微生物组实验手册：中科院、北大和清华等52家单位的74个团队的153篇方法正在创作中(15篇已投稿)
微生物组实验手册项目进展
关于本项目的计划、主题和征稿范围、格式、编委会等详细信息，可访问Bio-protocol征稿主页 https://bio-protocol.org/bio101/Special_Issue_info.aspx?siid=48 ，或点击下文阅读。
征稿
通过Bio-protocol，宏基因组及Science/AAAS平台发布eBook项目详情，面向国内、国际科研同行进行征稿。
为了提高本实验手册的质量以及方法的多样化，我们诚邀更多国内外优秀华人同行参与本项目。欢迎您的来稿！
投稿方式1. 宏基因组公众号投稿
题目登记：https://kdocs.cn/l/cL8RRqHIL
联系人：刘永鑫，微信：meta-genomics，邮箱：metagenome@126.com
投稿方式2. Bio-protocol平台投稿申请(中文填写)
在线 https://en.bio-protocol.org/Presubmission.aspx?t=2 提交稿件基本信息
由本专辑编委会共同确定稿件是否适合，符合要求的申请将发起稿约。
审稿人登记：即使你目前没有成熟的方法可分享，也可通过申请审稿人参与本项目，贡献自己的一份力量，可在 https://kdocs.cn/l/cL8RRqHIL 审稿人页面登记(投稿团队默认为审稿人，无须登记)。
项目进展
目前已经邀请、申请方式征集了来自中科院、北大、清华、浙大、上交等52家单位的74个团队参加，确定了153篇正在创作的方法，已经有15篇完成投稿。详见文末表格。
稿件基本结构
中文标题、作者、单位
摘要、关键字
材料与试剂【分析文章可选】
仪器设备
软件和数据库【可选】
实验步骤
结果与分析【可选，可写在实验步骤部分】
失败经验【可选】
溶液配方【可选】
致谢
参考文献
注：稿件全文为中文，仅需英文标题和作者拼音方便英文检索和引用。
稿件模板下载链接： http://210.75.224.110/github/MicrobiomeProtocol/Manuscript/Bio101稿件模板+示例.docx
EndNote样式： http://210.75.224.110/github/MicrobiomeProtocol/Manuscript/bio-protocol.ens
稿件处理和发表
确定创作题目后在线登记/申请，编委会/编辑部审核；
按模板开始创作，完成后登记投稿并联系编辑部获得约稿链接，限定1个月内提交正式稿件；
在线投稿，提供2-5本领域专家进行同行评审
Bio-protocol编辑部会负责包括稿件排版，组织同行评审，后期审校和在线发表的所有工作
主编、编委成员和作者推荐、建议一线实验人员作为评委，参与同行评审。
参加团队
来自中科院、北大、清华、浙大、上交等52家单位的74个团队参加，统计时间截止2020年7月19日17：30。
| 编号 | 单位 | 联系人 | 研究方向 |
|---|---|---|---|
| 1 | 北京大学 | 朱怀球 | 生物信息 |
| 2 | 北京大学口腔医院 | 陈峰 | 口腔 |
| 3 | 北京大学人民医院 | 徐俊/张一帆 | 医学 |
| 4 | 北京大学深圳研究生院 | 余珂 | 环境 |
| 5 | 常熟理工学院 | 李杰 | 三代测序 |
| 6 | 第三军医大学 | 魏泓/商海涛 | 无菌动物 |
| 7 | 东北林业大学 | 牛犇 | 林木微生物组 |
| 8 | 广东省生态环境技术研究所 | 孙蔚旻 | 土壤微生物 |
| 9 | 河南农业大学 | 张晓婷 | 农业微生物组 |
| 10 | 湖南农业大学 | 黄鹏 | 家禽肠道 |
| 11 | 湖南师范大学 | 尹佳 | 猪肠道 |
| 12 | 华北电力大学 | 郑茂盛 | 环境污水处理 |
| 13 | 华中农业大学 | 谢卡斌/宋露样 | 植物扩增子建库方法 |
| 14 | 华中师范大学 | 谢波 | 微生物种间相互作用 |
| 15 | 军事医学科学院 | 杨瑞馥/毕玉晶 | 医学 |
| 16 | 南方医科大学 | 周宏伟 | 医学 |
| 17 | 南京农业大学 | 成艳芬 | 反刍动物 |
| 18 | 南京农业大学 | 韦中 | 根际微生态与土传病害防控 |
| 19 | 南京医科大学 | 刘星吟 | 医学 |
| 20 | 南京医科大学 | 张发明 | 粪菌移植 |
| 21 | 清华大学 | 胡九龙 | 肠道菌群免疫 |
| 22 | 山东农业大学 | 高峥 | 农业微生物组 |
| 23 | 上海海洋大学 | 肖劲洲 | 海水宏病毒组 |
| 24 | 上海交通大学 | 蹇华哗 | 海洋微生物 |
| 25 | 上海交通大学 | 赵立平 | 医学 |
| 26 | 深圳谱元科技有限公司 | 覃俊杰 | 微生物组方法 |
| 27 | 西北农林科技大学 | 焦硕 | 土壤微生物生态 |
| 28 | 西北农林科技大学 | 林雁冰 | 根际微生物 |
