实验背景的申请者要有的分子生物学、细菌遗传操作、二代测序测序文库制备、三代测序DNA提取及文章制备等相关经验之一；c.

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享2800+篇原创文章，12万+小伙伴在这里一起交流学习，累计阅读超2400万+，欢迎投稿，感兴趣的赶快关注吧！征稿、转载、合作欢迎同行投稿分享您的科研成果、对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事宏基因组公众号编辑招募——最前沿的科学,

KMCP为命令行工具，采取“主命令-子命令”的架构，包含k-mer计算、数据库构建、Reads搜索、搜索结果合并、物种组成分析这5个主命令和一系列辅助命令。KMCP的5个主要子命令如下：1)

南科大夏雨组纳米孔测序揭示微生物可减轻高海拔冻土温室气体排放▸▸▸▸iMeta｜南医大孔祥清团队创建前瞻性多组学纵向原发高血压队列eHypertension▸▸▸▸iMeta

LNA-16S测序与其他16S测序在植物内生细菌鉴定上的比较LNA：LNA-16S测序（V4），V4：非LNA的巢式PCR-16S测序，V3V4：常规16S

Science、SCIE、ESI、JCR(影响因子)、高被引学者你应该更熟悉。S1M目前有6700本期刊，超1000万学者使用。优点在于有公司自身的数据库依托，可以基于Web

iMeta期刊12名编委入选高被引学者科睿唯安2021年度“高被引科学家”名单出炉，详见：https://recognition.webofscience.com/awards/highly-cited/2021/

近期，中山大学生命科学学院李文均教授团队以珠江口沉积物为研究系统（图1），利用宏基因组学技术和生物信息学分析揭示了关键氮循环功能基因的多样性和丰度在珠江河口的生物地理分布特征。

全球出版物数量分布：中国办刊数量远低于国际平均水平，总量为美国的6.2%和英国的13.7%，人均仅为英美的1.4%和0.65%，与世界第一人口大国和第二经济体极端不匹配中国-高水平文章vs学术期刊现状：2020年，在WOS核心数据库收录中国文章达61.7万，中国主办SCIE收录期刊仅257本，发文量3.4万篇，国内发表论文期刊缺口高达94%，每本刊年均发表133篇，英文高水平期刊数量缺口4379本，已成为严重限制中国百万科研人员的卡脖子问题微生物组是近10年研究热点，近年来长期霸占着顶级杂志的封面。而中国学者在此领域也有不俗的表现，许多重磅成果和封面文章发表，综合实力非常强大，是世界上不可忽视的一股力量。也是世界上唯一一个科研总量可以与美国、欧洲匹敌的神秘东方力量。宏基因组技术是认识世界的新方式：宏基因组学技术结合生物信息学正在全面重新认识所有传统生物、环境领域，脱离了微生物的生物学研究是不完整的。微生物组研究文章近10快速增长从2011年1千篇到2020年2.1万篇，且增量快速增长，仅2020年增长4600篇。数据统计基于PubMed本领域主要杂志和影响因子(2020和2019年)：微生物组、宏基因组领域高水平期刊完全被欧美垄断。中国目前仅有5本刊涉及本领域发文，但文章每年仅5~20篇，期刊定位与本领域范围相关性不高，远无法解决本领域学术出版的卡脖子问题中国大陆微生物领域高水平英文期刊空白。全球近5年微生物学论文636,069篇，中国发表论文157,346篇，位居第二，占比24.7%（Web

Tiedje谷歌学术主页https://scholar.google.com/citations?user=5ekyvtAAAAAJJames

Joural等杂志撰写方法综述。诚邀同行投稿分享，共同打造本领域纯干货技术和思想交流平台。点击阅读原文访问《微生物组学实验手册》

journals，点击左侧过滤Filter：分类Categories包括178个学科，我们选择Microbiology，再选择引用索引Citation

Abstract进行修改完善的例子，可在http://www.cell.com/pb/assets/raw/shared/figureguidelines/GA_guide.pdf查看，如：The

10.302]DOI：https://doi.org/10.1038/s41396-021-00999-7发表日期：2021-05-11第一作者:

