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逃回香港的病毒猎手管轶有了最新发现

詹涓 纽约华人资讯网2 2020-02-27


▇  纽约华人资讯网主笔 詹涓


围捕病毒的猎人刚刚有了新发现。


2月18日,一组大陆和香港科学家在bioRxiv预印平台在线发表了一篇题为《Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China》的文章,表示经过对马来穿山甲研究发现,它们携带的冠状病毒和这次中国爆发的新冠病毒(SARS-CoV-2)具有高度同源性。应该考虑将穿山甲作为这种新型人类病毒的可能中间宿主,并应将其从菜市场上清除,以防止人畜共患传播。

 

这篇文章的通讯作者,正是病毒学专家管轶。



1月23日接受大陆财新杂志采访时他表示,自己在21-22日来到武汉,希望能帮助找到此次新冠病毒的动物源,但“吃了不少闭门羹”,而且当时所认为的病毒源头华南海鲜市场已经被封掉,冲洗干净,“犯罪现场都没了”。管轶认为,在这样的环境条件下,他是不可能提取充足样本、追溯动物源的,因此只能仓皇回到香港。

 

但这并不意味着再也无法从事任何与新冠病毒动物溯源有关的任何工作。


突破口在于从2017年8月起,分别由广西和广东海关收缴的多个马来穿山甲样本,管轶团队收集到了这些穿山甲的冷冻组织样本,对它们进行RNA高通量测序显示,结果发现样本中不仅存在冠状病毒,与SARS-CoV-2基因组相似率在85.5%—92.4%,而且最值得注意的是广东穿山甲冠状病毒和SARS-CoV-2在受体结合域(RBD)的五个关键残基上拥有相同的氨基酸。



因此管轶团队推测,蝙蝠可能是此次新冠病毒的天然宿主,而穿山甲为中间宿主。



这项研究,以及2月6日由华南农业大学宣布穿山甲为新冠病毒潜在中间宿主(研究论文尚未发表,但华农与管轶团队使用了同一批穿山甲样本),为病毒如何从蝙蝠跳到人类身上,给出了一个较为合理的解释。


1重回SARS


 管轶师从流感专家肯·萧瑞吉(Ken Shortridge),早年一直研究禽流感,他对自己的定位是“围捕病毒的猎人”。在2003年SARS期间,他曾得到了钟南山院士的支持,得以反复前往广州采集肺炎患者的样本,并在全球率先确认SARS属于冠状病毒。之后,在5月22日,管轶团队又首先在《科学》杂志上发表文章,披露SARS的病毒宿主是果子狸与人类病毒的同源性高达99.8%。2014年1月SARS一度在广东死灰复燃,管轶还扮演了“吹哨人”的角色,要求清剿市场上的果子狸,1月12日清剿完成后,SARS从此绝迹。

 

也正因为此,绝大多数人对SARS的印象都是,“这个病是吃果子狸吃出来的”。

 

但管轶本人认为,果子狸在病毒传播中扮演的是“二传手”的角色,对于这样新发的动物源病毒,还需要找到最根本的源头,也就是自然宿主。2013年他在接受《三联生活周刊》的采访时回顾说,在2007年,他对整个冠状病毒的生态学做了系统的总结,从进化角度来分析,认为蝙蝠可能是所有冠状病毒的源头。

 

什么叫自然宿主?在自然界有一类动物,它长期携带病毒,但本身并不发病,这类动物就被称为病毒的自然宿主。比如禽流感病毒是以野鸟作为它们的自然宿主。而果子狸不然,当时除了广东野生动物市场的果子狸之外,研究人员还调查了全国各地的养殖果子狸和野生果子狸,却发现它们没有被SARS病毒感染的证据。但是在实验室里用SARS病毒对果子狸进行人工感染,果子狸也会生病,表现出症状。这就说明,果子狸不符合SARS病毒自然宿主的特征,它只是病毒的中间宿主。

 

管轶追查到了SARS的中间宿主,而追溯天然宿主的工作由中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队接力。