| 29 | 西湖大学 | 鞠峰 | 环境微生物组与生物技术 |
| 30 | 新疆农业科学院微生物应用研究所 | 史应武 | 植物健康微生态与作物病害防控组 |
| 31 | 扬州大学 | 张云增 | 柑橘微生物组 |
| 32 | 浙江大学 | 陈云 | 小麦赤霉病 |
| 33 | 浙江大学 | 马斌 | 网络 |
| 34 | 浙江中医药大学附属金华中医院 | 钱旭波 | 医学 |
| 35 | 中国科学院北京生命科学研究院 | 赵方庆 | 方法、分析 |
| 36 | 中国科学院城市环境研究所 | 杨军 | 水体 |
| 37 | 中国科学院城市环境研究所 | 赵峰/郑越 | 古菌进化 |
| 38 | 中国科学院城市环境研究所 | 朱永官 | 环境土壤 |
| 39 | 中国科学院动物研究所 | 葛德燕 | 小型野生动物 |
| 40 | 中国科学院动物研究所 | 王德华/薄亭贝 | 哺乳动物肠道菌群与神经调控 |
| 41 | 中国科学院南京地理与湖泊研究所 | 王建军 | 湖底沉积物 |
| 42 | 中国科学院南京土壤研究所 | 褚海燕 | 土壤微生物组 |
| 43 | 中国科学院南京土壤研究所 | 贾仲君 | 土壤微生物功能组 |
| 44 | 中国科学院南京土壤研究所 | 梁玉婷 | 土壤微生物功能组 |
| 45 | 中国科学院青藏高原研究所 | 孔维栋 | 高原 |
| 46 | 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 | 徐健 | 单细胞 |
| 47 | 中国科学院上海巴斯德研究所 | 崔杰 | 病毒组 |
| 48 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | 戴磊 | 微生物组工程 |
| 49 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | 马迎飞 | 噬菌体 |
| 50 | 中国科学院生态环境研究中心 | 邓晔 | 微生物生态学 |
| 51 | 中国科学院生态环境研究中心 | 韩丽丽 | 土壤宏病毒组 |
| 52 | 中国科学院生态环境研究中心 | 张丽梅 | 微生物生态，土壤氮循环 |
| 53 | 中国科学院天津工业生物技术研究所 | 王敬敬 | 合成群落 |
| 54 | 中国科学院天津工业生物技术研究所 | 赵维 | 微生物群落分析 |
| 55 | 中国科学院微生物研究所 | 蔡磊 | 真菌基因组、可培养组 |
| 56 | 中国科学院微生物研究所 | 胡松年 | 细菌基因组 |
| 57 | 中国科学院微生物研究所 | 刘双江 | 环境微生物学 |
| 58 | 中国科学院微生物研究所 | 王军 | 三代测序 |
| 59 | 中国科学院微生物研究所 | 朱宝利 | 病原微生物、人体肠道微生物菌群 |
| 60 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 白洋 | 植物微生物组 |
| 61 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 刘永鑫 | 宏基因组数据分析 |
| 62 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心 | 刘彬彬 | 小麦微生物组、氮循环 |
| 63 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心 | 朱峰 | 昆虫微生物组 |
| 64 | 中国科学院植物研究所 | 杨文强 | 藻类 |
| 65 | 中国林业科学研究院 | 袁志林 | 森林微生物组 |
| 66 | 中国农业大学 | 戴兆来 | 单胃动物 |
| 67 | 中国农业大学 | 冯固 | 土壤生态学 |
| 68 | 中国农业大学 | 彭静静 | 土壤微生物组 |
| 69 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 赵圣国 | 动物胃肠道微生物 |
| 70 | 中国农业科学院草原研究所 | 强晓晶 | 内生真菌发酵 |
| 71 | 中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所 | 韩东飞 | 细菌转录组 |
| 72 | 中国农业科学院生物技术研究所 | 田健 | 功能微生物的筛选 |
| 73 | 中国中医科学院 | 陈同 | 数据分析和可视化 |
| 74 | 中山大学 | 丁涛 | 人体微生物组 |
| 75 | 更多单位…… | 待定 | 虚席以待…… |
已约稿创作的题目
| 编号 | 姓名 | 单位 | 投稿题目 | 研究对象 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 朱怀球 | 北京大学 | 基于宏基因组的炎症肠道疾病（IBD）诊断方法 | 人类 |