南方科技大学宋毅课题组招聘启事一、研究单位介绍南方科技大学是深圳市在中国高等教育改革的时代背景下创建的一所高起点、高定位的公办新型研究型大学，致力于建成世界一流的研究型大学(QS排名榜位列中国内地高校第13位)。南科大生命科学学院将传统的生命科学领域揉合到跨学科交叉研究系或中心中，迎接生命科学定量化、大数据化、多维度、多尺度等特点，致力于快速跻身于国际一流水平生命科学学院的行列。学院拥有公用大型仪器设备120余套，能够全面满足分子遗传学研究需求，包括高通量表型分析平台，细胞影像平台，温室种植平台等。其中植物学方向拥有南方科技大学-北京大学植物与食品联合研究所，为开展植物方向交叉学科研究奠定了坚实基础。在学校和省市支持下，课题组可以为博士后提供极具国际竞争力的博士后待遇(年薪33万起加相关福利，与美国NIH博后标准相当，远高于加拿大等多个国家的普通博后待遇)。二、研究方向介绍高等生物的生长、发育和进化的诸多方面都受到与之共生的复杂微生物群体(微生物组)的影响，微生物组学是现代生命科学的前沿和热点方向之一。南方科技大学宋毅课题组将主要研究植物塑造根际微生物组的机制及其对宿主环境适应性的影响，并将探究利用微生物组工程提升植物逆境适应性的机理和应用潜力。目前实验室在筹备阶段，诚招博士后和博士候选人(或科研助理)加入。宋毅博士拥有植物分子生物学与微生物组学交叉学科背景，前期工作将正向遗传学筛选手段引入根系和微生物组互作的研究中，筛选出能够相对特异性调控根系益生菌(荧光假单胞杆菌)的关键调控因子FER受体蛋白激酶，并初步阐明调控机制Nature

值来解决过度分类和分类不足的分类群，方法是将它们移动到新的内部节点(图中的水平移动)或将它们分配到新的等级(图中的垂直移动)。仅使用单系或操作单系分类群来计算每个等级的中位

[IF:6.496]DOI：https://doi.org/10.1128/mSystems.00363-21发表日期：2021-08-17第一作者：Xiaoquan

肠道菌群在营养代谢、人体自身发育、免疫防御以及疾病的产生等方面都扮演着至关重要的作用。其中，新生儿发育早期肠道菌群的动态变化与儿童的成长过程息息相关，幼年时期肠道菌群的发育状况也在一定程度上影响成年后的肠道的健康。与成年人的相对稳定的肠道菌群不同，新生儿由于出生前后外界环境的改变以及自身的发育，其肠道菌群常常呈现出快速变化的趋势，这种趋势在出生后的前三年尤为明显。三年之后，肠道菌群逐渐向成年人的方向转变。确定新生儿发育早期肠道菌群的转变模式，并探究发生转变的深层原因，对于新生儿的健康成长有着积极的指导作用。同时，系统了解与肠道菌群成熟相关的外界因素，也有利于改善儿童早期发育不良等状况。2021年8月25日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在Genome

中国科学院北京生命科学研究院博士后梦遥和博士研究生肖力文为该论文共同第一作者，赵方庆研究员和赵翔助理研究员为共同通讯作者。相关工作得到国家自然科学基金等资助。引用本文：Yao

levels)。不同宿主表型之间的差异导致微生物关联信号稀疏水平不一致。例如吸烟和饮酒相关表型与肠道和口腔微生物群中大量微生物相关，即为低稀疏水平；而结核病可能主要由单一菌种结核分枝杆菌

Eco板的代谢特性和levle2水平前20种预测功能的相关性分析，其中碳水化合物代谢、萜类和聚酮化合物代谢、氨基酸代谢、脂类代谢、其他污染物的降解和代谢，以及复制和修复等预测功能与Biolog

科学编辑申请”。初审通过者将进行面试、岗位答辩等环节，时间地点另行通知。自启事发布之日起，符合岗位要求者均可报名，招聘到适合人选为止。欢迎广大热爱科技期刊出版事业的有志之士加盟！Genomics,

