机体免疫系统是人体健康的重要屏障，可通过活化天然免疫和适应性免疫来识别和消除异常细胞（比如肿瘤的发生发展），进而保护人体免受损害并维持机体平衡。肿瘤免疫过程与其微环境密切关联，肿瘤微环境是肿瘤细胞产生和生活的内环境，其中不仅包括了肿瘤细胞本身，还有其周围的成纤维细胞、免疫和炎性细胞以及细胞间质、微血管以及浸润在其中的生物分子。肿瘤微环境中多种免疫细胞参与免疫应答过程包括自然杀伤（NK）细胞、自然杀伤T（NKT）细胞、巨噬细胞、树突状（DC）细胞和淋巴细胞等。图1

蛋白质是功能的执行者，蛋白质的表达、修饰和功能的异常是疾病发生的直接原因。近年来，随着质谱技术的发展，蛋白质组也在向着“深度覆盖”和“高通量”两个方向发展，并在基础研究和临床转化方面发挥了越来越重要的作用。区别于追求在单个样品中检测到更多蛋白或修饰位点的“深度覆盖（deep-coverage）”的概念，“高通量（high-throughput）”的蛋白质组学分析方法追求的是蛋白质组学检测的效率。常规的蛋白质组技术一天只能检测十几个，甚至是个位数的样本。而高通量的蛋白质组学方法在保持了较为理想的检测深度和平行性、可靠性的前提下，能够实现短时间的快速分析，并且能够显著降低“批次效应”带来的系统误差，对于大队列临床样本和作物群体的研究尤为关键。“高通量”的技术在基因测序领域已经实现了充分的发展，而蛋白质组方面则有所欠缺，这也是制约了蛋白质组技术大规模应用的主要原因。可喜的是，近年来在色谱、质谱等方面都取得了一系列的突破，诸多创新技术的应用，为实现真正的“高通量”蛋白质组奠定了基础。色谱篇单针短梯度的方式，是提升通量的必由之路。传统的色谱技术中，首先色谱柱的分离能力有限，短梯度难以实现有效分离；再者在样品洗脱前需要经历吸样、柱平衡和上样的过程，导致有效梯度时间缩短。最新的Evosep色谱分离系统能够有效改善这一现状，其使用的Evotip移液器吸头形式的一次性捕获柱，配合其独特的高/低压泵系统，具有如下优势：1）Evotip能够在柱平衡的同时，实现样本的快速上样和在线脱盐，有效提高了质谱采集效率。2）综合Evotip和梯度预存储技术，Evosep色谱柱上的残留极低，提升了色谱柱的使用寿命和系统的利用率，减少样品间交叉污染。3）独特的高/低压泵系统，低压力下完成上样、预洗脱并形成梯度，高压力下进行洗脱分离，提高了系统稳定性和结果重现性。图1

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景杰学术/分享新冠肺炎疫情目前已在全球范围内迅速蔓延，累计感染人数逼近570万，对全球公共卫生造成严重威胁并对全球经济造成严重影响。现阶段针对新冠主要通过临床症状和影像学特征来进行诊断，但是对疾病在微观分子层面如蛋白或代谢等改变知之甚少，并且在临床治疗中为什么有些轻症患者会在短时间内迅速演变为重症仍然不是很清楚。2020年05月27日，西湖大学郭天南实验室领衔的合作研究团队在Cell上发表题为Proteomic

景杰学术/原创生物标志物（Biomarker）是指可供客观测定和评价的一个生理病理或治疗过程中的某种特征性的生化指标，通过对它的测定可以对同一种疾病不同状态进行精确分型，跟踪疾病发展、诊治的进程，最终实现对于疾病和特定患者进行个性化精准治疗的目的。图1.