| 2 | 朱怀球 | 北京大学 | 宏基因组高通量测序的基因预测和注释方法 | 通用 |
| 3 | 朱怀球 | 北京大学 | 宏基因组高通量测序的序列拼接优化平台 | 通用 |
| 4 | 朱怀球 | 北京大学 | 微生物组样本多组学大规模比较分析平台 | 通用 |
| 5 | 朱怀球 | 北京大学 | 基于功能基因的微生物群落结构预测方法 | 通用 |
| 6 | 朱怀球 | 北京大学 | 微生物群落非染色体DNA（噬菌体、质粒）注释及分析平台 | 通用 |
| 7 | 陈峰 | 北京大学口腔医院 | 口腔微生物基因组研究常见取样部位与方法：唾液、齿面菌斑、龈下菌斑 | 人类 |
| 8 | 陈峰 | 北京大学口腔医院 | 口腔常见微生物培养：链球菌、乳酸菌、白色念珠菌 | 人类 |
| 9 | 徐俊 | 北京大学人民医院 | EGFP-E.coli 荧光标记菌株的构建 | 细菌 |
| 10 | 徐俊 | 北京大学人民医院 | 人肠黏膜细菌、真菌菌群DNA的提取 | 人类 |
| 11 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠肠道菌群移植 | 动物 |
| 12 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠菌群样本采集 | 动物 |
| 13 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠肿瘤移植 | 动物 |
| 14 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠免疫重建 | 动物 |
| 15 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠注射给药 | 动物 |
| 16 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠采血 | 动物 |
| 17 | 魏泓/商海涛 | 第三军医大学 | 无菌小鼠的粪菌、单菌、多菌移植技术方法 | 动物 |
| 18 | 牛犇 | 东北林业大学 | 植物根系简化合成菌群的构建与定量 | 植物 |
| 19 | 孙蔚旻 | 广东省生态环境技术研究所 | DNA-稳定同位素探针与宏基因组联用技术 | 环境 |
| 20 | 黄鹏 | 湖南农业大学 | 家禽肠道食糜与黏膜微生物样品采集与保存 | 动物 |
| 21 | 黄鹏 | 湖南农业大学 | 家禽肠道食糜与黏膜微生物DNA与RNA提取 | 动物 |
| 22 | 尹佳 | 湖南师范大学 | 检验对多种病原菌的拮抗性： 抑菌圈实验 | 细菌 |
| 23 | 尹佳 | 湖南师范大学 | 检验表面粘附能力： 疏水、自凝集、共凝集实验 | 细菌 |
| 24 | 尹佳 | 湖南师范大学 | 耐酸性实验、耐胆碱实验及模拟胃肠实验 | 细菌 |
| 25 | 尹佳 | 湖南师范大学 | 检验高温下的耐受程度：耐热实验 | 细菌 |
| 26 | 尹佳 | 湖南师范大学 | 检测对多种抗生素的敏感性：药敏实验 | 细菌 |
| 27 | 宋露洋 | 华中农业大学 | 利用Cas-16S-seq方法减少植物微生物群体研究中大量的宿主污染 | 植物 |
| 28 | 谢波 | 华中师范大学 | 微藻与细菌相互作用的蛋白质组学研究方法 | 藻类 |
| 29 | 毕玉晶 | 军事医学研究院 | 培养组学方法优化 | 通用 |
| 30 | 周宏伟 | 南方医科大学 | 人体生殖道微生物组样本制备 | 人类 |
| 31 | 周宏伟 | 南方医科大学 | 人体胎盘组织微生物组样本制备 | 人类 |
| 32 | 成艳芬 | 南京农业大学 | 反刍动物瘤胃微生物样品采集与保存 | 动物 |
| 33 | 成艳芬 | 南京农业大学 | 瘤胃内容物DNA与RNA提取及注意事项 | 动物 |
| 34 | 成艳芬 | 南京农业大学 | 瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存 | 动物 |
| 35 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际土壤非破坏性连续采集装置 | 植物 |
| 36 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际噬菌体研究方法 | 植物 |
| 37 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际原生动物研究方法 | 植物 |
| 38 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际合成菌群构建研究方法 | 植物 |