在对《一席》发表演讲时,石正丽讲述了她和团队追踪SARS自然宿主的历程。和管轶一样,他们也将焦点锚定在蝙蝠上面,是因为蝙蝠种类多、分布广,被称为“会飞的病毒库”,是多种人兽共患病和新发传染病的储存宿主。对人类来说最凶险的病毒,大多数是由蝙蝠传播的。

 

1994年,澳大利亚爆发了由马传到人的亨德拉病毒,导致14匹赛马和1人死亡。原因是灰头狐蝠的胎儿组织污染了牧草,马采食后发病,人则通过接触病马感染。

 

1999年,马来西亚和新加坡出现尼帕病毒,这次流行有257人感染,100人死亡,存活者中超过50%留下严重的脑部损伤,这种病毒是果蝠携带的。据流行病学家推测,尼帕病毒从蝙蝠到人,是猪作为中间宿主。马来西亚养猪场建在了蝙蝠栖息地的旁边,蝙蝠吃了芒果,将病毒通过唾液和尿液留在吃剩的芒果里,熟透的芒果掉到猪圈里,猪吃了以后染病,再把病毒感染到人。

 

2004年起,石正丽团队开始四处采蝙蝠。


在2005年,他们在广西和湖北的三种菊头蝠体内发现了SARS病毒的抗体,说明蝙蝠的确是和SARS的源头有关系。在之后的10多年间,这个团队又在中国28个省市采蝙蝠,终于到了2013年,在云南省一个偏僻的洞穴中,他们发现了一群携带有SARS样冠状病毒的中华菊头蝠,通过测序及序列比对,研究团队发现该SARS样冠状病毒与2003年爆发的SARS病毒具有高度同源性。它比以往发现的所有蝙蝠SARS样冠状病毒都要接近SARS病毒,最重要的是它可以感染人类和其他哺乳动物的细胞。这一发现刊载于《自然》杂志,是证明SARS起源于蝙蝠的一个极为有力的证据。

 

因此,科学界现在普遍认为,果子狸只是承担了SARS中间宿主的作用,而云南这个山洞里的中华菊头蝠才是元凶,据石正丽推测,蝙蝠SARS样冠状病毒在偶然的情况下感染了云南养殖场的果子狸,果子狸随后被贩卖到了广东。病毒进一步在市场上的果子狸中传播并变异,最终产生一个传播性极强的SARS病毒,感染了人类。因此全面清剿并禁食果子狸,仍然是一个有科学证据的公共卫生决策。

 

2云南菊头蝠或舟山蝙蝠


对于2019年底出现的SARS-CoV-2,科学家溯源的过程则跟2003年的SARS恰恰相反:先找到了最有可能的自然宿主蝙蝠,但卡在了中间宿主上,而这段缺位,也为众多猜疑留下了空间。

 

2020年1月5日,复旦大学上海公共卫生临床中心通过高通量测序获得了SARS-CoV-2病毒的全基因组序列,发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒有89.1%的核苷酸相似性。


当时中国疾控中心和武汉市疾控中心等单位均将病毒来源直指武汉华南海鲜市场,而该海鲜市场确曾销售野味,一时间,武汉市民是因为吃蝙蝠、卖蝙蝠才患上这种“野味肺炎”的说法甚嚣尘上——但事后有多篇报道指出,当地并没有吃蝙蝠的传统,海鲜市场也并不卖蝙蝠。

 

1月23日,石正丽团队在BioRxiv预印版平台上发表文章《Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin》。该研究表明新型冠状病毒的自然宿主最有可能是蝙蝠,它与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病毒一致性高达96.2%。这篇文章在经同行评议后,于2月3日发表在《自然》(Nature)杂志上。

 

1月30日,《柳叶刀》(Lancet)发表由中国疾控中心领衔的论文。该研究表明,与新型冠状病毒完整基因组序列最为接近的,是2018年在浙江省舟山市的蝙蝠体内分离出的两株病毒,它们的相似性达到87.99%。

 

两篇重磅论文并未得出统一且确切的结论。


首先是相似度还不是特别高,毕竟无论是云南菊头蝠还是舟山蝙蝠,都不能证明是蝙蝠直接将病毒传给了人,能直接传播,需要像SARS中的果子狸那样,达到99%以上的一致性。


