转录组之BodyMap

BODYMAP：是关于人和老鼠基因表达信息的数据库，基因表达数据来自于不同组织、不同细胞以及不同时刻。通过分析这些数据，可以初步掌握基因活性，了解组织中mRNA的组成。如果你对这个数据库感兴趣，那就google吧，结果你看到的将会是这样一幅场景：婴儿，小说，fashion label.......继续往下找，终于找到一篇文献【BodyMap: a human and mouse gene expression database，链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC102396/】，发表日期：2000年，what ??? 好在文献里面提到官网是：http://bodymap.ims.u‐tokyo.ac.jp 和 http://bodymap.jp/ 两个，But 年代久远，都打不开啦😓那就先浏览下文献介绍吧！

数据库的构建

数据库建于1993年，数据来源于日本大阪大学（Osaka University）构建的无偏cDNA文库的3'端EST序列，截止到2000年包含有大于270 000 条来源于60个人和38只老鼠组织的序列。BodyMap是首次致力于去鉴定人和老鼠的基因和基因表达信息。数据库的构建是通过开头为GATC的引物序列去扩增3' 定向cDNA文库，并按照以下标准进行筛选和去冗余：

• 大于5% 的Ns，开始不是GATC，或者有多个GATC的序列去掉；

• 在50bp的重叠区域有 大于90% 的相似性；

• 70%的EST序列长度是载体序列或核糖体序列；

新提交的序列用FASTA进行序列比对，50bp重叠区域大于95%相似性的将被认为是相同的tag而进行聚类；

数据库的使用

• Composition of mRNA

• Expression patterns of genes

• Select genes by expression patterns

但是官网都打不开，也看不到结果 (┬＿┬)

还是不甘心，继续 google ..........终于的终于找到了一个能打开的小鼠 bodymap 网页了看介绍Illumina HiSeq 2000平台产生的数据，来源于320个小鼠个体，10个不同组织和4个发育阶段。数据还是很全面的，大家对小鼠基因表达感兴趣的可以去深入查阅。