| 39 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际微生物铁载体研究方法 | 植物 |
| 40 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际细菌群落资源利用网络研究方法 | 植物 |
| 41 | 韦中 | 南京农业大学 | 根际细菌群落拮抗竞争互作研究方法 | 植物 |
| 42 | 韦中 | 南京农业大学 | 根系分泌物调控根际微生物群落研究方法 | 植物 |
| 43 | 张发明 | 南京医科大学 | 从粪便中获取洗涤菌群 | 人类 |
| 44 | 张发明 | 南京医科大学 | 洗涤菌群移植“一小时方案” | 人类 |
| 45 | 张发明 | 南京医科大学 | 洗涤菌群的保存 | 人类 |
| 46 | 张发明 | 南京医科大学 | 洗涤上清液小鼠腹腔注射毒性评价 | 人类 |
| 47 | 张发明 | 南京医科大学 | 移植洗涤菌群 | 人类 |
| 48 | 刘星吟 | 南京医科大学基础医学院 | 无菌果蝇的构建方法 | 动物 |
| 49 | 刘星吟 | 南京医科大学基础医学院 | PM2RA-一种新的量化微生物群落关系变化分析方法 | 通用 |
| 50 | 刘星吟 | 南京医科大学基础医学院 | 果蝇肠道菌群分析方法 | 动物 |
| 51 | 胡九龙 | 清华大学 | 高通量筛选促进CD8+T细胞抗肿瘤免疫的肠道菌群及代谢产物 | 人类 |
| 52 | 胡九龙 | 清华大学 | 高通量筛选调节巨噬细胞极化的肠道菌群及代谢产物 | 人类 |
| 53 | 胡九龙 | 清华大学 | 肿瘤细胞内菌群的分离 | 人类 |
| 54 | 高峥 | 山东农业大学 | 根际微生物组样品收集方法 | 植物 |
| 55 | 高峥 | 山东农业大学 | 尾菜堆肥微生物组样品取样方法 | 植物 |
| 56 | 肖劲洲 | 上海海洋大学 | 海水宏病毒组样本制备 | 病毒 |
| 57 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 海洋微生物的高压培养实验 | 环境 |
| 58 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 流动气液混合高压培养系统操作实验 | 环境 |
| 59 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 沉积物、岩石样品总DNA提取 | 环境 |
| 60 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 沉积物样品细胞提取及荧光显微镜计数法 | 环境 |
| 61 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 沉积物样品RNA提取 | 环境 |
| 62 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 环境样本16s rRNA gene 克隆文库构建及测序分析 | 环境 |
| 63 | 蹇华哗 | 上海交通大学 | 基于基因芯片的原核微生物转录组学分析 | 环境 |
| 64 | 焦硕 | 西北农林科技大学 | 微生物生物地理学研究方法 | 环境 |
| 65 | 焦硕 | 西北农林科技大学 | 微生物群落演替研究方法 | 环境 |
| 66 | 林雁冰 | 西北农林科技大学 | 根际微生物组对向日葵抗列当寄生的研究方法 | 植物 |
| 67 | 鞠峰 | 西湖大学 | 微生物群落定量宏转录组与定量宏基因组方法 | 环境 |
| 68 | 鞠峰 | 西湖大学 | RNA-稳定同位素探针技术 | 环境 |
| 69 | 鞠峰 | 西湖大学 | 水与沉积物环境中胞内/胞外吸附/胞外游离DNA的分离提取 | 环境 |
| 70 | 史应武 | 新疆农业科学院微生物应用研究所 | 植物内生细菌多样性 | 植物 |
| 71 | 史应武 | 新疆农业科学院微生物应用研究所 | 植物内生真菌多样性 | 植物 |
| 72 | 史应武 | 新疆农业科学院微生物应用研究所 | 植物内生古菌多样性 | 植物 |
| 73 | 张云增 | 扬州大学 | 柑橘根际和根表微生物组样品收集和制备 | 植物 |
| 74 | 马斌 | 浙江大学 | 微生物生态网络构建与可视化 | 通用 |
| 75 | 马斌 | 浙江大学 | 基于宏基因组的宏病毒组分析 | 通用 |
| 76 | 马斌 | 浙江大学 | 基于单细胞培养的土壤微生物原位培养技术 | 土壤 |
| 77 | 钱旭波 | 浙江中医药大学附属金华中医院 | 肠道菌群与幼年特发性关节炎关系研究的样本收集、贮存、多组学检测及数据分析 | 人类 |
| 78 | 安新丽 | 中国科学院城市环境研究所 | 功能基因高通量定量方法 | 环境 |
| 79 | 杨军 | 中国科学院城市环境研究所 | 水体浮游细菌采集 | 环境 |
