文献速递|2月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，2月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？
本期小编一共为大家统计了116篇2月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有60篇！
影响因子15.0以上的文章
小编对部分单细胞测序文章进行了导读，希望给大家带来单细胞研究的新思路。
1
肿瘤研究领域
※Modeling iPSC-derived human neurofibroma-like tumors in mice uncovers the heterogeneity of Schwann cells within plexiform neurofibromas
期刊：Cell Reports
※A non-catalytic scaffolding activity of hexokinase 2 contributes to EMT and metastasis
期刊：Nature Communications
※Single-cell analysis of gastric pre-cancerous and cancer lesions reveals cell lineage diversity and intratumoral heterogeneity
期刊：NPJ Precis Oncol
※Microskeletal stiffness promotes aortic aneurysm by sustaining pathological vascular smooth muscle cell mechanosensation via Piezo1
期刊：Nature communications
※Targeting pancreatic cancer by TAK-981: a SUMOylation inhibitor that activates the immune system and blocks cancer cell cycle progression in a preclinical model
期刊：Gut
文章标题：
Single-cell analysis of gastric pre-cancerous and cancer lesions reveals cell lineage diversity and intratumoral heterogeneity.
发表期刊：Npj Precision Oncology
影响因子：10
DOI：10.1038/s41698-022-00251-1
发表时间：2022.2
摘要：单细胞转录组谱分析为理解人胃癌(GC)的进展提出了新的见解。GC提供了一个独特的肿瘤内异质性模型。然而，参与致癌通道的具体细胞类型以及基质细胞的肿瘤微环境尚不清楚。本研究通过scRNA测序在单细胞分辨率上描述了癌前病变和胃癌的异质性细胞群；鉴定了10个胃癌细胞亚型，并表明肠癌和弥漫性胃癌具有不同的细胞群特征。还发现肠道和扩散型肿瘤细胞具有不同的转化细胞谱系:肠道型肿瘤细胞沿着肠道转化谱系分化，而扩散型肿瘤细胞类似于新生途径。在癌前疾病状态中观察到丰富的CCND1突变，并发现癌症相关的成纤维细胞具有支持干细胞的特性。特别是，肿瘤细胞可分为先前提出的分子亚型，并存在特异性的恶性细胞亚型，而且高表达的上皮-肌成纤维细胞转化与不良临床预后相关。除了肿瘤内的异质性，分析显示不同的细胞谱系产生潜在的致癌途径。对胃癌前期病变和肿瘤的单细胞转录组分析可能为理解胃癌细胞行为提供新的见解，并为胃癌的诊断和治疗提供潜在的靶点。
2
疾病研究领域
※Cell specific peripheral immune responses predict survival in critical COVID-19 patients
期刊：Nature Communications
※Stroke induces disease-specific myeloid cells in the brain parenchyma and pia.
期刊：Nature Communications
※Antimicrobial production by perifollicular dermal preadipocytes is essential to the pathophysiology of acne
期刊：Science Translational Medicine
※Immunopathological signatures in multisystem inflammatory syndrome in children and pediatric COVID-19
期刊：nature Medicine
※A human brain vascular atlas reveals diverse mediators of Alzheimer’s risk
期刊：Nature
文章标题：
Stroke induces disease-specific myeloid cells in the brain parenchyma and pia.
发表期刊：Nature Communications
影响因子：12
DOI: 10.1038/s41467-022-28593-1
发表时间：2022.2
摘要：炎症会引发中风后的继发性脑损伤。脑膜和其他中枢神经系统边界室是白细胞流入大脑的入侵部位，从而促进脑卒中后的组织损伤。然而，与脑实质相比，边界室的缺血后免疫反应仍然缺乏特征。本研究深入分析了脑膜和脑实质中的组织驻留白细胞，并发现白细胞对中风的反应取决于它们的驻留位置，因此发现了大脑中风后独特的髓系细胞表型。这些中风相关的髓系细胞部分类似于神经退行性疾病相关的小胶质细胞。它们主要是驻留的小胶质细胞起源，在人类中部分保守，并表现出脂质吞噬表型。这些细胞特异性的阻断标记物可以部分改善中风的预后，从而提供一个潜在的治疗靶点。中枢神经系统中髓系细胞的损伤反应因此被划分，根据损伤的类型进行调整，并可能代表一个治疗靶点。
3
COVID-19研究领域
※Cellular and molecular atlas of the placenta from a COVID-19 pregnant woman infected at midgestation highlights the defective impacts on foetal health
期刊：Cell Proliferation
Myeloid cell interferon responses correlate with clearance of SARS-CoV-2
期刊：Nature Communications
※CRISPRi links COVID-19 GWAS loci to LZTFL1 and RAVER1.
期刊：EBioMedicine
※The Type 2 Asthma Mediator IL-13 Inhibits SARS-CoV-2 Infection of Bronchial Epithelium.
期刊：American Journal Of Respiratory Cell And Molecular Biology
Network-based analysis revealed significant interactions between risk genes of severe COVID-19 and host genes interacted with SARS-CoV-2 proteins.
