生信菜鸟团从今年的 3 月 11 日开始推出「每周文献分享」栏目，截至今日这个栏目已更新到 第38 期，推荐了 150 篇左右的优质文献。很多读者反馈，能不能提供往期推荐文章的打包阅读方式。于是，我们将这些内容重新进行了排版和整理，现在通过语雀正式以「生信菜鸟团-每周文献分享」专栏知识库的形式呈现。详情内容参考今日推送的次页，点击阅读原文可直达「生信菜鸟团-每周文献分享」专栏知识库！指定搜索当前知识库可以查看所有推荐中有相关搜索内容的文献。
亚洲人群队列，肿瘤突变和负向选择，Enhancer 数据库
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供稿人：Lakeseafly
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Nature亚洲人群体分析大作
文章信息
题目：The GenomeAsia 100K Project enables genetic discoveries across Asia
杂志：Nature
时间：Dec 2019
链接: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1793-z
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文章介绍：
摘要
迄今为止，非欧洲人在人类基因研究中的代表性不足，限制了基因组数据集中个体的多样性，并导致世界上大部分人口的医学相关性降低。解决此问题需要特定人群的参考基因组数据集以及不同人群的全基因组关联研究。在这里，研究者描述了GenomeAsia 100K项目的试验阶段。该项目包括对来自亚洲64个国家和地区219个人群的1,739位个体的全基因组测序数据的分析，其最终目标是提供有用的基因组资源并促进亚洲的遗传研究。研究者使用在该试验中生成的数据来分析种群结构和历史，并作为设计大规模基因组研究的基础。此外，研究者探索与疾病相关的基因座，作为人群之间差异的初步比较。他们发现由该项目产生的变异数据改善了稀有疾病的疾病相关基因发现的变异过滤。他们表明，亚洲有相当大的原始起源群体，对这些群体的进一步研究对于发现与罕见病相关的基因可能有用。最后他们还报告了对GAsP项目中发现的功能丧失等位基因的初步调查。
推荐理由
该文章又是近期nature的一篇大作，详细的分析与我们息息相关的亚洲人的群体结构，与相关的GWAS研究，值得大家一读。
供稿人：Christine
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未经治疗的癌症基因组中缺乏可检测的新抗原消耗信号（一项证伪研究）
文章信息
题目：Lack of detectable neoantigen depletion signals in the untreated cancer genome
杂志：Nature Genetics
时间：2019-11-25
链接: https://www.nature.com/articles/s41588-019-0532-6
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体细胞突变可以产生新抗原，呈递到细胞表面，被HLA分子识别，由于这些突变对生物是有害的，理论上自然选择会消灭这些突变，曾有研究报道过该现象。作者希望从突变水平证实这种负向选择作用，方法是：先注释基因组中能翻译为HLA结合多肽的片段，然后在未经治疗的癌症中筛选突变率降低了的SNP。起初，作者得到了一个符合预期的新抗原消耗现象，然而，当在三核苷酸突变特征水平考虑时，作者却发现新抗原消耗信号消失了。进一步探索突变与序列特征之间的关系，作者发现编码HLA结合多肽的基因组中，疏水氨基酸数目更多，而疏水氨基酸的点突变更低，因而HLA突变区的突变率低与其他区域是由序列决定的，并非免疫带来的负向选择效应。至于负向选择效应的缺乏，作者认为可能是早期的肿瘤缺乏有效的免疫响应。本文告诉我们，不同基因序列的突变率是有差异的，以同义突变作为参考背景也是不够准确的，很可能会给某些研究带来假阳性结果。
供稿人：六六
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题目：EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with enhancer annotation in 586 tissue/cell types across nine species杂志：Nucleic Acids Research链接: DOI: 10.1093/nar/gkz980增强子是激活其靶基因转录的远端顺式调控元件，参与调节广泛的生物学功能和过程，包括胚胎发生、发育和体内平衡等。这里介绍的增强子注释数据库——EnhancerAtlas 2.0 （http://www.enhanceratlas.org/indexv2.ph）,目前包括9个物种，586种组织和细胞类型，共13,494,603个增强子。这些增强子是从从12种高通量方法鉴定到的，如H3K4me1/H3K27ac, DNase-seq/ATAC-seq, P300, POLR2A, CAGE, ChIA-PET, GRO-seq, STARR-seq and MPRA。另外他们预测了增强子和靶基因的关系，并提供了5个交互模块，便于搜索和使用。
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