| 80 | 杨军 | 中国科学院城市环境研究所 | 水体浮游植物采集与鉴定 | 环境 |
| 81 | 杨军 | 中国科学院城市环境研究所 | 水体浮游动物采集与鉴定 | 环境 |
| 82 | 杨军 | 中国科学院城市环境研究所 | 基于DNA条形码的水体浮游细菌群落建库方法 | 环境 |
| 83 | 杨军 | 中国科学院城市环境研究所 | 基于DNA条形码的水体微型真核群落建库方法 | 环境 |
| 84 | 郑越 | 中国科学院城市环境研究所 | 微生物进化特征分析方法 | 环境 |
| 85 | 薄亭贝 | 中国科学院动物研究所 | 肠道组织神经递质测定方法 | 动物 |
| 86 | 薄亭贝 | 中国科学院动物研究所 | 肠黏膜形态学观察和肠道免疫组织化学技术 | 动物 |
| 87 | 薄亭贝 | 中国科学院动物研究所 | 盲肠内容物样本中短链脂肪酸的定量检测（气相色谱） | 动物 |
| 88 | 王建军 | 中国科学院南京地理与湖泊研究所 | 河流底栖微生物采集和处理 | 水体 |
| 89 | 王建军 | 中国科学院南京地理与湖泊研究所 | 水体沉积物微生物采集和处理 | 水体 |
| 90 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 利用种分布模型绘制微生物分布图谱 | 土壤 |
| 91 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 考萍：土壤代谢组学样品制备与分析 | 土壤 |
| 92 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 云涛：利用种分布模型绘制微生物分布图谱 | 土壤 |
| 93 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 杨腾：结构方程模型在土壤微生物生态学中的运用 | 土壤 |
| 94 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 坤坤：基于高深度土壤宏基因组数据的单菌基因组挖掘 | 土壤 |
| 95 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 玉颖：小麦相关微生物的野外采样与样品保存 | 土壤 |
| 96 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 丽燕：土壤宏转录组学研究的样本前处理与关键代谢差异表征 | 土壤 |
| 97 | 褚海燕 | 中国科学院南京土壤研究所 | 时玉：利用空间尺度分析模型解析土壤微生物分布格局 | 土壤 |
| 98 | 崔杰 | 中国科学院上海巴斯德研究所 | 病毒组与生物信息学分析 | 动物 |
| 99 | 戴磊 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | 小鼠粪便样本中短链脂肪酸的定量检测 | 小鼠 |
| 100 | 戴磊 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | 小鼠粪便样本中16S拷贝数的定量检测 | 小鼠 |
| 101 | 邓晔 | 中国科学院生态环境研究中心 | 土壤DNA提取方法（高质量eDNA的获取方法Grind plus Mobio kit method） | 环境 |
| 102 | 邓晔 | 中国科学院生态环境研究中心 | 原核生物的总量测定：16S rRNA基因的荧光定量PCR法 | 环境 |
| 103 | 邓晔 | 中国科学院生态环境研究中心 | 环境细菌总量测定：流式细胞仪法 | 环境 |
| 104 | 邓晔 | 中国科学院生态环境研究中心 | 细胞内融合基因技术（epicPCR）测定功能类群多样性 | 环境 |
| 105 | 韩丽丽 | 中国科学院生态环境研究中心 | 土壤宏病毒组富集及DNA提取 | 土壤 |
| 106 | 张丽梅 | 中国科学院生态环境研究中心 | 熊超:植物微生物组来源模型构建及富集过程分析 | 植物 |
| 107 | 赵维 | 中国科学院天津工业生物技术研究所 | 原核微生物群落变化的随机性和确定性过程计算方法 | 通用 |
| 108 | 蔡磊/马紫英 | 中国科学院微生物研究所 | 基于二代/三代测序的真菌基因组拼接、组装及注释 | 真菌 |
| 109 | 蔡磊/周欣 | 中国科学院微生物研究所 | 基于扩增子数据的系统发育树的构建和美化 | 通用 |
| 110 | 蔡磊/周欣 | 中国科学院微生物研究所 | 真菌可培养组的分离培养和鉴定 | 真菌 |
| 111 | 白洋 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 水稻根系微生物组样本和16S rRNA基因扩增子文库制备 | 植物 |
