显示。为了最大限度的使评论内容可靠,PubPeer的注册用户并不是向所有人开放,必须要有论文曾被PubMed期刊资料库收录的第一作者或通讯作者才有资格申请。


PubPeer创始人美国神经学家Brandon Stell


PubPeer从成立之初就一直争议不断,其评论的科学性也多有质疑,但这丝毫未能妨碍其成为一种学术论文打假的新方法。但其公信力仍需质疑。


2018年12月,方舟子掀起一场“学术打假”风浪,指控华中科技大学同济医院马丁院士,原第四军医大学校长樊代明院士数据造假。方舟子所用信息也是全部来自同一匿名ID——Lotus Azoricus,在PubPeer上的发帖。




Elisabeth Bik

举报人干过更大的事情


震动整个中国乃至全球学术圈,这次造假举报人Elisabeth Bik博士可不是一般人,曾就职于斯坦福大学医学院微生物学和免疫学系Elisabeth Bik的博士在接受《中国新闻周刊》采访时说“2016年起,她就辞掉工作,专职调查各类论文图像异常问题以及可能存在的学术不端。


Elisabeth Bik推特


其实,不止这次针对曹雪涛院士的指控,Elisabeth Bik还干过更大的事情,去年,她曾在bioRxiv杂志发文指出:目前有大约35000篇生物医学领域文章可能存在图片造假问题需要被撤回!



35000篇!是真的有这么多论文存在造假要被撤回,还是Elisabeth Bik故意哗众取宠?35000篇这个数字又是如何得来的呢?

2018年6月24日,Elisabeth Bik以第一作者身份在bioRxiv发表了一篇题为Analysis and Correction of Inappropriate Image Duplication: The Molecular and Cellular Biology Experience 的文章。研究分析了2009-2016年发表在 Molecular and Cellular Biology《分子与细胞生物学》(MCB)杂志上的960篇论文,发现其中59篇(6.1%)存在一图多用的情况。随后,他们把这个情况通报杂志社,最终导致42篇发回更正,5篇被撤稿,12篇没有采取任何应对措施。59篇问题稿,5篇撤稿,在MCB,约10%的撤稿率。

本文的共同一作,mBio主编Arturo Casadevall说“我们估计大多数图片问题是错误的装配图的结果”,“所以10%的撤回并不令人感到意外,许多论文一图多用并不是故意的,这些错误是可以发回纠正的。”

不止如此,早在2016年,在同样为一作的另一篇研究中,Elisabeth Bik等人在研究分析了1995年至2014年在40份科学期刊上发表的20,621篇论文中的图片后,发现,有3.8%的论文存在一图多用。其中,至少有一半的显示出是故意操纵造假。研究还发现过去十年,有图片问题的论文明显增加,那么由有问题图像的论文的作者撰写的其他论文也包含有问题图像的可能性也会随之增加。



Elisabeth Bik认为3.8%,10%非常有代表性,2009~2016年期间,PubMed收录了8,778,928篇生物医学类文章,按照3.8%比例计算,就有333,599,264篇论文存在问题,在加上约10%撤稿率。那就是有约 35000篇论文因图片造假需要被撤稿!
8,778,928x3.8%x10%≈35000

Elisabeth Bik说,文章发表后,发现一图多用问题,每篇论文平均需要6小时。而在在发表之前对论文的筛选和纠正平均需要30分钟的工作时间。所需的工作时间大大减少。


针对这次举报事件,Elisabeth Bik多次强调,她只是将可能存在问题的图像和论文标注出来,至于这样的图像是否构成学术不端,最终要看期刊的裁决,而期刊只有前期审查,才可能杜绝这样的现象。


图像的复制粘贴、PS只是科研作弊手段的冰山一角。”


 “我们建议减少这类问题的一种机制是让团队中的其他人来汇总这些数字。” “至少这将意味着多双眼睛注视着这些数字。”


53篇+

被疑造假论文一览


这次被举报的50多篇文章中,发表时间从2003年一直延续到2018年,绝大部分在曹雪涛供职第二军医大学、浙江大学免疫学研究所期间发表。有发表在Nature子刊《自然-免疫学》上的,还有有一篇发在2014年的science期刊。目前已经有4篇被更正勘误,一篇2008年发表于《生物化学杂志》的论文被撤回


在这次对曹雪涛论文的质疑中,曹雪涛与其导师叶天星、第二军医大学附属长海医院的高也陶联合发表在1989年上海大学主办的《自然杂志》上题为《气功外气的抗肿瘤作用及增强免疫 功能机理的实验研究(一、二)》的两篇文章,质疑声最大,关注度最高。



当时曹雪涛正在第二军医大学攻读硕士,该研究是让气功师对接种了肿瘤细胞的小鼠发放外气,每次30分钟,一共4次。实验最后证明了气功外气对体内抗肿瘤转移、阻止肿瘤生长、延长荷瘤宿主存活期及提高机体免疫功能的作用



