菜鸟团一周文献推荐（No.40）

上期链接：菜鸟团一周文献推荐（No.39)

本期文献推荐关键词：

深度学习，药物基因组学，假基因

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供稿人：Robin

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通过深度学习整合多数据库的药物基因组学

文章信息

题目：Deep learning of pharmacogenomics resources: moving towards precision oncology

杂志：Briefings in Bioinformatics

时间：08 December 2019

链接: https://doi.org/10.1093/bib/bbz144

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文章介绍：

随着不同维度和数量的癌症基因组数据累积，海量数据为肿瘤-药物反应的深度学习提供了基础。该领域称为药物基因组学（pharmacogenomics），是肿瘤精准治疗发展的关键领域。深度学习(DL)方法学已成为一种强大的技术，可以表征和累积的药物基因组学数据中学习，让我们在肿瘤的精准治疗领域中更进一步。该文作者介绍DL的基础知识和典型模型架构。作者回顾了DL在癌症和癌症亚型分类（患者的诊断和治疗分层），对单个肿瘤的药物反应和药物协同作用的预测（对患者的治疗优先次序），药物重新定位和发现以及机制/研究方面的用途治疗的作用方式。对于每个主题，作者总结了当前的基因组学和药物基因组学数据资源，例如肿瘤细胞系和肿瘤的泛癌基因组学数据，以及肿瘤细胞系的系统药理学筛选。通过回顾已发表的文献和作者的扩展分析，作者证明了通过空前的数据资源快速积累来解密复杂的药物反应模式而使DL具有前所未有的功能，从而有可能彻底改变目前癌症药物治疗的现状。总体而言，该综述对最新的DL方法和最新的药物基因组学资源以及实现精确肿瘤学目标的未来机遇和挑战进行了深入总结。

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供稿人：思考问题的熊

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一个不怎么好的名字可能会耽误很多重要的科研进展，比如假基因？

文章信息

题目：Overcoming challenges and dogmas to understand the functions of pseudogenes

杂志：Nature Reviews Genetics

时间：17 December 2019

链接: https://doi.org/10.1038/s41576-019-0196-1

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假基因分类示意图

文章介绍：

如果你即了解过一点 lncRNA 同时也了解过一点假基因，可能就会有这么一点困惑。因为从定义的方法来看两者似乎存在着一些重叠。

如果你没有了解过假基因，那也很正常，因为人们做编码基因，做长链非编码RNA做小RNA，但是一谈到假基因，就跳过了。因为它叫「假」基因。假基因的一般定义是基因组中包含缺陷拷贝基因的区域。它们存在于几乎所有生命形式中，在哺乳动物的基因组中假基因数量和编码基因相似。尽管「假基因」通常认为缺乏功能，但越来越多的文章发现一些假基因其实也发挥着重要的生物学作用。

在这篇综述中作者阐述了对假基因的广泛误解，部分原因就是「假基因」这个标签导致了它们经常被排除在功能研究之外且被排除在基因组分析之外。随着简化的假基因研究的技术出现，对这些基因组元素的客观重新评估将揭示它们对基因组功能和进化的重要作用。

作者分别介绍了假基因的最初发现过程以及分类方法，现在被广泛接受的假基因定义是任何类似于某个基因同时存在缺陷的基因组序列。假基因根据它们的起源机制会被分为四类，两个主要类别是加工假基因，来源于 mRNAs 中间体的反转座，以及未加工过的假基因，来源于直接的片段复制。随后作者也介绍了目前已知的部分假基因功能，例如未截短的假基因可以编码与其亲本基因高度相似的全长蛋白质。假基因编码的截短蛋白质可以通过完整的结构域发挥作用，同时与亲本基因相关的反义假基因可以与亲本mRNA结合抑制基因表达。假基因也可以通过促进染色质相互作用以独立于 RNA 的方式发挥作用。作者也列举了目前假基因在实验研究和分析定量上存在的一些问题。

最后作者也讨论了理论术语对科学研究特别是生物学研究的重要性。假基因本身就被断言了一种非功能性的定义。假基因被定义为有缺陷的基因（而不是基因）这个术语有意识或无意识地限制了人们在科研中的科学客观性。同样的术语定义也包括 lncRNA，大量的东西都被不分青红皂白的打上了lncRNA的标签。

有时候炒概念的东西真的挺无奈也挺无聊的。

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