文献速递|1月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，1月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？
本期小编一共为大家统计了79篇1月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有28篇！
影响因子15.0以上的文章
小编对部分单细胞测序文章进行了导读，希望给大家带来单细胞研究的新思路。
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肿瘤研究领域
※Targeting pancreatic cancer by TAK-981: a SUMOylation inhibitor that activates the immune system and blocks cancer cell cycle progression in a preclinical model
期刊：Gut
※Pre-existing Castration-resistant Prostate Cancer-like Cells in Primary Prostate Cancer Promote Resistance to Hormonal Therapy
期刊：European Urology
※Preneoplastic somatic mutations including MYD88L265P in lymphoplasmacytic lymphoma
期刊：Science Advances
※Zero-preserving imputation of single-cell RNA-seq data
期刊：Nature communications
The transcription factor HIF-1α mediates plasticity of NKp46+ innate lymphoid cells in the gut
期刊：Journal of Experimental Medicine
文章标题：
Targeting pancreatic cancer by TAK-981: a SUMOylation inhibitor that activates the immune system and blocks cancer cell cycle progression in a preclinical model
发表期刊：Gut
影响因子：22
DOI：10.1136/gutjnl-2021-324834
发表时间：2022.1
摘要：胰腺导管腺癌(PDAC)具有高密度间质、独特的免疫抑制微环境的特点，对各种化疗和免疫治疗均具有强烈的耐药性，5年生存率为9%。本研究旨在为PDAC的治疗添加新的小分子疗法。本文通过TAK-981，一种新型的高选择性和强效的小分子抑制剂，小泛素样修饰物(SUMO)激活酶E1，结合治疗临床前同基因PDAC小鼠模型，探究了TAK-981的作用模式。研究发现与正常胰腺组织相比，在PDAC患者样本中，SUMOylation(细胞周期进展所需的可逆翻译后修饰)增加。TAK-981在纳米级范围内降低了PDAC细胞的SUMOylation，从而导致G2/M细胞周期阻滞、有丝分裂失败和染色体分离缺陷；同时有效地限制了KPC3同基因小鼠模型中的肿瘤负荷，且没有系统性毒性的证据。在体内，TAK-981治疗提高了激活的CD8 T细胞和自然杀伤(NK)细胞的比例，但短暂降低了肿瘤、外周血、脾脏和淋巴结中的B细胞数量。通过单细胞RNA测序，发现TAK-981治疗可激活包括T、B和NK细胞在内的淋巴细胞的干扰素应答。TAK-981的治疗通过CD8 T细胞体外诱导STAT1和干扰素靶基因激活。本研究结果表明，药物抑制SUMO途径是一种潜在的策略，通过双重机制靶向PDAC:抑制癌细胞周期进展和通过诱导干扰素信号通路激活抗肿瘤免疫。
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疾病研究领域
※Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics
期刊：Nature biotechnology
※Epigenomic priming of immune genes implicates oligodendroglia in multiple sclerosis susceptibility
期刊：Neuron
※Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
期刊：Science Immunology
※GPR182 limits antitumor immunity via chemokine scavenging in mouse melanoma models
期刊：Nature Communications
※Modeling uniquely human gene regulatory function via targeted humanization of the mouse genome
期刊：Nature communications
文章标题：
Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics
发表期刊：Nature biotechnology
影响因子：37
DOI: 10.1038/s41587-021-01139-4
发表时间：2022.1
摘要：空间转录组技术有望解决健康和疾病组织的细胞接线图，但全面的原位细胞类型定位仍然是一个挑战。本文提出了сell2location，一个贝叶斯模型，可以在空间转录组数据中解析细粒度的细胞类型，并创建各种组织的全面细胞图。Cell2location解释了变异的技术来源，并借用了跨位置的统计强度，因此能够以比现有工具更高的灵敏度和分辨率整合单细胞和空间转录组学。本研究评估了三种不同组织的细胞定位，并显示出改进的细粒度细胞类型的映射。在小鼠大脑中，在丘脑和下丘脑中发现了精细的区域性星形胶质细胞亚型。在人类淋巴结中，在空间上绘制了一个罕见的前生发中心B细胞群。在人类肠道中，在淋巴滤泡中分解了良好的免疫细胞群。总的来说，本研究呈现сell2location作为一个通用的分析工具，以全面的方式映射组织架构。
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免疫治疗研究领域
A high OXPHOS CD8 T cell subset is predictive of immunotherapy resistance in melanoma patients
期刊：Journal Of Experimental Medicine
※Peanut oral immunotherapy differentially suppresses clonally distinct subsets of T helper cells
期刊：Journal Of Clinical Investigation
※Single-cell multi-omics reveals dyssynchrony of the innate and adaptive immune system in progressive COVID-19
期刊：Nature Communications
※A deep generative model for multi-view profiling of single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
期刊：Genome Biology
※Checkpoint blockade-induced CD8+T cell differentiation in head and neck cancer responders