血液是临床中最为常用的检测标本，其中的蛋白质变化作为标志物可以指征多种疾病的发生和进展。从常规体检的谷丙转氨酶，到癌症诊断的AFP、CA125等蛋白指标，都为临床诊断提供了不可或缺的重要信息。近年来，随着质谱技术的进步，通过组学方法来筛选新的血液标志物，已经成为了一个越来越重要的研究和转化应用的方向。血液分析难点血液因其特殊的蛋白质组成结构，使得其在组学层面上检测一直面临着较大的困难。这主要有两个方面的原因：首先，相比于一般的组织细胞类样本，血液蛋白质含量的数量级跨度更大——可达1012数量级（图1），也就意味着有些蛋白含量很高，而有些蛋白的含量又极低。这种情况对仪器检测来说是巨大的挑战，很难有仪器能横跨如此大的检测范围。其二，这些蛋白质不但含量差异大，而且分布非常不均匀。在血浆/血清样品中，仅仅血清白蛋白（HSA）这一个蛋白，就占据了全部蛋白约50%的含量；而前22种蛋白的集合，更是占据了全部蛋白99%的含量；剩下上万种蛋白加起来，只占了不到1%的份额。图1.

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修饰蛋白组与传统生物学技术结合的翻译后修饰完整研究思路4D蛋白组学精彩内容：新一代！4D蛋白质组学2019大事记重磅！Matthias

景杰学术/原创前一期，我们系统介绍了新一代定量蛋白质组技术4D-DIA的原理、特性和最新的进展（详情点击：划时代4D-DIA技术，重新定义蛋白质组学分析极限），并且阐释了其相比于传统的DIA技术，在保持了良好定量平行性的基础上，还有如下的优势：1、灵敏度更高：离子利用率从约20%提高到96%，更适合微量样品检测；2、可靠性更强：由于4D对齐提供了额外维度的校准信息，能够更准确从DIA的混合谱图中解析出具体的肽段信号；3、检测深度更高：基于以上两个特性，4D-DIA相比于传统DIA能够更加准确的识别出低丰度的蛋白，进而提高检测到的蛋白数目。技术测评那么4D-DIA的这些优势，在具体的实践中到底表现如何呢？我们近期进行了一个实际的对比实验，结果展现出4D-DIA相比于传统DIA，具有“更多、更准”的特点。实验材料：Hela细胞系实验平台：传统DIA和4D-DIA分别使用Orbitrap

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本文由景杰学术团队原创解读欢迎点击上方蓝字“景杰生物科技”关注我们并点击右上角“...”菜单，选择“设为星标“以质谱技术为核心的蛋白组学技术近些年取得了突破性的进展，比如离子淌度分离概念的引入使得蛋白质组学进入了4D新时代。4D蛋白质组学是在3D分离即保留时间（retention

重复性好，定量更加准确。如果您想了解4D技术在临床微量样本蛋白质组学应用的更多相关产品信息，请咨询景杰生物销售工程师或拨打客服热线（400-100-1145）。

2020年注定是难忘的一年，突如其来的疫情来势汹汹，打乱了大家的工作和生活。受疫情的影响，许多科研机构尚未恢复正常运作，科研活动处于相对停滞阶段，项目进度远远落后。为了帮助科研工作者抢回被耽误的时间，补回落后的项目进度，景杰生物4D蛋白组项目“15天极速周期”交付保障，帮助您的科研&毕业计划如期进行！4D蛋白组“15天极速周期”活动时间：3月5日-4月15日活动详情：4D蛋白质组学项目，活动期间签订合同并送样，低至15天极速周期交付（周期从客户样本提取质控合格开始计算）。详情请咨询当地销售工程师，或扫描下方二维码填写您的需求信息，我们的销售工程师会尽快与您联系。全新一代，4D蛋白质组学何谓4D：保留时间+

由景杰生物主办的【2019蛋白组学杯】文献解读大赛活动，吸引了众多关注。本次有奖征文历时一个半月的投稿与评选，最终花落谁家呢？下面将为您揭晓：一等奖：京东卡1000元姓名：金*婧

