【London Calling 2018 大会】– Day 2 快报
文章发于2018年5月26日
导读
5月25日，London Calling 2018年度大会精彩继续，600多名参会者和80位演讲者一起分享纳米孔技术在微生物学、癌症研究、植物遗传学、人类遗传学、环境分析、食物和水源监测以及医疗/诊断学等领域的应用。
5月25号，London Calling 2018第二天的会议在CEO Gordon Sanghera的开场演讲中精彩继续。Gordon身后的超大型屏幕不断持续闪现的DNA碱基为你展示最近获得的纳米孔2.3Mb读长到底有多长！还有80多岁高龄的两位纳米孔传感技术的先驱泰斗现身现场。文末视频彩蛋更有本次大会精彩的瞬间回放，千万不要错过！
这场为期两天由Oxford Nanopore Technologies主办的盛会，汇聚了600+名参会者，其中有80位演讲者，应用领域包括微生物学、癌症研究、植物遗传学、人类遗传学、环境分析、食物和水源监测以及医疗/诊断学等等，使用了包含MinION、GridION以及PromethION在内的一系列技术。
大会有幸邀请到了纳米孔测序研究的先驱和大牛Daniel Branton教授和David Deamer教授，穿梭时光将我们带回到30年前的1989年，纳米孔传感技术概念诞生的时刻。
两位教授还在最近著作的教科书中为公司CEO Gordon和首席商业发展执行官Spike Willcocks题字：“如果没有你们的愿景和激情，纳米孔至今仍将只是一个理念。”
大会第二天，参会者热情依然不减，各个领域的应用讲座火热进行，以下为部分演讲简报，稍后会为大家呈现更为详细的演讲内容，请持续关注！
主题演讲
Liana Kafetzopoulou - 英格兰公共卫生署
Liana讲述了她近来对RNA病毒的一些研究工作，并提及在2014年埃博拉流行病期间，英格兰公共卫生署的同事利用纳米孔测序表征埃博拉病毒。Liana为大家解释了如宏基因组测序这样的快速、无偏倚的鉴定方法在无先验知识的情况下对识别和表征新兴病原体的重要性。使用纳米孔技术，她和同事先后对登革热、基孔肯雅热和拉萨热病毒基因组进行了测序。
Hayley Wilson - 剑桥大学
Hayley讲述了她和团队使用MinION测序平台监测和追踪多重抗药金黄色葡萄球菌爆发的工作。在两个医院的病区使用MinION测序，在不到4-5天的时间就确定了疫情。她的团队在一张测序芯片上进行了9个分离株的混样建库测序，并且同一张芯片还能够容纳更多的样本。Hayley最后强调了实时测序能够协助临床医生，提供疫情爆发的有效信息，但同时也离不开生物信息学家的帮助。
02
转录组 & 基因表达
Miranda Pitt - 澳大利亚昆士兰大学
Miranda分享了使用MinION测序平台，进行全基因组测序以及直接RNA测序，以检测和分析肺炎克雷伯菌中的药物抗药性通路的研究。
Nathan Roach - 美国约翰霍普金斯大学
Nathan讲述了他使用直接RNA测序计量秀丽隐杆线虫（C.elegans）不同生命周期中的异构体丰度变化、polyA尾长度以及UTR区域的研究。
Chris Vollmers - 加州大学克鲁斯分校
Chris及团队研发出了一种名为R2C2的新方法，能够用于MinION测序平台进行准确的全长单细胞cDNA混合库的数据拆分。
03
植物基因组学
Richard Finkers - 荷兰瓦赫宁根大学及研究中心
植物基因组大小不一，跨度可达100Mb至152Gb。植物基因组不仅染色体的倍性十分多样化，同时还会含有大量的高度重复区域。Richard分享了使用纳米孔测序读长来改善对高度重复的16Gb洋葱基因组组装的研究。
Alexander Wittenberg - Keygene公司
生菜是一种很重要的农作物，全球每年约收成740亿颗生菜。Alexander向大家展示了Keygene公司在农作物创新方面的研究工作。通过性状发现以及精准培育，增加抗蚜虫的生菜种类，减少对杀虫剂的需要。使用PromethION，Keygene测序并组装了长达2.7Gb的生菜基因组。
