投稿前你需要知道的一件小事，如何上传组学原始数据？
整理/景杰学术
上周我们整理了一部分常见的蛋白质组学及相关领域期刊介绍、文章的研究思路以及文章举例（详情点击：写完文章往哪投？ 蛋白组学领域期刊介绍与投稿建议），希望能对您的投稿工作有所助益。
那么，在你完成一篇文章的写作，准备投稿之前，有一件小事值得关注。对于组学文章，审稿人在审稿时往往都会提出“Public availability of data”，所以在投稿前不妨一起学习上传组学的原始数据吧！
①目前我们常用的蛋白质组学数据存储库是PRIDE Archive，这是一个国外的公共数据存储库。我们首先可以通过下面的网页链接进入，网页有时打开很慢，需要稍稍耐心等待。
http://www.ebi.ac.uk/pride/archive/register
②点击界面右上角Register进行账号注册，在打开网页中按照要求填写内容，单击“Register”后提交注册。
③打开用于注册的邮箱，在完成注册后几分钟后会收到来自PRIDE自动发送的注册账户、注册信息和账户密码。如果邮箱里没有收到注意查看垃圾邮件 。
①打开下载链接进行下载：
http://www.ebi.ac.uk/pride/resources/tools/submission-tool/latest/desktop/px-submission-tool.zip
②解压下载文件，进入文件夹，文件夹内容如下图所示：
③上图中红色框选中文件为主运行程序。双击文件可运行程序。
注：这里运行程序为java程序，需要安装java后才能正常运行
①程序运行成功后，会显示下图所示界面：
②鼠标点击选择“Partial Submission”，然后点击“Next”。
注：“Complete Submission”需要PRIDE数据上传的特有格式， MaxQuant软件处理得到的数据选择“Partial Submission”。
①在电脑本地准备需要用于提交的数据。包含：
Ⅰ. 质谱下机原始数据（Thermo Fihser 质谱仪下机原始数据为.raw格式）。
Ⅱ. 质谱原始数据通过搜库软件（如：MaxQuant）分析得到的结果。（MaxQuant软件处理结果中“txt”文件下有所内容）注：需要将所有由搜库软件得到的结果文件压缩，压缩格式要求为.zip。
不同期刊要求不同，具体上传内容按照期刊要求执行，如MCP会要求上传所有搜库产生的结果文件。
②数据确认准备完成后，点击“Next”。
①用户名为注册时使用的邮箱，密码为PRIDE提供密码。
②点击Login。
注：根据网络情况需要等待一会儿才能登录数据提交服务器，也有时由于网络繁忙会出现登录不上的情况。
①根据文章实际情况填写，提交需要的必要信息（带*为必填项）。
②其中Experiment type通常选择“Shotgun proteomics”，其他信息可参考项目报告。
③填写完成后，点击“Next”。
①单击Add Files按钮，选择需要上传的数据文件。
②将质谱下机选择为“RAW”格式。默认自动识别格式。
③将搜库结果文件（压缩文件）选择为SEARCH格式。这里一定要手动选择，默认OTHER格式。
④添加完成后，点击“Next”。
①点击“Relation”按钮，在弹出的窗口中选择结果文件对应的质谱原始数据文件。
②选择完成后，单击Add完成添加，回到主窗口。主窗口下方的Related file会显示你选择的文件。
③确定完成后，点击“Next”。
①在弹出的窗口中填写实验信息。其中“*”标注为必填项。
②Instrument选项为质谱仪器类型选择，请根据项目报告的材料与方法中的描述选择仪器类型。
注：如果在下拉菜单中没有对应仪器类型，在下拉菜单最后“Other instruments”中输入仪器名称搜索。
③填写完成后，点击“Next”。
①根据要求填写数据所有者的姓名、邮箱、单位信息。
②填写完成后，点击“Next”。
这一步可以不填写任何信息，直接点击“Next”。
①仔细核对数据是否正确完整。
②核对完成，单击“Submit”，开始上传数据。
①当数据提交成功后，会显示下图所示画面。
②通过圆脸表情选择满意度后。单击“>Fee..”按钮完成数据提交。
③等待PRIDE发送数据上传结果信息的邮件。在数据上传完成后，会首先收到PRIDE发来的数据完成上传的通知邮件，邮件会发送到登录所用邮箱账号中。预计要等到4-8小时或者2-3天，会收到PRIDE发送的查看所上传数据的账号和密码，以及写入文章中的数据存储PXD编号。
邮件中重要信息如下：
在文章发表前，所上传数据仅能通过上传数据所用账号密码和数据上传完成后PRIDE提供的账号密码查看。在文章发表后，可以通过上传数据所用账号和密码进行数据公开。
①点击下方链接进行，在显示界面的右上角点击“Login”，输入上传数据的账号和密码。
http://www.ebi.ac.uk/pride/archive/register
②在登录后的界面中找到要公布数据的PXD号，点击“Publish”，在跳转出来的界面下直接确认，一天内数据库会邮件告知数据已公开。
如果在上传过程中遇到问题，欢迎来信和小编咨询。有其他想要了解的内容，也欢迎在本文下方回复留言。祝大家发文顺利！
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