Bioconductor注释专题：db0

查看很多资料关于db0，该包是一个注释包，主要我们看一下human.dbo,以及如何创建一个新的注释包。

假定，你已经安装了下面两个包，

library("RSQLite") library("AnnotationForge")

查看可以支持物种的db0包

available.db0pkgs()

可以看到目前有19个物种的db0 package

一旦你知道了需要的包的名称，就可以获得最新的.db0。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("human.db0")

一旦你有了合适的 .db0 package,你可能还需要安装合适的 org.* package

比如：

biocLite("org.Hs.eg.db")

所有可提供的.db0 package,都会有一个相匹配的org.* package.

The following shows an example of how to make a chip package

> hcg110_IDs = system.file("extdata","hcg110_ID",package="AnnotationDbi")
> tmpout = tempdir()
makeDBPackage("HUMANCHIP_DB",affy=FALSE, prefix="hcg110", fileName=hcg110_IDs,
  baseMapType="gb",outputDir = tmpout,version="1.0.0", manufacturer = "Affymetrix",
  chipName = "Human Cancer G110 Array",manufacturerUrl = "http://www.affymetrix.com")

>

这样我们就建立了一个叫hcg110.db个包。

makeHUMANCHIP_DB()对应于的是HUMANCHIP_DB 模式, 是用于产生这种类型的芯片注释包。

关于db0的用法，几乎都没找到，还在慢慢摸索吧

• 参考：

• https://rdrr.io/bioc/AnnotationForge/f/inst/doc/SQLForge.pdf

---

猜你喜欢

还有更多文章，请移步公众号阅读

▼ 如果你生信基本技能已经入门，需要提高自己，请关注下面的生信技能树，看我们是如何完善生信技能，成为一个生信全栈工程师。

▼ 如果你是初学者，请关注下面的生信菜鸟团，了解生信基础名词，概念，扎实的打好基础，争取早日入门。