Jean-Marc Aury - 法国Genoscope国家测序中心
Jean-Marc Aury首先与大家回顾了高度重复区域、不同染色体的杂合区域所造成的基因组组装的困难和挑战，并讨论了使用纳米孔长读长生成高质量基因组组装的巨大益处。使用MinION和PromethION，Jean-Marc及团队完成了包括香蕉、柑橘和十字花科植物的从头测序和组装。
04
宏基因组学测序
张彤教授 - 香港大学
夏雨助理教授 - 南方科技大学
张彤教授和夏雨助理教授是纳米孔测序最早期的用户之一，早在2014年的“早期用户计划”开始就一直在积极地推进纳米孔测序技术的应用。张彤教授为大家描述了使用MinION检测污水处理厂以及处理水排放环境中的抗生素抗药性情况。张彤教授以及团队利用纳米孔测序进行了抗生素抗性基因的快速监测，并对宿主进行了同步追踪。他最后总结说到，长读长能够将ARG放到一个具有遗传信息的情景中，这将为抗生素抗性发展中的演化和传播机制提供更深入的见解。
夏雨助理教授展示了对深圳湾中耐药基因组的调查研究。深圳湾接收来自附近的污水处理厂排放的处理水，而其周边是一个人口密集富有多种生物的区域。使用MinION测序深圳湾采集的样本，共检测到了对20种不同抗生素有抗药性的抗性基因共201种。
Jangsup Moon - 首尔国立大学医院
使用多个临床细菌感染患者的样本作为示例，Jangsup探讨了使用纳米孔MinION测序仪进行临床样本的16S测序快速检测出细菌病原体的工作。Jangsup表示，基于16S的测序的优势在于它能够在非常少量的标本中鉴定和诊断无法培养的细菌。与传统细菌培养法相比，MinION具有显著的速度优势，并且能够使用宏基因组测序识别多重细菌感染。
05
人类基因组学
Graham Taylor - 圣托马斯 & 国王学院医院
临床基因组对短读长测序存在多种挑战，例如鉴定癌症中的易位、定相和单倍型分析、三核苷酸重复扩展、假基因和同系旁源基因的识别等。Graham的工作旨在为诊所或是患者开发可靠的、经济有效并且可及的诊断方法。MinION的设施要求低，且有足够的能力进行16S测序、抗生素抗性分析以及测序基因型结构变化，使得它极具吸引力。
Christos Proukakis - 英国伦敦大学学院
GBA基因在罹患高氏雪症和帕金森病的风险中扮演着重要的角色。GBA是一个含11个外显子的长为8kb的基因。然而，有一个20kb的假基因与它具有96%的同源性，其中在第8-11外显子最为显著，而这又是大多数致病突变所发生的区域。为此，Christos和团队设计了一套MinION测序的工作流程和实验方案，成功检测出样本中的所有突变，并准确配型与定相。
06
数据处理
Kai Wang - 费城儿童医院
Kai Wang探讨了纳米孔长读长相对于短读长在直接检测DNA修饰以及结构变异表征等方面的优势，并为大家展示了一种新的分析工具——NanoMod，可以通过分析原始信号中的强度特征，改善DNA修饰检测的分析。Kai进一步讨论了纳米孔全基因组测序在临床方面的应用。通过对一例儿童疑似肝醣储积症的样本的低深度（12x）GridION全基因组测序，识别出致病结构变异突变。
Andreas Hauser - 德国慕尼黑功能基因组分析实验室
Andreas分享了使用PromethION并获得高采样率的经验。使用PromethION，他们已对人类、乌鸦、奶牛和猪等进行了测序。他还研发了一种新的名为LongRead Plots(或lrplot)的质量控制工具，融合了一系列包括序列长度、通道状态等在内的有用的指控指标。该工具可在GitHub上免费使用。
至此，这场为期两天的盛会已经圆满谢幕。我们感谢所有演讲中为我们带来的精彩充满启发的演讲，感谢所有的与会者的热情和支持。文末的小短片为大家回顾了这48小时的精彩瞬间，赶快戳视频观看吧！
我们将于今年11月27-29日在美国旧金山举办纳米孔社区大会，更多详情请关注
https://nanoporetech.com/events/ncm18
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