| 112 | 白洋 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 水稻高通量分离培养细菌和高通量鉴定 | 植物 |
| 113 | 白洋 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 水稻无菌体系构建和单菌及菌群功能研究方法 | 植物 |
| 114 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主分析流程和常见问题 | 通用 |
| 115 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 使用QIIME 2分析微生物组扩增子数据 | 通用 |
| 116 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 使用USEARCH/VSEARCH分析微生物组扩增子数据 | 通用 |
| 117 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 使用DADA2分析微生物组扩增子数据 | 通用 |
| 118 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 基于微生物组特征表的下游分析和可视化软件选择 | 通用 |
| 119 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 基于MetaPhlAn3/HUMAnN3的宏基因组有参分析流程 | 通用 |
| 120 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 基于MEGAHIT/metaSPAdes的宏基因组组装分析流程 | 通用 |
| 121 | 刘永鑫 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 基于metaWRAP的宏基因组分箱分析流程 | 通用 |
| 122 | 杨文强 | 中国科学院植物研究所 | 莱茵衣藻遗传连锁分析方法 | 藻类 |
| 123 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 野外树木根系取样及根际土收集操作规程 | 土壤 |
| 124 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 杨树人工林土壤微生物菌体细胞4种提取方法 | 土壤 |
| 125 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 栎类外生菌根资源调查方法 | 土壤 |
| 126 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 利用PCR方法快速鉴定产ACC脱氨酶细菌 | 细菌 |
| 127 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 巢式PCR方法检测树木组织痕量内生真菌的引物及方法 | 真菌 |
| 128 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 杨树-根系真菌互作体系构建方法 | 真菌 |
| 129 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 枫香-根系真菌互作体系构建方法 | 真菌 |
| 130 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 原生质体法制备根系腐生型共生菌（担子菌）单核化菌丝方法 | 真菌 |
| 131 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 内生镰刀菌基因组染色体水平组装和注释方法 | 真菌 |
| 132 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 树木共生真菌菌株纯化及快速鉴定方法 | 真菌 |
| 133 | 袁志林 | 中国林业科学研究院 | 植物组织高效表面消毒简易装置 | 植物 |
| 134 | 戴兆来 | 中国农业大学 | 猪肠道微生物样品的采集与核酸提取 | 动物 |
| 135 | 戴兆来 | 中国农业大学 | 猪肠道微生物的体外培养与功能研究 | 动物 |
| 136 | 戴兆来 | 中国农业大学 | 稳定同位素在研究单胃动物肠道微生物功能中的应用 | 动物 |
| 137 | 彭静静 | 中国农业大学 | 土壤宏转录组样本制备 | 土壤 |
| 138 | 冯固 | 中国农业大学资源与环境学院 | 土著菌根真菌对植物磷吸收贡献率的定量方法 | 菌根真菌 |
| 139 | 冯固 | 中国农业大学资源与环境学院 | 定量根际和菌丝际解磷细菌的13C-DNA-SIP法 | 细菌 |
