lncRNASNP2

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最近更新：2018-02-02

什么是SNP呢？

单核苷酸多态性（SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。主要通过比对的碱基错配（mismatch）鉴定。单个碱基的变异类型包括单个碱基转换、颠换、插入或缺失，插入或缺失为InDel。一般所说的SNP是指转换或颠换。同时转换和颠换的区别在于，前者是嘌呤替换另一种嘌呤或嘧啶替换另一种嘧啶，如：A替换G、T替换C。（嘌呤-嘌呤互换为转换，嘌呤和嘧啶之间互换为颠换），而后者则是嘌呤替换嘧啶或嘧啶替换嘌呤，如C替换A、G替换T。

SNP用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。SNP一直是研究的热点，主要因为以下几个优点：1.SNP适于快速、规模化筛查；2.SNP等位基因频率容易估计；3.易于基因分型。

但是实际上发生的只有转换和颠换两种，据说发生转换和颠换频率是2:1

lncRNASNP2 database：

lncRNASNP2（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2）是由华中科技大学研究人员开发的专门收录lncRNA和SNP关联信息的数据库，包含人和小鼠两个物种。其中，lncRNASNP2收录了人的141,353个lncRNA信息，10,205,295个对应SNP位点信息，859,534个对应非编码拷贝数变异信息和315,234个基于TCGA挖掘的肿瘤突变信息；小鼠包括117,405个lncRNA信息和对应的5，104,701个SNP位点信息。

网址链接：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/。该数据库除了能预测lncRNA上的SNP位点对其二级结构的影响外，还可以提供lncRNA-miRNA结合预测，还包含了人类lncRNA的SNP位点信息结合lncRNA/microRNA和SNP的研究。

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lncRNASNP2 使用：

由于在该数据库中，已经把SNP位点，拷贝数变异信息，miRNA结合信息，疾病信息与lncRNA进行了整合，因此，只要输入任何一条信息进行检索即可。假定我们以“hotair”为例：

然后出现下面：

点击第一个进入

就得到了这个lncRNA的全部信息：分别是lncRNA基本信息，lncRNA的变异，lncRNA疾病，靶向该lncRNA的miRNA，miRNA target gain，miRNA target loss，以及表达

然后这里挑一两个介绍一下吧

看一下miRNA target sites on lncRNA,这个是找靶向该lncRNA的mRNA

做lncRNA研究，有哪些miRNA可能与之结合，是最常能考虑到的。这里展示了什么位置，有miRNA结合可能性，是否有实验验证，是否保守等都进行了分类，每一个的结合信息可以点击miRNA进行查看：

查看他的结合信息hsa-miR-153-3p

lncRNA表达

很明显突变型表达水平相对较高

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划重点

点击TCGA进入，会发现什么呢？？？

就是技能树被引用啦，这说明我们技能树越来越有影响力了!

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