Scientific Reports丨根系投影分析仪？

Original 雨嗅生态与地理速报 2022-07-27

收录于合集 #根系 12个

根系结构及其发育的定量表征对评价植物的完整表型具有重要意义。为了实现植物根系的高通量表型分析，需要高效的自动图像分析。由于植物是在不透明的土壤环境中自然生长的，因此对光学不均匀且有噪点的土壤根系图像的自动分析，具有挑战性。本研究提供一个人性化基于GUI工具土壤根系图像的半自动分析，使用自适应阈值和形态滤波的组合进行有效的图像分割，并获得根系系统体系结构的各种定量描述指标，包括总长度、局部宽度、投影面积、体积、空间分布和方向。与IJ_Rhizo和GiAroots相比，我们的半自动根系图像分割结果与参考的地面真实数据(平均骰子系数= 0.82)吻合良好。用我们的工具在几秒钟内计算出的根生物量值与使用传统的纯手工分割方法得到的结果具有很高的相关性(Pearson系数=0.8)。配备了多项可调参数和可选的校正工具，我们的软件能够显著地快速对土壤中、琼脂中和洗净的根系图像进行定量分析和表型分析。