长上加长！ 纳米孔测序DNA读长超过200万个碱基！

文章发于2018年5月7日

导读

利用Oxford Nanopore测序技术，超过2Mb的DNA测序读长（一条连续的DNA序列上包含的碱基数超过200万个）已经实现！

在一项最近的研究中，研究者们利用Oxford Nanopore测序技术获得了首个超过2Mb的DNA测序读长（一条连续的DNA序列上包含的碱基数超过200万个）。

该读长首次公布于最新发表在生物学预印网站（BioRxiv）上的一篇来自英国诺丁汉大学的研究团队的文章中。该研究团队成员包括Alex Payne, Nadine Holmes, Vardhman Rakyan(伦敦玛丽王后大学)以及 Matthew Loose。文章中，作者报道了迄今为止最长的纳米孔测序读长序列，其长度达2,272,580个碱基。

该读长重建于一系列共11条的单独读长，依据这些读长出现在纳米孔测序通道内的连贯性，以及在参考基因组比对中的连续性，研究者发现证据不足以支持这些读长原本属于分开的片段。作者表明，重建处理对超长读长的制备尤为适用。

如感兴趣，可以在生物学预印网站刊登的原文中补充文件2里查看该读长

https://www.biorxiv.org/highwire/filestream/96273/field_highwire_adjunct_files/1/312256-2.gz 

为什么选择长读长，

甚至超长读长？

就像把一大堆很碎小的图片拼成一幅完整的拼图一样，使用传统的短读长DNA测序技术的数据对组装完整的基因组存在困难。

纳米孔测序的读长长度取决于样本的制备，所测序的片段的是制备后的DNA片段。科学家们现在已经能够常规对数万至数十万长度的碱基片段进行测序。

使用长读长，甚至是几十万碱基长度的超长读长，进行基因组组装的时候就能变得很简单。据估计，人类基因组约有8%尚未被测序（1）。长读长能够横跨基因组中的困难测序区域，甚至可以用来鉴定和表征那些未能被测序的区域。同时，它对解析结构变异也极具价值。有关更多长读长对基因组组装和结构变异的优势，请阅读白皮书：

https://nanoporetech.com/cn/resource-centre/white-papers 

纳米孔长读长应用成果

 
• Karen Miga 研究组利用纳米孔测序技术生成数万碱基长度的读长，对含有高度DAN序列重复区域的人类Y染色体着丝粒进行组装。

• 在一项人基因组组装的研究中，纳米孔测序联盟的科学家们使用超长读长，组装和定相了4Mb主要组织相容性复合物基因座(MHC)。

• Wigard Kloosterman研究组使用纳米孔测序对患者基因组中大型结构变异区域进行了组装和定相, 解析了包含超过40个染色体断点的复杂染色体碎裂区域。 

• 在一项植物病原体立枯丝核菌基因组的研究中，利用长读长，KeyGene以少于短读长测序10倍的contigs，对立枯丝核菌基因组进行了更加完整以及连续的组装。 

• 访问官方网站，浏览更多有关纳米孔长读长的文献资讯。

参考文献：

1. Miga et al Nucleic Acids Research 43(20) e133

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https://store.nanoporetech.com/cn

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