期刊：Journal For Immunotherapy Of Cancer
文章标题：
Checkpoint blockade-induced CD8+ T cell differentiation in head and neck cancer responders
发表期刊：Journal For Immunotherapy Of Cancer
影响因子：10
DOI: 10.1136/jitc-2021-004034
发表时间：2022.1
摘要：复发/转移性头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的免疫检查点阻断(ICB)反应仅限于15% - 20%的患者，耐药性的基础仍不清楚。本文从抗PD1敏感的小鼠HNSCC细胞株开始，构建抗PD1等基因耐药模型。用流式细胞术分析敏感亲本小鼠口腔癌(MOC1)和耐药的MOC1esc1肿瘤的肿瘤微环境。为了研究肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的异质性和克隆动力学，在三个HNSCC模型中应用配对单细胞RNA和TCR测序。结果抗PD1的MOC1esc1细胞系表现出保守的细胞固有免疫逃避特征。免疫图谱显示MOC1和MOC1esc1的不同基线肿瘤微环境，以及MOC1esc1肿瘤中ICB上免疫室的重塑。单细胞测序分析发现了几个CD8 +TIL亚群，包括Tcf7 +Pd1 (naive/memory-like)、Tcf7 +Pd1+(祖细胞)和Tcf7-Pd1+(分化效应体)。通过TCR共享部分发现，成功的抗PD1或抗CTLA4治疗诱导了治疗后更高的T细胞谱系转变。本研究数据突出了CD8 +TIL异质性和分化的关键方面，提示促进CD8 +TIL分化是改善HNSCC的ICB反应的一种策略。
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器官图谱研究领域
BATF promotes group 2 innate lymphoid cell–mediated lung tissue protection during acute respiratory virus infection
期刊：Science Immunology
※Identification of a regulatory pathway inhibiting adipogenesis via RSPO2
期刊：Nature metabolism
※Aging-related olfactory loss is associated with olfactory stem cell transcriptional alterations in humans
期刊：Journal Of Clinical Investigation
※Single-cell chromatin accessibility landscape in kidney identifies additional cell-of-origin in heterogenous papillary renal cell carcinoma
期刊：Nature Communications
※Neuronal Yin Yang1 in the prefrontal cortex regulates transcriptional and behavioral responses to chronic stress in mice
期刊：Nature Communications
文章标题：
Aging-related olfactory loss is associated with olfactory stem cell transcriptional alterations in humans
发表期刊：Journal Of Clinical Investigation
影响因子：12
DOI: 10.1172/JCI155506
发表时间：2022.1
摘要：大多数65岁以上的人患有嗅觉障碍，或与衰老相关的嗅觉丧失，但人们对其了解甚少，也没有具体的治疗方案。嗅觉上皮(OE)是周围器官的嗅觉，并易于获得性损害，显示一个可能的病理部位的老化。正常情况下，成体干细胞在细胞丧失的情况下重建神经上皮细胞。在老年OE，组织学上观察到呼吸样化生斑块，符合正常神经上皮稳态的失调。本研究专注于识别老年性OE的细胞和分子变化。该研究将物理测试与嗅觉粘膜活检分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和培养研究相结合。研究结果发现老年病患者OE干细胞炎症相关变化的证据。老年性基础干细胞表现出对细胞因子或应激反应或增殖和分化调节相关基因表达的增加。在培养模型中，细胞因子增加了TP63，一种阻止OE干细胞分化的转录因子。
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其他研究领域
※Lung emphysema and impaired macrophage elastase clearance in mucolipin 3 deficient mice
期刊：Nature communications
A comprehensive comparison of supervised and unsupervised methods for cell type identification in single-cell RNA-seq
期刊：Brief Bioinform
A robust and scalable graph neural network for accurate single-cell classification
期刊：Brief Bioinform
Pre-configuring chromatin architecture with histone modifications guides hematopoietic stem cell formation in mouse embryos
期刊：Nature Communications
※Integration of single-cell transcriptomes and chromatin landscapes reveals regulatory programs driving pharyngeal organ development
期刊：Nature Communications
文章标题：
Lung emphysema and impaired macrophage elastase clearance in mucolipin 3 deficient mice.
发表期刊：Nature Communication
影响因子：12
DOI：10.1038/s41467-021-27860-x
发表时间：2022.1
摘要：肺气肿和慢性支气管炎是慢性阻塞性肺疾病的两个最常见的原因。过量的巨噬细胞弹性蛋白酶MMP-12，主要由肺泡巨噬细胞分泌，并介导肺损伤和肺气肿的发展。在本研究中，发现内溶酶体阳离子通道粘脂素3 (TRPML3)是支气管肺泡液中MMP-12再摄取的调节因子，在两个独立产生的TRPML3小鼠模型中导致肺损伤增大，在弹性蛋白酶或烟草烟雾处理后肺损伤进一步加重。在机制上，利用TRPML3报告小鼠模型、转录组学和内溶酶体膜片钳实验，研究发现，在肺中，TRPML3几乎只在肺泡巨噬细胞中表达，在肺泡巨噬细胞中，Trpml3的缺失导致早期体内运输和MMP-12的内吞功能缺陷。本研究结果表明，TRPML3是肺泡巨噬细胞清除MMP-12的关键调控因子，可能作为肺气肿和慢性阻塞性肺病的治疗靶点。
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