招聘介绍南方科技大学(www.sustech.edu.cn，以下简称“南科大”)创建于2011年，地处中国广东省深圳市，是一所公办创新型大学，目标是迅速建成国际化高水平研究型大学，建成中国重大科学技术研究与拔尖创新人才培养的重要基地。南方科技大学海洋系自2015年12月创系以来，已经从全球引进汇聚了具有国际视野的高水平师资队伍，致力于在重大国际海洋科学与海洋工程问题上取得突破性研究成果。建系目标是成为国际知名的海洋科学和工程研究基地，为国家培养海洋科学与工程技术高端人才。南方科技大学海洋系欢迎优秀的青年科研工作者加入，并为其提供优越的个人待遇和工作条件。因研究需要，课题组拟招聘博士后2名，招聘信息长期有效，聘满为止。课题组介绍侯圣伟，弗莱堡大学博士，南加州大学博士后，南科大海洋科学与工程系助理教授，独立PI。研究方向主要包括海洋微生物时空分布格局、微生物环境适应机制及其与元素循环的关系、宿主-病毒（尤其是藻病毒）相互作用及其生态效应等，旨在通过多组学手段和生物信息学挖掘研究海洋微生物对气候变化的响应和反馈机制。侯博士在The

过敏性疾病——嗜酸性胃肠道疾病。与食物过敏、线虫感染密切相关的ILC2通过响应不同信号如IL-33及TSLP等刺激分泌IL-5及IL-13导致嗜酸性粒细胞的聚集参与发病。2.

研究设计和样本收集概述研究结果表明：肠道菌群在育雏阶段呈现非线性的变化，优势菌群的定殖主要涉及Proteobacteria和Firmicutes

Korea期刊：Microbiome发表时间：2020研究背景近几十年来，难以用常规抗生素治疗的细菌感染种类愈加增多。病原菌的抗生素抗性可通过基因突变或由可移动遗传元件（mobile

利用发现队列中微生物基因的相对丰度对模型进行训练。所有微生物基因首先根据其可变重要性进行排序，然后依次添加到模型中。在随机森林分类中，随着基因数量的增加，绘制了5个10倍交叉验证试验的误差曲线；b

xylanisolvens会明显加重小鼠直肠炎症。RNA-Seq和免疫组化分析结果表明，当使用无菌饲料、KCO和KCO降解菌共同饲喂无菌小鼠时，

Tian通讯作者单位：中国农业大学园艺学院蔬菜作物生长发育调控重点实验室编辑|于嘉宝排版|张晓晖审核|江高飞猜你喜欢10000+：菌群分析

细菌-真菌跨界互作网络的时间动态细菌-真菌跨界网络的时间动态；基于所有样品的共现网络分析展示了微生物跨界互作网络在(a)苗期、(b)抽雄期和(c)成熟期间的动态变化；d

https://doi.org/10.1038/s41467-021-22765-1水果、蔬菜、红酒和巧克力都富含多酚，这是一种天然的植物化合物，具有抗癌、抗氧化剂的双重作用。人们可以获得这些食物带来的健康益处，因为肠道中的微生物会愉快地享用它们，将其分解成更小的化学成分。微生物，例如土壤中的微生物，能否同样分解人体外系统中多酚？美国科罗拉多州立大学土壤与作物科学副教授Kelly

冻土区“增温快、碳储量大”的特点使其成为气候变化的敏感区和脆弱区，冻土碳循环与气候变暖之间的反馈关系也因此成为全球变化研究群体广泛关注的焦点话题。然而，目前学术界对冻土碳动态的认识仍存在很大不确定性，不同模型预测的冻土碳损失相差近9倍（74-652

composition）:个体生物的功能性状相对于拥有该功能性状的总群体的比例。功能成分一般用百分比表示，这样所有成分加起来就是100%。它是一个组或群落级别的变量。功能差异（Functional

http://news.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/1/202012010332476254469.shtm最新研究揭示地球早期复杂生命的原始进化

$0表示整行，$1表示当前行第一列，$2表示当前行第二列，以此类推。''与""：单引号和双引号通常混用，但双引号中的变量可以获取其值。&:

Communications杂志（DOI：10.1038/s41467-021-24659-8）。中国科学院遗传与发育生物学研究所李敏博士、毕业生李立博士和李保国博士为本文的共同第一作者，John

圈养组肠道微生物对多糖类（如几丁质）和脂肪酸等代谢能力增强，推测其与圈养环境下稳定的食物供应有关；野外组具有更强的代谢外源物质能力，体现其对复杂多变的野外环境的适应性；4.