报道/景杰学术随着以4D技术为代表的质谱方法的不断进步，蛋白质组学也逐渐从基础研究进入到了临床分析的领域。由于蛋白质是功能的执行者和药物的直接靶点，因此蛋白质组学在临床方面的应用进展一直备受瞩目。然后目前的临床蛋白质组学研究，多数仍然是以新鲜或冰冻组织为样本进行的。这些样品往往缺乏足够长的随访信息，导致了其实际的研究意义受限。另一方面，FFPE是临床一直以来最常用的样品保存方法，这类样品不但数量多、而且时间长、随访信息完整，如果能够将这些样品应用于蛋白质组学分析，无疑会具有更好的临床价值【1-4】。景杰生物已于近期隆重推出4D技术新应用-福尔马林固定石蜡包埋组织（FFPE）样本定量蛋白质组学，助力各位老师的研究。

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Bio,Inc.），负责产品、市场与解决方案工作。卜晨博士长期从事蛋白质组学方面科学研究和应用转化工作，对于蛋白质翻译后修饰特别是酰化修饰方面有丰富的经验。其相关研究成果发表在Molecular

景杰生物作为全球蛋白质及翻译后修饰的领跑者，提供领先的高通量磷酸化修饰组学方案，以一站式蛋白质组学及修饰组学解决方案与高灵敏度的修饰类抗体，满足各类研究需求。

Pro的性能进行了详细的评估，其中有提到了几个非常重要的信息：1）每秒钟可以采集超过100张二级谱图；2）单针进样200ng，120min色谱方法可以鉴定超过6000个Protein

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基于质谱的蛋白质组学研究，其基本原理主要是通过对被测样品离子的理化性质的测定来进行分析，根据样品的质量谱图和相关信息能够得到定性定量结果。在3D蛋白质组学中，质谱会根据保留时间（retention

景杰学术/报道磷酸化是一种非常重要的翻译后修饰，在多种生命活动的调控包括生物的生长发育、信号转导以及疾病进程等过程中发挥不可或缺的功能。当下蛋白质组学研究正如火如荼地发展，随着技术的不断成熟，依赖于质谱的蛋白质磷酸化的检测，极大地推动了磷酸化蛋白质组学的发展。但是我们知道组学中鉴定到的磷酸化位点未必都是真实的，仍然存在一些假阳性。那么我们如何才能拥有“火眼金睛”去识别哪些是可靠的磷酸化位点，哪些是有水分的呢？下面小编就带大家一起来学习“绕坑”技能吧。在蛋白质组学结果的肽段鉴定中，FDR（false

结果展示如下图，我们可以直接导出PNG格式，也可以导出SVG格式，后者可以在修图软件如AI（AdobeIllustrator）里面打开进行再编辑，把图修得更美观一些。

近些年来，蛋白质组学，尤其是修饰组学的研究接连取得重大突破，研究报道屡屡见诸于CNS等顶级期刊。“临床大样本”接连落地，“大数据分析”的发展也推动着多组学的进步。

①添加网络图图注：从AI中打开蛋白互作网络图，在图上画一个矩形框，然后对矩形框进行参数设置。其中RGB颜色可以根据cytoscape中的查到，图注上的区间根据Log2(Ratio)值范围确定。

（2）针对原始的火山图，我们可以按照自己的喜好去调整图的一些属性。比如把鼠标放在红色的点上右击选择“设置数据系列格式”，在弹出的参数选框中，我们可以设置蛋白点的形状，大小以及颜色等属性。

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http://www.ebi.ac.uk/pride/resources/tools/submission-tool/latest/desktop/px-submission-tool.zip

应用蛋白质组学或翻译后修饰组学找到功能机制研究的突破口并在后续工作中展开深入细致的研究，进一步阐述清楚具体机制。这一类期刊上发表的以蛋白质组学为核心的文章往往具有很高的新颖性和很重大的研究意义。

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