ISME Journal丨稻田里的铁还原菌

    在厌氧稻田土壤中，三价铁还原是最重要的终端电子接受过程之一，但还原微生物的身份却鲜有报道。本研究通过以RNA为基础的稳定同位素探测，在铁(III)氧化物作为电子受体的情况下，识别醋酸盐代谢细菌。将内源铁(III)还原21天后，用13C标记的乙酸盐(2mM)和添加氧化铁(水铁矿或针铁矿)的稻田土壤泥浆,48和72小时后进行同位素探测。水铁矿的还原抑制了产甲烷的过程（77%）。采用等密度离心法对各处理提取的RNA进行密度解析，利用末端限制性片段长度多态性进行分析，然后对细菌和古菌群体的16S rRNA进行克隆和测序。在重同位素标记的RNA的水铁矿处理中，识别了主要的13C同化微生物，如地杆菌属（~85%）。在针铁矿处理中，没有发现铁(II)的形成。但是以地杆菌属（~30%）、δ变形菌的厌氧粘细菌属（~30%）和新型β变形菌为主的重质rRNA组分表明，在针铁矿存在的情况下，13C标记的醋酸盐被同化了，而在对照的重质RNA中没有此发现。本文首次将醋酸盐氧化铁还原菌，包括迄今未被发现的新种群，认定为厌氧水稻土的功能群。

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论文链接

https://www.nature.com/articles/ismej2009100

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