(FW)。我们开发的这套方法实现了植物内生细菌组的无污染16S-seq，操作简便，经济实惠，并且实现了植物内生细菌组核酸水平的定量分析，将极大地促进植物微生物组相关研究。背景细菌的16S

污水厂微生物MAGs的总体概况本文在47个样品中总共提取了1844个MAGs，经过质检和去重得到了248个独特的高质量的MAGs进行分析。恢复的MAGs分布在Proteobacteria

0.05）。红色和蓝色链接分别代表正相关和负相关。节点大小与连接度成正比。冗余分析与共现性网络分析揭示了土壤pH、硫酸盐浓度、有机碳含量等是影响土壤原生动物类群丰度的重要环境因子图4

次级代谢物基因簇数据库BAGEL4、antiSMASH、PRISM次级代谢产物，或称天然产物，是由生物体产生的化合物，对于机体的正常生长不是必不可少的。这些次级代谢产物中有许多在医药、农业等领域起着重要的作用。近年来，基因组挖掘方法已被广泛应用于鉴定和表征生物合成基因簇。本篇列举三个在次级代谢物基因簇研究中常用的数据库，包括BAGEL4、antiSMASH、PRISM（2年前我接触微生物基因组分析时用过这3个数据库，把当年整理的笔记翻一翻，水个推文吧），可通过它们查询目标类型的基因簇或次级代谢产物资源，以及实现对目标基因组序列的注释。

族维生素、GABA、肽聚糖及短链脂肪酸合成相关的微生物代谢通路具有健康保护作用5提出了关于慢性炎症的病因机制和疾病预防的新见解·

online”的研究论文。该论文介绍了一款用于数据交互性探索和可视化的一站式Venn图和Venn网络在线绘制平台。https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.07.007

microbiomeDOI：https://doi.org/10.1038/s41477-021-00967-1发表日期：2021-07-22第一作者：Christian

植物，包括水稻和小麦等作物，通过其根部获得必要的矿物质营养和水，使其成为植物和土壤环境之间的重要界面。陆生植物的根系与广泛的微生物（包括细菌）联系在一起，这些微生物是从周围的土壤中招募来的，并聚集成被称为根系微生物群落的结构化群落。这些微生物群落由植物宿主维持，宿主为它们提供营养，主要是以根系分泌的有机碳化合物的形式。反过来，这些共生细菌介导了对其植物宿主有益的多种过程，如提供对病原体的防御，改善土壤中的营养转运，并对生长产生积极影响。鉴于其对植物健康的重要性，对根系微生物群落的研究已经发展成为一个有前景的研究领域，旨在了解这些互动是如何发生的，并最终可以帮助提高作物植物的产量和抗逆性。尽管众所周知，植物通过其根系向土壤中分泌不同的小分子，这些小分子可以作为螯合剂，让一部分土栖细菌在根部定殖，但宿主进行的主动选择的程度以及根系相关的微生物群落对特定植物物种的适应程度在很大程度上仍然未知。2021年7月26日，国际权威学术期刊Nature

3）。在乡村学校检测到的代谢通路丰度更高，包括“脂质代谢”、“氨基酸代谢”、“碳水化合物代谢”、“辅助因子和维生素的代谢”和“异生物质的生物降解与代谢”（LDA

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https://doi.org/10.1016/j.cmet.2021.07.0072021年7月29日，北京大学医学部基础医学院、北京大学第三医院医学创新研究院基础医学研究中心姜长涛教授团队在Cell

https://doi.org/10.1038/s41467-021-24846-7中国科学院微生物研究所陈义华研究组一直致力于微生物天然产物的生物合成和合成生物学的研究，在揭示和理解不同天然产物独特的生物合成机制的基础上，利用合成生物学的理念设计并改造获得更多新结构和优良活性的天然产物。近年来已经成功解析了链丝菌素、庚糖杀菌素、白黄菌素等的生物合成机制，相关研究为药物的开发和设计提供了新的思路,推动了天然产物药物的发展。研究成果和综述先后发表在国际权威期刊PNAS、Nat

sequences”填写序列名，序列，再点“Next”，再点“Submit”4.鉴定结果解读显示鉴定结果如下，包括菌种，株，相似度，分类全称和输入序列完整度，点击“放大镜图标”