导入标准修剪命令Read修饰Read过滤双末端Read修剪
导入
cutadapt，顾名思义，就是去除测序Read中所混杂的测序接头（adapter，二代测序中的测序接头）。
二代测序需要经过建库的步骤，然而建库时如果片段太短，那么在测序时，测序Read就会混入adapter序列，为了去除adapter的影响，就需要cutadapt进行数据修剪（trim）。
基础用法
cutadapt -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq-a 代表在Read 3‘端进行adapter序列的搜索，如果有则减去（默认至少有3个碱基重复），后接相应的测序adapter序列；
-o 修剪后的输出文件为output.fastq；
input.fastq 输入文件（测序文件）。
支持的文件格式
fasta（
.fasta，.fa，.fna）fastq（
.fastq，.fq）fasta或fastq的压缩形式（
.gz，.bz，.xz）
cutadapt会自动从相应的拓展名识别相应的文件格式，尤其值得说明的是，它同样支持压缩格式，gz格式是全python版本都支持的，但是bz与xz则需要python3.3以后版本才支持。
标准输入输出
除了可以使用-o参数来设置输出文件外，也可以使用Linux下的标准输出流来完成，例如：
cutadapt -a AACCGGTT input.fastq > output.fastq
此命令就等同于基础用法里面的那一条命令（见上述）。
不使用-o的一个重要的区别就是完成adapter修剪后的报告文件会定向到标准错误流，此时可以将其重定向到一个文件中，例如：
cutadapt -a AACCGGTT input.fastq > output.fastq 2> report.txt
本条命令和上一条命令效果一样，会在Read的3'端进行序列为AACCGGT的adapter序列搜索并将其修剪，不同的是本次的修剪报告会导入到report.txt文件中。
cutadapt是支持管线命令
|的。
标准修剪命令
cutadapt支持多种修剪方法，除下表所述语法外，还支持双端修剪（-b）以及联合接头修剪（-a adapter1...adapter2）。
3’、5‘的接头混杂示意如下：
其中anchored 3‘或5’的adapter修剪的anchored意义为仅出现在5‘开头或3’末尾的adapter。
几个例子
3‘adapter修剪
使用MYSEQUENCE代表测序的样品片段，ADAPTER代表接头片段。
输入Read为：
MYSEQUEN
MYSEQUENCEADAP
MYSEQUENCEADAPTER
MYSEQUENCEADAPTERSOMETHINGELSE
使用-a ADAPTER将会输出以下结果：
MYSEQUEN
MYSEQUENCE
MYSEQUENCE
MYSEQUENCE
默认至少3个碱基相同即代表存在adapter序列，也就是说，对于本例而言ADAPTER、ADAP、ADA都会被识别为adapter序列，都会被修剪。
5'adapter修剪
5'adapter修剪使用的场合较少，一般是由于adapter降解导致5’端混杂了adapter片段。
ADAPTERMYSEQUENCE
DAPTERMYSEQUENCE
TERMYSEQUENCE
SOMETHINGADAPTERMYSEQUENCE
使用 -g ADAPTER以上Read都将会输出以下结果：
MYSEQUENCE
anchored 5'修剪
ADAPTERMYSEQUENCE
MYSEQUENCEADAPTESOMETHING
使用-g ^adapter ，将会得出以下结果：
MYSEQUENCE
MYSEQUENCEADAPTESOMETHING
注意：第二个序列并没有被修剪为SOMETHING，因为ADAPTER出现在序列中间，而不是5‘端开头。
此外，BADAPTERMYSEQUENCE也会被修剪为MYSEQUENCE，原因是开头的B会被看做插入，这种情况叫做错误容许（error-tolerance），默认是1%的错误容许，可以使用-e来调整相应的错误容许大小。如果不需要错误容许机制生效，可以使用--no-indels来关闭它。
anchored 3’修剪
MYSEQUENCEADAP
MYSEQUENCEADAPTER
MYSEQUENCEADAPTERSOMETHINGELSE
使用-a ADAPTER$将会得到以下结果：
MYSEQUENCEADAP
MYSEQUENCE
MYSEQUENCEADAPTERSOMETHINGELSE
注意：第一个序列需要重点注意，在使用锚定3‘修剪时，ADAP并没有被认定为adapter序列。应该PTER、TER才会被识别为adapter序列。
单个Read多个adapter
如果一条Read中同时出现了多个adapter，那么不论是5’修剪还是3‘修剪，都以最左边出现的adapter为准。
