功能数据库专题-GO数据库
简介发展和工作形式术语形式数据格式GO注释（有福利）GO分析相关工具汇总生信菜鸟团博客相关资源
官网：http://www.geneontology.org/
GO(gene ontology)是基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，堆积因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。它是多种生物本体语言中的一种，提供了三层结构的系统定义方式，用于描述基因产物的功能。目前，GO的定义法则已经在多个合作的数据库中使用，使得这些数据库在查询时具有很高的一致性。这种定义语言具有多重结构，因此在各种程度上都能进行查询。例如GO可以被用来在小鼠基因组中查询和信号转导相关的基因产物，也可以进一步找到各种生物的受体酪氨酸激酶。这种结构允许在各种水平添加对此基因产物特性的认识。
发展和工作形式
GO发展了具有三级结构的标准语言（ontologies），根据基因产物的相关分子功能，生物学途径，细胞学组件而给予定义，无物种相关性。三种本体论的内容：
分子功能本体论：基因产物个体的功能，如与碳水化合物结合或ATP水解酶活性等；
生物学途径本体论：分子功能的有序组合，达成更广的生物功能，如有丝分裂或嘌呤代谢等；
细胞组件本体论：亚细胞结构、位置和大分子复合物，如核仁、端粒和识别起始的复合物等；
GO工作，基本来说，可分为三个不同的部分：第一，给予和维持定义；第二，将位于不同数据库中的本体论语言、基因和基因产物进行联系，形成网络；第三，发展相关工具，使本体论的标准语言的产生和维持更为便捷。
术语形式
GO 定义的术语有着直接非循环式（directed acyclic graphs (DAGs)的特点，而并非是传统的等级制定义方式（随着代数增加，下一级比上一级更为具体）。举个例子来说，生物学途径中有一个定义是己糖合成，它的上 一级为己糖代谢和单糖合成。当某个基因被注解为“己糖合成活性”后，它自动地获得了己糖代谢和单糖合成地注解。因为在GO中，每个术语必须遵循“真途径 “法则，即如果下一代的术语可以用于描述此基因产物，其上一代术语也可以适用。
数据格式
GO的所有数据都是免费获得的。GO数据有三种格式：flat（每日更新）、XML(每月更新)和MySQL（每月更新）。 这些数据格式都可以在GO ftp的站点上下载。XML 和 MySQL 文件是被储存于独立的GO数据库中。如果需要找到与某一个GO术语相关的基因或基因产物，可以找到一个相应表格，搜寻到这种注解的编号，并且可以链接到与之对应的位于不同数据库的基因相关文件。
注释
GO中的术语如何和相对应的基因产物相联系的呢？这是由参与合作的数据库来完成的，它们使用GO的定义方法，对它们所包含的基因产物进行注解，并且 提供支持这种注解的参考和证据。每个基因或基因产物都会有一个列表，列出与之相关的GO术语。每个数据库都会给出这些基因产物和GO术语的联系数据库，并 且也可以在GO的ftp站点上和WEB方式查询到。并且，GO联合会提供了简化的本体论术语（GO slim），这样，可以在更高级的层面上研究基因组的功能。比如，粗略地估计哪一部分的基因组与信号传导、代谢合成或复制有关。
一个基因产物可以被一种本体论定义的多种分支或多种水平注释。注释需要反映在正常情况下此基因产物的功能，生物途径，定位等，而并不包括其在突变或病理状 态下的情况。GO联合会的各个数据库成员采用手动或自动的方式生成注释，这两种方式共有的原理是：一.所有的注释都需要有来源,可以是文字、另一个数据库 或是计算机分析结果；二.注释必须提供支持这种基因产物和GO术语之间联系的证据。【福利】GO注释-北大公开课视频：https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=v1328hachfi&width=500&height=375&auto=0
GO分析相关工具汇总
1.GO委员会工具：AmiGO；OBO-Edit；
2.非GO委员会工具：CGAP GO Browser；COBrA；Comparative Toxicogenomics Database；DynGO；EP GO Browser；Gene Class Expression；GeneInfoViz；GeneOntology at RZPD；GenNav；GOblet；GoFish；GONUTS；MGI GO Browser；Ontology Lookup Service；PANDORA；QuickGO at EBI；TAIR Keyword Browser；Tk-GO；
3.注释工具：grofiler；GeneTools；GOanna；GoAnnotator；GOCat；GoFigure；GoPubMed；GOtcha；HT-GO-FAT；InGOt；InterProScan；JAFA；Manatee；PubSearch；
4.用于基因表达/芯片分析的工具：Avadis；BiNGO；CLENCH；DAVID；EASE；eGOnv2.0；ermineJ；FatiGO；FIVA；FuncAssociate；FuncExpression；FunCluster；FunNet；GSESAME；GARBAN；GENECODIS；GeneMerge；GFINDer；GOALIE；GOArray；GOdist ；GOHyperGAll；GoMiner and MatchMiner；GOstat；GoSurfer ；GO Term Finder；GOTM；GOToolBox；L2L；Machaon Clustering and Validation Environment；MAPPFinder；Onto-Compare；Onto-Design；Onto-Express；Onto-Miner；Onto-Translate；OntoGate；Ontologizer；Ontology Traverser；ProbeExplorer；ProfCom；SeqExpress；SerbGO；SOURCE；Spotfire Gene Ontology Advantage Application；STEM；T-Profiler；THEA；
5.其它工具：APID；Blast2GO；Db for Dummies；Flash GViewer；FunSpec；FuSSiMeG；Generic GO Term Mapper；Genes2Diseases；GO Slim Mapper；GO Terms Classification Counter；GOBU；GOChase；GOProfiler；GORetriever；GOSlimViewer；ProteInOn；TXTGate；Wandora；WEGO；Whatizit。
【详细内容，后台回复GO，即可获得链接】
生信菜鸟团博客相关资源
我们的博客（http://www.bio-info-trainee.com/），有很多GO相关的学习资料，这里简单举几例。如果你还想搜索其他的，请去我们博客的搜索栏检索。
1.下载最新版GO，并且解析好
http://www.bio-info-trainee.com/1211.html
2.用R画GO注释二级分类统计图
http://www.bio-info-trainee.com/771.html
3.转录组-GO和KEGG富集的R包clusterProfiler
http://www.bio-info-trainee.com/370.html
4.转录组-GO通路富集-WEGO网站使用
http://www.bio-info-trainee.com/359.html
参考资料
1.云之南博客：http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420128289474633/
2.郑俊娟科学网博客：http://blog.sciencenet.cn/blog-1271266-803860.html
2.生信菜鸟团博客：http://www.bio-info-trainee.com/
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