| 140 | 冯固 | 中国农业大学资源与环境学院 | 研究菌根真菌与细菌相互作用的毛根培养体系 | 细菌 |
| 141 | 韩东飞 | 中国农业科学院 | 细菌转录组样本制备 | 细菌 |
| 142 | 强晓晶 | 中国农业科学院 | 内生真菌发酵培养液生长素的测定方法 | 真菌 |
| 143 | 强晓晶 | 中国农业科学院 | 牧草内生真菌的分离、鉴定与保存方法 | 植物 |
| 144 | 田健 | 中国农业科学院 | 水稻根系互作功能微生物的筛选方法 | 植物 |
| 145 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 厌氧微生物培养实验方法 | 动物 |
| 146 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 微生物宏基因组大片段DNA提取方法 | 动物 |
| 147 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 微生物组DNA、RNA和蛋白质共提取实验技术 | 动物 |
| 148 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 微生物宏基因组文库制备与功能基因筛选 | 动物 |
| 149 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 微生物功能基因多样性实验与分析方法 | 动物 |
| 150 | 赵圣国 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 反刍动物瘤胃微生物组学研究策略 | 动物 |
| 151 | 陈同 | 中国中医科学院 | ImageGP在微生物组可视化中的应用 | 通用 |
| 152 | 丁涛 | 中山大学 | 人体胃肠胆汁液微生物样本的采集和处理 | 人类 |
| 153 | 丁涛 | 中山大学 | 人体呼吸道微生物样本的采集和处理 | 人类 |
| 154 | 待定 | 虚席以待 | 期待您的分享 | …… |
附本项目数据和代码
项目单位和题目登记表：https://kdocs.cn/l/cL8RRqHIL
项目数据地址 https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeProtocol
Manuscript目录：单位、题目列表
# 格式化题目、单位表格为 markdown
csvtk -t csv2md institute.txt > institute.md
csvtk -t csv2md title.txt > title.md
# 统计单位、参加人和投稿数量
# 目前共有49家单位的72个团队报名参加
tail -n+2 institute.txt | cut -f 2 | uniq | wc -l
# 提交题目数量51个团队提交了145篇方法
tail -n+2 title.txt | cut -f 2 | uniq -c | wc -l
tail -n+2 title.txt | cut -f 2 | uniq -c | sort -nBio-protocol简介
Bio-protocol于2011年在斯坦福大学创建，致力于搭建全球权威的、高质量的生物实验方案分享平台，以助力科学发现。Bio-protocol期刊是Bio-protocol旗下一份同行评审的国际学术期刊，发表高质量的生命科学实验方案，旨在提高科研的可重复性。至今，平台已发表了来自全球上万名优秀科研工作者（包括多名诺贝尔奖获得者）的近4000篇实验方案，并且同 Science等多家国际权威科学杂志建立长期合作关系，共同促进科研的可重复性。2019年Bio-protocol期刊已被PubMed Central，ESCI收录。
Bio-101是Bio-protocol 旗下一个生命科学中英文基础实验方案数据库，已收集了来自全球上千个优秀课题组的实验方法，旨在为科研人员提供一个共享、讨论及更新基础实验方案的平台。
点击阅读原文，或访问 https://bio-protocol.org/bio101/Special_Issue_info.aspx?siid=48 查看本项目的最新进展
宏基因组简介
宏基因组公众号成立于2017年7月，致力于本领域方法和成果的交流与传播，推动全球华人微生物组发展。编辑团队由10余名在Nautre、Sicence、Cell子刊等有发表经验的一线青年科研人员组成，保证每天专业、高质量文章的分享。
目前已分享2000+篇原创文章，92000+同行关注，累计阅读1600万+。参与QIIME 2开发，受邀在Protein Cell、Currint Opinion、Chinese Medical Joural等杂志撰写方法综述。
诚邀同行投稿分享，共同打造本领域纯干货技术和思想交流平台。