Read修饰
cutadapt不只是可以进行Read的adapter修剪，它也可以对Read进行不同的修饰（ modify）：
切去特定数目碱基
使用--cut或-u参数可以切去特定数目的碱基，例如：
cutadapt -u 5 -o trimmed.fastq reads.fastq
可以切去reads.fastq中最左边的5碱基，输出文件名为trimmed.fastq。
若要移除最右边的5个碱基，可以使用-u -5参数。
质量修剪
测序文件fastq是有每个碱基的测序质量分值的，cutadapt可以根据特定的质量cutoff值去除相应的碱基，比如：
cutadapt -q 10 -o output.fastq input.fastq
对3’端以10为cutoff值进行修剪。
如果需要对5‘端进行质量修剪，可以如下方式进行：
cutadapt -q 15,0 -o output.fastq input.fastq
代表对5’端以15为cutoff值进行修剪。
cutadapt使用的质量修剪算法和比对软件BWA是一样的。具体的质量修剪算法就不再叙述了，详细的可以看cutadapt的官方说明文档（http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/guide.html）里的“Modifying reads”中的“Quality trimming algorithm”部分。
裁短Read至特定长度
可以使用--length或-l将Read裁短至特定长度，例如：
cutadapt -l 10 input.fastq > output.fastq
将所有Read从3‘开始裁短至10个碱基。
在一条cutadapt语句中，如果以上adapter修剪和Read修饰同时存在，它们操作的顺序为：
无条件切除（
--cut)质量修剪（
-q)adapter修剪（
-a,-g）Read裁短（
--length）
Read过滤
默认情况下，cutadapt在做完adapter修剪和Read修饰之后，会将全部Read结果输出到输出文件或标准输出流。但是如果有特定的Read过滤（filter）的需要，那么cutadapt也是支持的，它的Read过滤选项如下：
-m N丢弃少于N个碱基的Read；-M N丢弃多于N个碱基的Read；--too-short-output FILE少于N个碱基的Read不再丢弃，而是输出文件FILE中；--too-long-output FILE多于N个碱基的Read不再丢弃，而是输出文件FILE中；--untrimmed-output FILE将没有adapter修剪的Read输出到文件FILE，而不再是正常的输出文件或标准输出流中；--discard-trimmed将搜索到adapter的Read丢弃；--discard-untrimmed将没有搜索到adapter的Read丢弃；
--too-short-output 和--too-long-output是首先进行处理的语法，也就是说假如同时存在--too-long-output FILE1和--untrimmed-output FILE2，一个Read因为太长而被输出到FILE1中，那么不论它是否经过了adapter修剪，都不再会出现在FILE2。
双末端Read修剪
cutadapt同样可以双端测序的测序文件进行配对修剪，测序文件分别为reads.1.fastq和reads.2.fastq，而相应的adapter表示为ADAPTER_FWD （FWD：forward reads）与ADAPTER_REV（REV：reverse reads）。基础语法为：
cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq
其中-a，-o同单末端Read文件中的含义是一样的，分别是3’端adapter修剪与输出文件名。
-A 同-a的语义是一样，但是作用于第二链（reverse reads）。按照大小写区分forward reads和reverse reads的参数还有-b，-g，-u，语法意义保持不变，小写代表作用于forward reads，大写代表作用于reverse reads。
-p代后接reverse reads的输出文件名。
当使用-p参数时，cutadapt会测试相应的两个文件是不是合适的配对，假如两个文件的Read数目不相同或者两个文件的文件名不匹配，那么将会报错。在cutadapt中，/1 与/2将会被忽略，也即是说以下两个文件名并不匹配：
@my_read/1;1
@my_read/2;1
参考资料：
cutadapt官方说明文档：http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/guide.html
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