拟南芥研究者的福音——RT-PCR引物数据库
前两天给大家介绍了人类和小鼠的Real-time PCR引物数据库，很多朋友留言问有没有植物的引物数据库啊！！当然有了！！今天就给大家介绍一个拟南芥的RT-PCR引物数据库。
AtRTPrimer
AtRTPrimer是由韩国科学技术院建立的一个专门针对拟南芥的RT-PCR数据库。
引物设计是所有RT-PCR相关方法的核心步骤，只有适宜的引物设计才能保证PCR扩增的效率和特异性，但是大多数传统的引物设计方法只是根据单一的模板序列设计引物，这使得设计的引物有可能与基因组中的其它核酸序列发生非特异性的匹配。
AtRTPrimer数据库在进行引物设计时，考虑了每一个基因所对应的每一对引物的物理和化学同源特性、与其它已知基因的非特异性结合、与相关基因组DNA或类似cDNA的可能非特异性扩增，并用实验评估了所获的引物的可信度。
AtRTPrimer覆盖了拟南芥28,952个基因中的97%，并且针对每一个基因提供了多个可信赖的引物，以便研究人员可以针对其特定需要选择合适的引物进行实验。
引物搜索
在AtRTPrimer数据库的下方，点击Search打开搜索页面，进行引物的搜索。
在搜索栏中填入目的基因的AGI名称或genopp ID，如不清楚目的基因的名称也可以将序列复制或上传至搜索栏，点击Search，即可得到搜索结果。
结果中显示了引物序列、碱基数目、GC含量、自由能和Tm值。
点击引物的genopp ID即可进入其详细介绍页面，页面中显示了引物所对应基因在基因组和mRNA中的结构，以及该引物所扩增的片段在基因组和mRNA中所对应的位置。
AtRTPrimer为拟南芥研究人员提供免费的PCR引物，最好在文章发表时能够在致谢部分给予AtRTPrimer适当的感谢。
如应用了AtRTPrimer所提供的引物，最好引用下方的文献，并在文中给出所用引物的AtRTPrimer ID号。
Sangjo Han and Dongsup Kim (2006) AtRTPrimer: database for Arabidopsis genome-wide homogeneous and specific RT-PCR primer-pairs BMC Bioinformatics 7:179.
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