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扩增子文献1简单套路发高分文章--白杨内生和根际微生物组结构

2017-07-30 刘永鑫 宏基因组

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概述

Beckers, B., et al. (2017). Microbiome 5(1): 25.  题目为:白杨内生和根际微生物组在不同生态位存在特异的群落结构。

这篇文章分析了白杨树不同区域的细菌组成和差异,数据量和样品量规模极小(均不到目前10分左右文章的10分之一),16S分析也非常中规中矩(只有最基本的多样性和物种分类),而且没有任何后续实验,但在今年还能发这么好的杂志,大家可以一起分析一下原因。

摘要

  • 材料方法:取根际土、根、茎和叶内组织进行16S扩增子分析

  • 目的:分析不同生态位的细菌群落结构

  • 结果:相比内生菌,根际微生物组结构更稳定;不仅发现了根际和根的差异,而且继续研究了茎和叶中的内生菌。而且每一个植株也有独立的生态位。最终鉴定了杨树不同生态位的核心细菌。

  • 结论:理解杨树复杂的宿主与微生物互作,为解释原核和真核相关的植物修复应用、可持续农业和次生代谢物产品提供理论基础。

结果大纲

  • 生成OTU表

  • Alpha稀释曲线和多样性

  • Beta多样性

  • 每种Compartment中的核心菌成员

表1. 测序结果质控统计

先确定来自非细菌16S(古菌、叶绿体和线粒体),每一种生态位中singltetons的比例,以及在门水平仍无法分类的结果;发现根际土中singleton的比例高。

图1. 每种生态位(Compartment)中每株白杨绘制稀释曲线

A 根际土、B 根、C 茎、D 叶。 展示测序的饱合情况,同时展示不同生态位的差异(Y轴坐标不同,即Alpha多样性差别很大),还有每颗树间也有较大的差别(图中的每条线代表来自一棵树的样品)

图2 Alpha多样性

图2. 箱线图展示细菌群体的Alpha多样性。四个箱体分别代表根际土(Rhizosphere soil)、根内生菌(Root endosphere)、茎内生菌(Stem endosphere)、叶内生菌(Leaf endosphere)。

  • (A) 采用Observed OTUs方法估计OTU丰富度(richess),即有多少物种;

  • (B) 采用Pielou方法估算OTU的均匀度(evenness),即各OTU相对丰度间关系;是一种常见enenness指数算法,计算方法是将Shannon-Wiener熵除以OTU数量的自然对数;一般生态学领域比较关注,功能研究者更关注最终的差异OTU;

  • (C) 使用反向Simpson指数计算多样性(diversity),是mothor中的方法,来自dominance指数的变形,而dominance计算为每个OTU比例平方再求合,与shannon的方法类似,原理是想用一个数代表整体群体中每个OTU的数量和丰度信息(richness和evenness),我更常用Shannon方法;

  • 差异分析:整体上使用ANOVA统计,存在显著差异,P<0.0001;图中字母代表组间组间Turkey两两比较的结果,相同字母的箱体代表组间无显著差异,而不同字母组间存在显著差异;有时会出现同一组出现2个字母的情况,是一种过渡状态,与这两个组均无显著差异。

  • 图片优点:(A) Observed OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);

  • 图片解读:根际土中细菌近千种;根中内生只有2-3百种(也有可能根没洗干净,技术上不容易区分根表还是根内);茎和叶百种左右(其中部分也可能只是来自于表面或污染);此外结果的排列给人传达了由外到内,由上到下有特种数量下降的趋势;

图3. Beta多样性:主成分分析和层级聚类样品

A. 主成分分析PCA各样,发现在平面上主要分为三类:根际土、根、茎和叶。并把主要的OTU差异用向量显示出来,也叫loading plot。可以看到每类中主要显著富集的OTU,相当于差异OTU分析,但缺少统计。
B. 基于Bray-Curtis距离的层级聚类,也明显将样品按生态 位/取样部位分为三大类,表明通常不同生态 位间的差异明显,远大于样品间的差异。而茎和叶间差别不大。

图4. 各样品OTU在门水平分类的相对丰度柱状图

图中展示了每个Compartment的每个样品门水平的相对丰度;其中Proteobacteria由于组比较大,也将其分成了apha, beta, gamma, delta, epislon五类展示;高丰度的前7类用彩色显示,其它低丰度的门用灰色显示。

图5. 全部样品中高丰度的OTU

此图采用iTOL生成;图中间为OTU的进化树;每个菌的种名按门水平上背景色,表明分进化关系与分类结果一致性很好;外圈的柱状图为其相对丰度值。

总结

文章分析很常规,样本量也不大,但是描述和结果很清楚,Taxonomy堆叠图将所有样品均展示出来,表现数据最原始的样子,值得学习。

有时最原始、最简单的结果,反倒是更好的。

Reference

  1. Beckers, B., et al. (2017). “Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.” Microbiome 5(1): 25.

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4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy

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