菜鸟团一周文献推荐(No.18)
写在前面：
不知不觉，我们的「每周文献推荐」栏目已经来到了第 18 期。从这期开始，为了方便你阅读原文，我们为每篇推荐文献都增加了原文链接二维码。
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供稿人：lakeseafly
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大规模反刍动物群体遗传研究
文章信息
题目：Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits
杂志：Science
时间：June 2019
链接: 10.1126/science.aav6202
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反刍动物的系统发育和性状演变：
文章介绍：
介绍
反刍动物是属于哺乳动物谱系中的一种，具有广泛的形态和生态多样性，包含几种主要的牲畜物种，如牛，水牛，牦牛，绵羊和山羊。反刍动物已经进化出几个不同的特征，例如多腔胃，颅附件（头带），物种特定的牙列，高度善于跑动，以及各种体型变化。研究它们具有非常重要的生物学意义和极大的对人类社会的价值。但反刍动物的进化历史尚未完全被清晰解析，其特定特征背后的分子机制仍然未知。
结果
该研究利用从51种反刍动物中获得的全基因组，获取了反刍动物的直系同源序列，基于这些序列研究者构建了高质量的反刍动物系统发育树。这棵新树解决了以前关于反刍家族深处分支以及高度伸展的牛科的系统发育关系的争议。研究者估计皇冠反刍目出现在晚渐新世（3910万到3230万年前）时期和新反刍类在新世纪（2330万到2080万年前）时段出现。对其群体进化历史的研究表明，在大多数反刍动物物种中发生了大量的种群衰退事件，从大约10万年到5万年前。这在时间和空间上与这一时期不同大陆上人类活动频率增加的事件同时发生。研究者进一步确定了许多与重要与进化相关的基因的变化。
个人体会
这篇文章是大规模的群体进化的研究，只有在Science这样顶级的期刊才能读到。涉及到群体遗传进化的方方面面，从基因组的组装到遗传进化树的构建，再到物种分歧时间的分析，最后结合种群历史变化的分析讨论种群变化与环境，人类群体进化的关系。非常值得各位一读。
供稿人：lakeseafly
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单细胞RNA测序研究的实验设计指南
文章信息
题目：Tutorial: guidelines for the experimental design of single-cell RNA sequencing studies
杂志：Nature protocols
时间：Nov 2018
链接: https://www.nature.com/articles/s41596-018-0073-y
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成功的单细胞转录组的实验设计包括以下四步：
文章介绍：
单细胞RNA测序是当今最火最热门的话题之一，已经被广泛应用于各个研究领域。但是，如何创建广泛适用的实验设计仍然具有非常大的挑战性，因为每个实验都要求用户做出关于样品制备，RNA测序和数据分析的明智决策。为了促进这一决策过程，在本文中，作者总结了当前的方法和分析选项，并讨论了它们对一系列研究方案的适用性。具体而言，作者提供了有关单个细胞分离的最佳实践的信息，并提供不同细胞分辨率和规模的当前单细胞捕获方法的概述。制备RNA测序文库的方法在不同应用中有很大差异，错误或有偏见的分析可能导致误解或模糊生物重要信息。最后，作者提供主要数据处理步骤和有意义数据解释的指南。这将作为参考，支持用户构建单细胞实验框架 - 从样品制备到数据解释 - 根据基础研究背景量身定制的指南。
供稿人：曾健明
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十年前收集病人五年前公布数据今天发nature
文章信息
题目：Immune evasion before tumour invasion in early lung squamous carcinogenesis
杂志：nature
时间：26-June-2019
链接: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1330-0
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文章介绍：
本nature文章成本之低，令人咂舌，在GSE33479可以找到数据描述详情，仅仅是来自于77个病人的122个样品的表达量芯片数据，分布如下：
13 biopsies with normal histology normofluorescent (8/5 biopsies from former/current smokers)
14 with normal histology and hypofluorescent (8/6)
15 hyperplasia (7/8)
15 metaplasia (5/10)
13 mild dysplasia (8/5)
13 moderate dysplasia (7/6)
12 severe dysplasia (2/10)
13 carcinoma in situ (5/8)
14 squamous cell carcinoma (SCC, 5/9).
需要对肺鳞癌这个疾病的发生发展有一定的认识才能看懂上面的实验设计，总之是9个不同进展时期，从正常组织到癌症组织的蜕变，可以划分为4个步骤，分别是 normal, low grade, high grade and SCC
所以主要的分析集中在使用WGCNA算法找基因模块，不同疾病进展阶段的基因表达量的变化模式的生物学意义，以及免疫浸润相关细胞比例的变化。
供稿人：鲍志炜
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炎症性肠病中肠道微生态系统的多组学分析
文章信息
题目：Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases
杂志：Nature
时间：29 May 2019
链接：https://doi.org/10.1038/s41586-019-1237-9
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文章介绍：
炎症性肠病（IBD）包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），影响着全世界数百万人。而 IBD 无论在临床，免疫学，分子，遗传还是在微生物水平上都发生了一些异常的变化，导致其成因复杂。作为整合人类微生物组项目（HMP2 或 iHMP 计划）的一部分，文章对 132 名受试者进行了为期一年的研究（每个受试者最多 24 个时间点；总共 2965 个粪便、活组织检查样本和血液标本）。生成了疾病期宿主与微生物活动的分子图谱，揭示了炎症性肠病期间菌群成分、微生物转录、代谢及宿主血清中抗体水平的各种功能失调。文章发现患者微生态中兼性厌氧菌特征的升高是以专性厌氧菌为代价的，同时会影响生物转录过程和代谢产物中的分子降解和宿主血清中的抗体含量。疾病的周期可以被时间特异变量所标记，包括特异性的物种组成、功能和生化指标。文章最终确定了这种失调中最核心的微生物、生化指标和宿主因素。文章的结果和数据可在炎症性肠病多组学数据库（http://ibdmdb.org）获取。
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