生信人值得拥有的编程模板-Shell
今天本来预约朱博士来更新“宏基因组教程”，结果我主编推广不利，他的上篇文章微生物组入门必读+宏基因组实操课程，居然还差71个人才满3000人，我们只能等下周了。
朱博后生活压力也是很大的，上有老下有小，每天科研到半夜，还要熬夜为大家整理分享教程，很不容易。想要帮助助朱博士写作的，点击上文链接，拉到文末，有钱的尽情打赏，没钱的捧个人场(文末advertisement的阅读和点击是可以给作者带来帮助的)，才是对原创作者最好的鼓励，就像群里大家都很喜欢抢红包，虽然钱不多。谢谢大家了。
公众号确实有点像新闻网，热度只保持一天，此文第一天阅读就破了2700+，结果又过了两天才只增加了两百人阅读，而且包括两个近万人的生信平台《生信宝典》和《生信媛》帮助转载。今主编我也非常忙，没时间整理笔记，分享一篇之前原创分享在《生信宝典》的文章(那时我还没有公众号，被同行约稿分享的)，供没看过的人收藏学习。
前言
“工欲善其事必先利其器”，生信工程师每天写代码、搭流程，而且要使用至少三门编程语言，没有个好集成开发环境(IDE，Integrated Development Environment)那怎么行？
本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是editplus用着比较舒服，适合我的个人习惯。
Editplus 下载和安装
最好官网下载最新版4.3，喜欢的话正版才30$,关键是不注册也不影响使用。
https://www.editplus.com/download.html
有32/64位版，建议安装64位版epp430_64bit.exe，还有中文版(不建议，全是老版本)，英语拼写检查(安装了没看到效果)；
先安装完成后，打开，会出现配置设置、语法文件位置选择，如下图
建议修改到自己的目录，方便管理和备份，如改为C:\Users\woodc\Desktop\home\soft\editplus
如果不想看到试用字样，百度可以找到很多注册机/注册码，很容易激活。
添加Perl语言模板
该程序对Perl语法默认支持已经非常好了，只是缺少个生信专用模板，参考我的上篇文章
生信人写程序1. Perl语言模板及配置
右键另存下载perl模板文件直接单击可能会报错，因为Perl的pl文件是也属于网页的一种，会被运行，而内容又不是网页，所以报错。
主要操作如下：将《Perl语言模板》原文中代码复制到editplus中新建的空白文件，点保存；
第一种情况:如果刚才设置了新的模板目录，请选择你自己设置的目录，替换template.pl。
第二种情况:没有更改配件文件目录，默认的保存位置可替换template.pl即可。
如果下次使用新建Perl不能自动加载模板，可以尝试将模板代码保存为template.pl在任何位置，选择Tools - Preference - template — Perl，更改template.pl文件位置为刚才保存的模板template.pl文件即可。
以后点新建- perl会自己加载我们配置的模板开使写新程序；其实我们更多是找写过相近的程序再修改，这个过程是逐渐积累的，领域和用途不同，自己的常用功能也是很个性化的。
添加Shell语言支持
https://www.editplus.com/others.html
选择* Shell stx - 肖俊斌 (2011-06-21)下载，解压后有shell.stx语法文件放在之前设置的目录；也可直接右键点我下载shell语法
再选择
Tools — Preference — Setting & syntax, Add - 输入 “Shell” — OK, 文件扩展添”sh”，语法文件选择下载的shell.stx；点OK；
Shell写作模板
主要包括命令行参数解析、默认参数设置、程序功能描述及帮助文档等
右键另存下载Shell模板文件
#!/bin/bash
set -e
# 设置程序参数的缺省值，少用参数即可运行
# Default parameter
input=input.txt
output=output.txt
database=database.txt
execute='TRUE'
# 程序功能描述，每次必改程序名、版本、时间等；版本更新要记录清楚，一般可用-h/-?来显示这部分
# Function for script description and usage
usage()
{
cat <<EOF >&2
Usage:
-------------------------------------------------------------------------------
Filename: template.sh
Revision: 1.0
Date: 2017/6/24
Author: Yong-Xin Liu
Email: yxliu@genetics.ac.cn
Website: http://bailab.genetics.ac.cn/
Description: This script is solve parameter read and default
Notes: Function of this script
-------------------------------------------------------------------------------
Copyright: 2017 (c) Yong-Xin Liu
License: GPL
This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
If any changes are made to this script, please mail me a copy of the changes
-------------------------------------------------------------------------------
Version 1.0 2017/6/24
# 输入输出文件格式和示例，非常有用，不知道格式怎么准备文件呀
# Input files: input.txt, can inclue many file
# 1. input.txt, design of expriment
SampleID BarcodeSequence group
WT.1 TAGCTT WT
WT.2 GGCTAC WT
WT.3 CGCGCG WT
# 2. database.txt, annotation of gene
ID description
AT3G48300 Transcript factor
# Output file
1. Annotated samples & DE genes
Samples ID description
Wt AT3G48300 Transcript factor
2. Volcano plot: vol_otu_SampleAvsSampleB.pdf
# 参数描述，写清功能的缺省值
OPTIONS:
-d database file, default database.txt
-i input file, recommend must give
-o output file or output directory, default output.txt
-h/? show help of script
Example:
template.sh -i input.txt -d database.txt -o result.txt
EOF
}
# 解释命令行参数，是不是很面熟，其实是调用了perl语言的getopts包，
# Analysis parameter
while getopts "d:h:i:o:" OPTION
do
case $OPTION in
d)
database=$OPTARG
;;
h)
usage
exit 1
;;
i)
input=$OPTARG
;;
o)
output=$OPTARG
;;
?)
usage
exit 1
;;
esac
done
# for 循环批量调用程序，如批量绘制热图
# 有多种批量输入文件的方式，以下N种任选其一，其它用#注释掉
for i in a.txt b.txt n.txt; do # 文件不多，手动放在in后用空格分开
for i in `seq 1 9`; do # 文字名为数字顺序，用seq命令生成连续数据，引用命令需反引
for i in `ls data/*.txt`; do # 匹配某类文件作为输入
for i in `cat list.txt`; do # 使用文本原为输入列表
for i in `cat list.txt|cut -f 1`; do # 指定某列作为输入文件名
plot_heatmap.sh -i data/${i} -o heatmap/${i}.pdf
done
将以上代码保存为template.sh，点击Tools — Preference — Template — Add 命名为Shell，选择template.sh文件，OK。
以后点New file, 选择shell即自动加载模板；
想要写好程序，多读多写代码才会有提高，只看不操作效果最差。
写在后面
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