期刊：Briefings in Bioinformatics
文章标题：
Myeloid cell interferon responses correlate with clearance of SARS-CoV-2
发表期刊：Nature Communications
影响因子：12
DOI: 10.1038/s41467-022-28315-7
发表时间：2022.2
摘要：与COVID-19相关死亡风险增加相关的SARS-CoV-2突变株的出现，需要更好地理解早期病毒动力学、宿主反应和免疫病理。单细胞RNAseq (scRNAseq)允许单个细胞的研究，揭示对环境、感染和炎症的异质性和可变的反应。虽然已有研究报告使用scRNAseq对COVID-19晚期人类患者进行免疫图谱分析，但在人类身上进行纵向免疫细胞动力学研究具有挑战性。猕猴是SARS-CoV-2感染的合适模型。本研究对感染SARS-CoV-2 (n = 6)的恒河猴幼猴的支气管肺泡灌洗(BAL)细胞悬液进行纵向scRNAseq检测，结果显示感染SARS-CoV-2后3天转录状况发生动态变化(3dpi峰值病毒血症);相对于14-17dpi(恢复期)和感染前(基线)，显示在3dpi时巨噬细胞和T淋巴细胞的不同群体聚集，表达强烈的干扰素驱动的炎症基因信号。I型干扰素反应在浆细胞样树突状细胞中诱导，出现明显的HLADR+CD68+CD163+SIGLEC1+巨噬细胞群，并且血管紧张素转换酶2 (ACE2)高表达。这些巨噬细胞在3dpi时显著富集在猕猴的肺中，并携带SARS-CoV-2，同时表达强烈的干扰素驱动的固有抗病毒基因。这些反应的积累与病毒血症的下降和恢复有关。
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器官图谱研究领域
※Disentangling glial diversity in peripheral nerves at single-nuclei resolution
期刊：Nature Neuroscience
※Human skin-resident host T cells can persist long term after allogeneic stem cell transplantation and maintain recirculation potential.
期刊：Science Immunology
※Generation of the organotypic kidney structure by integrating pluripotent stem cell-derived renal stroma
期刊：Nature Communications
A molecular atlas of innate immunity to adjuvanted and live attenuated vaccines, in mice
期刊：Nature Communications
※Mesenchymal stromal cell-derived septoclasts resorb cartilage during developmental ossification and fracture healing
期刊：Nature Communications
文章标题：
Disentangling glial diversity in peripheral nerves at single-nuclei resolution
发表期刊：Nature Neuroscience
影响因子：20
DOI: 10.1038/s41593-021-01005-1
发表时间：2022.2
摘要：周围神经包含多种支持其正常功能和维护的细胞类型。本研究使用单核RNA测序技术分析了多个外周神经，以便于避开传统的单细胞方法在分析复杂形态细胞时遇到的困难。小鼠周围神经细胞图谱突出了细胞类型的多样性，包括雪旺氏细胞(SCs)、免疫细胞和基质细胞的多种亚型。研究发现了一种独特的髓鞘性SC亚型，该亚型表达Cldn14、Adamtsl1和Pmp2，并优先包裹运动轴突。在肌萎缩侧索硬化症(ALS) SOD1G93A小鼠模型和人类ALS神经样本中，这些运动相关的Pmp2+ SCs的数量减少。本研究揭示了周围神经中SCs和其他细胞类型的多样性，并为未来的神经生物学和疾病研究提供参考。
5
其他研究领域
※BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint-Therapy Efficacy
期刊：Cancer Immunology Research
※Defined tumor antigen-specific T cells potentiate personalized TCR-T cell therapy and prediction of immunotherapy response
期刊：Cell Research
Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning.
期刊：Genome Biology
Mapping transcriptomic vector fields of single cells
期刊：Cell
CRISPR activation and interference screens decode stimulation responses in primary human T cells
期刊：Science
文章标题：
BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint-Therapy Efficacy
发表期刊：Cancer Immunology Research
影响因子：9
DOI：10.1158/2326-6066.CIR-21-0129
发表时间：2022.2
摘要：使用PD-1或CTLA-4抗体阻断的免疫检查点疗法(ICT)可以激发T细胞依赖性的抗肿瘤活性，并在一些患者中产生持久的临床反应。但是T细胞需要有效的ICT的表观遗传和转录特征仍有待探究。本文报道了抗PD-1和抗CTLA -4的 ICT诱导肿瘤抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞中转录因子BHLHE40的上调，并且T细胞需要BHLHE40才能在携带免疫编辑过的肿瘤小鼠中有效地使用ICT。通过BHLHE4缺陷小鼠瘤内免疫细胞的单细胞RNA测序显示ICT诱导的免疫细胞重构差异。BHLHE40依赖的基因表达变化表明CD4+和CD8+ T细胞亚群的代谢、NF-κB信号传导和IFN-γ反应紊乱。但是BHLHE40缺陷小鼠的瘤内CD4+和CD8+ T细胞显示抑制性受体基因Tigit的表达更高，并且编码趋化因子/趋化因子受体和颗粒酶家族成员的基因表达也发生了改变。缺失BHLHE40的小鼠CD4+和CD8+ T细胞产生的ICT驱动的IFN-γ减少，以及ICT诱导的巨噬细胞重构缺陷。尽管在BHLHE40缺陷的小鼠中，抗PD-1和抗CTLA-4 ICT都导致了相同的结果—肿瘤生长，但一些依赖于BHLHE40的改变对所使用的ICT是特异性的。研究结果揭示了BHLHE40在有效ICT中的关键作用，并表明BHLHE40可能是ICT疗效的预测或预后的生物标志物和潜在的治疗靶点。
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