简单两步,用Excel轻松搞定火山图
整理/景杰学术
继上周小编发布上传组学数据教程以来,收到了不少老师来信说是不是可以写点简单的生物信息分析的教程,所以我们决定这周教大家学习画Volcano Plot—火山图。
不需要会敲代码,
不需要任何软件,
只要会用Excel。
下面就是见证Excel奇迹的时刻!
STEP 1:整理用于画图的数据
首先画火山图需要的信息有Ratio(差异表达倍数)和P –value。火山图上的每一个点表示的是一个蛋白/基因,所以结果中没有Ratio或者没有P-value的蛋白无法展示在图中。
(1)删除结果中空白的部分。
(2)将Ratio做Log2转换,P-value做-Log10转换,根据Ratio和P-value值筛选出蛋白/基因的Regulation type:Unchange,Up和Down。
注:根据自己想要展示的差异蛋白的ratio界定Regulation type。
(3)将regulation type分列,分别列出满足Unchange,Up和Down的-Log10(P-value)。
准备好画图所需的数据之后,开始运用Excel的画图功能。
(1)选中Log2(Ratio),Unchange,Up和Down四列后点击Excel工具栏的“插入”,选择“散点图”,然后生成了火山图。
(2)针对原始的火山图,我们可以按照自己的喜好去调整图的一些属性。比如把鼠标放在红色的点上右击选择“设置数据系列格式”,在弹出的参数选框中,我们可以设置蛋白点的形状,大小以及颜色等属性。
说到这里,不知道你会画了米有?最后小编再整理几个注意事项。
①数据整理:在Excel表中充分利用“筛选”功能,根据步骤演示一步一步,不要心急。
②在Excel中进行对数转换时,可以把转换后得到的数据去掉公式(可以选中数据复制,粘贴为只有数值),以防带有公式会出错。
③在蛋白/基因点属性设置时,把鼠标放在一类颜色上直接右击可以对全部该同类颜色进行属性设置。(会操作AI软件的小伙伴可以在AI里“选择相同外观”进行设置)
小编期待和你一起交流学习~
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