癌症相关数据库专题-TCGA
TCGA简介TCGA线上使用TCGA数据再分析工具
TCGA简介
肿瘤基因组图谱计划（The Cancer Genome Atlas，TCGA）由美国National Cancer Institute（NCI）和 National Human Genome Research Institute（NHGRI）联合启动。TCGA使用高通量基因组技术旨在加深人类对癌症的分子机制的理解，进而提高人类对癌症的诊断、治疗和预防的能力。
TCGA于2006年正式启动，至2009年它主要重点关注3种肿瘤：多形性成胶质细胞瘤（ glioblastoma multiforme）、肺癌及卵巢癌。目前TCGA数据已经了涵盖33种肿瘤类型，包括10种稀有肿瘤类型。
TCGA大致包含以下信息：
临床信息。每个癌症病人来了之后，会记录好他的临床信息，这个记录可以非常详细，年龄、性别、抽不抽烟、用过什么药、之前有没有被治疗过、什么发病原因、什么肿瘤时期、什么分型等等。
各种组学数据。同一个病人可能会测RNA-seq的、miRNA-seq、做甲基化芯片等等，但是并不是每个人每种都测了一遍，可能有人只测了RNA-seq，他就只有RNA-seq数据。另外，一个人可能既取了肿瘤组织，也取了远端的组织或者血液样本，这就是为什么会有normal的sample，但不一定每个人都取了，所以你会发现normal的样本总是很少，甚至没有。
TCGA线上使用
使用TCGA数据库找到乳腺癌的TCGA项目数据集中，受影响人数排名前100的基因。
打开TCGA主页https://portal.gdc.cancer.gov/，点击”Exploration“选项卡。
在打开页面的左边Cases选项卡中，分别选择Primary site：Breast，Project：TCGA-BRCA。Disease Type中只有一个亚型，可不选。
在此时的页面右侧，点击Genes，接着点击右下角Save/Edit Gene Set即可保存基因列表。
在出来的新页面中选择只保存前100个基因即可。
TCGA数据再分析工具
TCGA官网就可以做数据的分析工作，然而大多数文章并不是直接这么做的，官网分析更多的是用于超早期的概念探索，一些常见的TCGA分析工具有：
cbioportal
最出名，http://www.cbioportal.org/
特色：最基本的简单分析，基因突变、共表达/共突变的基因，下载数据也可以。
Ge-mini
特色：手机app，可随时查看，主要关注基因表达量的变化
UALCAN
最细致，http://ualcan.path.uab.edu/index.html
特色：1. 对肿瘤样本做了很细很专业的分组subgroup，生存分析、表达量都可以选择更细的亚型或临床表型做对比。
生存分析时，还能对比不同分期、性别、年龄、体重等临床特征。
OncoLnc
特色：可以做mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析
firebrowse
最人性化，http://www.firebrowse.org/
特色：1. 下载数据方便
图形化显示一起发生突变的基因，还能在网页上交互式的改图
参考资料:
TCGA肿瘤数据库使用训练（一）。解螺旋。
TCGA，她已经用了七年 | 资深用户深度点评。嘉因。
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