第二,如果是蝙蝠,那么蝙蝠是云南的还是舟山的?SARS-CoV-2病毒的全基因组序列和S蛋白确实与 云南蝙蝠最相似,但是E蛋白又跟舟山蝙蝠最近。

 

正是因为SARS-CoV-2病毒与蝙蝠冠状病毒非常接近,但又不是100%一致,加上虽然疾控中心反复强调该病源自海鲜市场,但据接诊所谓“零号病人”的金银潭医院重症监护病房主任吴文娟对BBC表示,这位患者并没有去过华南海鲜市场,而且因为患有脑梗等病基本上不出门,因此通过接触野味患病的可能性似乎不大。

 

中间宿主的缺失,以及“零号病人”的谜团未解,引发了很多猜测。病毒是人工制造的吗?是实验室不慎泄露的吗?是别国投的毒?

 

对此,多国科学界已对引发新冠肺炎的病毒SARS-CoV-2的全基因组进行了分析,2月18日,Scripps研究所著名病毒进化学家克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen)在virological.org发表文章反驳了新型冠状病毒的“人工合成”阴谋论,称从新型冠状病毒的S蛋白结构特征来看,它并不是通过算法所预测的最优化的,而更像是自然选择的结果。众多著名病毒学家如哥伦比亚大学教授Vincent Racaniello纷纷转载并支持。

 

同一天,来自美国、英国、澳大利亚、荷兰、西班牙、马来西亚等国的27名科学家在《柳叶刀》联合发表声明,谴责那些认为“新型冠状病毒肺炎并非自然起源”的阴谋论。声明表示,多国科学家的研究结果压倒性证明了该冠状病毒和其他很多新发病原一样,“来源于野生动物”。截至写信时,“与2019-nCoV最接近的是中国收集的蝙蝠样本中的一种冠状病毒”。

 

根据各领域专家的意见,尽快收集与疫情有关的样本和“野生动物的样本”,将有助于溯源。也就是说,如果说云南的中华菊头蝠在目前可以认为是新型冠状病毒的源头,但蝙蝠又很难直接将病毒传染给人,那么,就必须找到令病毒发生进化和重组的中间宿主,才能从根本上切断传染源与传播链。

 

管轶的研究论文恰逢其时。


事实上,此前已经有多项研究试图寻找中间宿主,有研究指向水貂,也有的认为疑凶为蛇,2月6日,华南农业大学在调查了1000余个野生动物后将嫌疑指向穿山甲,称分离的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%,但论文并未正式发表。直至管轶团队发表论文,穿山甲看来越来越接近中间宿主的角色。

 

蝙蝠究竟是不是自然宿主,穿山甲究竟是不是中间宿主,实验室是否完全不存在泄露可能,这仍然需要更多研究。毕竟仍有问题未解,首先,中间宿主通常具有极高密度,这样自然选择才会迅速发生,而穿山甲通常过着独居生活;第二,此前报道称华南海鲜市场确实销售包括竹鼠、果子狸、狐狸、树熊、孔雀等野生动物,但翻查各种报道均未见此地售卖穿山甲,即使确有私下销售,难以解释为何只有华南海鲜市场的野味沾染病毒,而非同一产地或同一运输批次的野味都有病毒。

 

不过穿山甲传播病毒,似乎在去年已经埋下伏笔。



2019年4月《广州日报》报道,21只马来穿山甲走私入境时被查获,由广东省野生动物救护中心组织开展救护。20多天来,16只穿山甲陆续死亡。当中多数获有肺炎。

 


 

这年10月,上述机构和广州动物园等联合发表论文称,在这批穿山甲中分离出了多种冠状病毒,其中又有SARS-CoV分布最广。文章称,马来穿山甲可能是另一个有可能将SARS冠状病毒传播给人类的宿主。因此,对马来穿山甲病毒宏基因组的研究对珍稀野生动物的保护和公众健康都具有重要意义。


作者为纽约华人资讯网主笔詹涓,曾任《彭博商业周刊》中文版副主编(编辑郑重致歉:标题的“逃”应加引号 )



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 我们会回来的,就在2020年3月5日。



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