Bioconductor注释专题：OrganismDb

在Bioconductor中占很大一部分的项目是利用资源进行注释，主要是使用特定的包访问各种各样的在线资源。通常情况下，我们在数据的大量分析后进行注释，以了解清楚最重要的结果，比如多次研究之后建立起来的认识（基因的主要功能）。但如今，作为注释的含义也变得不那么清晰了，此功能越来越多地作为研究起点，甚至中间步骤来帮助指导，因此出现数据被不同研究团队以不同的角度进行了新的对待，切注释来源十分巨大（成千的注释包），使得经典的注解反而只能作为额外参考而用来比较了。因此，出现了一个新的注释需求：如何整合多种注释资源从而方便我们去认识手上的数据和研究对象。
OrganismDb就是来完成这一工作的，将来自多个不同注释对象的数据整合起来，如把一个gene SYMBOLS（来自OrgDb对象），与已知的基因转录本名（基于UCSC的TxDb对象）匹配起来。看上去OrganismDb对象可能比OrgDb、GODb或TxDb对象更复杂，因为它们允许同时访问所有三个对象源；但实际上并不是，它所做的只是为你查询这些资源，然后将结果合并在一起，这样就可以假装只通过一个来源来获得所有的注释。它帮助将不同的注释资源绑定在一起,将这些资源整合到一个单独的包中，代表所有这些资源。下面举个栗子，用该功能生成的注释包”Homo.sapiens”：

就是这样。现在可以OrgDb或TxDb对象相同的方式使用它，工作原理与它所包含的基本对象相同:

所有其他Db对象的五种methods(keytypes()、columns()、keys()、select()和mapIds())都应该用于OrganismDb对象。如果OrganismDb对象中包含TxDb，那么基于range的相关存取器也应该适用:

但值得注意的是，TxDb对象范围存取器可通过列请求的数量要大得多。

官网上有一些实战训练，可以帮助我们更深入的理解该功能

http://www.bioconductor.org/help/workflows/annotation/annotation/#OrganismDb

除此之外，下文链接中的说明将给我们一些提示，指导对已搭建组合包的使用以及利用OrganismDb去DIY自己的注释资源包

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/OrganismDbi/inst/doc/OrganismDbi.pdf

http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/OrganismDbi/man/OrganismDbi.pdf

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