其他部分文章如下:


文章1,标题 “Rapamycin suppresses TLR4-triggered IL-6 and PGE(2) production of colon cancer cells by inhibiting TLR4 expression and NF-kappaB activation


图3B LPS+RAPA 12 及 24小时的图片重复使用



文章2,标题 “Rapamycin reverses TLR4 signaling-triggered tumor apoptosis resistance by disrupting Akt-mediated Bcl-xL upregulation

图2E流式图片多处存在重复使用,图3 C组及E组蛋白条带图存在PS锐化及压缩处理



文章3:文章标题“Cancer-expanded myeloid-derived suppressor cells induce anergy of NK cells through membrane-bound TGF-beta 1”

图1显示了流式细胞图中一些意外的重复特征,放大之后我们可以看到明显的PS痕迹,红圈圈、蓝圈圈、绿圈圈的图片一模一样

左下角的象限出现重复区域,蓝框所示


文章4,标题 “TGF-beta1 gene-modified, immature dendritic cells delay the development of inflammatory bowel disease by inducing CD4(+)Foxp3(+) regulatory T cells”


图5A(脾脏)和图5B(肠系膜淋巴结)的“同型”看起来非常相似, 红色方框所示



限于文章篇幅,就不一一列举,如有疑问或想看更多有问题文章,可移步pubpeer官网(等服务器恢复正常后)。11月14日,事件刚被曝光时,小编曾第一时间在pubpeer网站搜索xuetao cao,首批被举报18篇文章如下:


点击查看大图


对于此次举报,举报人Elisabeth Bik多次强调许多重复可能只是诚实的错误(honest errors),并以曹雪涛2018年发表在《细胞与分子免疫学》的一篇论文举例称,两张流式细胞仪实验图像完全一致,每张图像的百分比也一致,这有着“诚实错误”的可能性,可能同一个图表插入了两次


当事人

曹雪涛简介


曹雪涛,1964年出生于山东省济南市,17岁就读于第二军医大学,26岁博士毕业。两年后,曹雪涛破格晋升为当时我国最年轻的医学教授,32岁晋升为博士生导师,33岁担任全军免疫与基因治疗重点实验室主任,41岁成为当时最年轻的中国工程院院士。同时,还是美国国家医学科学院外籍院士、德国科学院外籍院士、法国医学科学院外籍院士、英国医学科学院外籍院士,国际欧亚科学院院士6院院士目前,任南开大学校长、党委副书记。


同时,他还是《中国肿瘤生物治疗杂志》主编,《细胞与分子免疫学》编委。目前主要从事天然免疫与炎症的基础研究、肿瘤免疫治疗应用研究。以通讯作者在Cell、Nature、Science、NatureImmunology、Cancer Cell等发表SCI论文230余篇,引用1万余次
 

巧合的是,就在被举报的前一天,11月13日,曹雪涛院士刚刚在人民大会堂举行的“全国科学道德和学风建设宣讲教育报告会”上,发表了题为“弘扬科学家精神,打造新时代中国学派”的主题演讲。呼吁青年学子和科技工作者坚守学术诚信、摒弃学术不端行为。



在被举报后的第2天,11月16日,曹雪涛与曹晓风、高福等24位中国学者增选为国际欧亚科学院院士。这也是中国科学家当选人数最多的一次。


事情发生后,有人评论说是“替下面学生背了口大锅”,有人说“既然是通讯作者,就应该对整个事件负责,”,还有人质疑“如此大规模(53篇,还在继续增加),长时间(横跨16年),就是习惯性故意造假,捏造实验数据”,在事实调查出来之前,我们不做评论。


在回应中,曹雪涛院士在表达了歉意的同时也特别的强调,“对结论的有效性和优势以及我们工作的可重复性仍然充满信心”。


作为本土培养的免疫学界标杆人物,指导了12位博士获得全国优博,从2001年2011年连续11年入选全国优博指导教师,被称为“最牛博士研究生导师”的曹雪涛。一举一动都备受瞩目,此次事件发生以后,网络并没有出现往常的大规模删帖,面对问题,曹雪涛院士正面回应,小编认为也可以作为处理此类问题的标杆。...


最新消息称,曹雪涛院士今日已提供原始图片,对受质疑的6篇论文进行了解释。对涉事论文有疑问的可移步pubpeer网站自行分析判断。


我们秉持不信谣,不传谣,不造谣的原则,静待后续调查结果,科研大匠也将持续关注后续的发展。


1.https://pubpeer.com/publications/202EC84573D09857E316D1A9387F5B2.Bik

2. EM, Casadevall A, Fang FC. 2016. The prevalence of inappropriate image duplication in biomedical research publications. mBio 7(3):e00809-16. doi:10.1128/mBio.00809-16.

3.doi: https://doi.org/10.1101/354621

4.https://pubpeer.com/search?q=xuetao+cao


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本文由科研大匠原创,转载请联系小编授权:kypaopao2008。


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