Quantcast

袁伟时:中国的奴性和戾气从哪里来?

“芯片大学”虚晃一枪,人才断层问题不能跑步解决

两大中国首富双双被重挫-释放信号强烈

民间帝王赖小民和性感女星舒淇与许晴

深度解读 | 姜文《让子弹飞》

Facebook Twitter RSS

分享到微信朋友圈

点击图标下载本文截图到手机
即可分享到朋友圈。如何使用?

自由微信安卓APP发布,立即下载!

宏基因组

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年11月1日

谁不是边回头,边向前走

文明跟我说纠结要不要去美国交流的那个项目的时候我并没有意识到她下半年就要去美国,直到她去了之后每次聊天我这里是中午她却是深夜我才明白,我们俩的距离原来这么远,远到白天和黑夜都不能一起度过
2017年10月22日

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(国庆献礼)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年10月1日

宏基因组文章目录(9月1日更新)

命令运行监测和软件安装Linux学习-环境变量和可执行属性管道、标准输入输出常见错误和快捷操作文件排序和FASTA文件操作文件列太多,很难识别服务器数据定期同步和备份方式查看服务器配置信息
2017年9月1日

宏基因组公众号文章目录

1云笔记积累个人知识体系2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验如何注册一个名字好记的公众号
2017年8月7日

扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

大家经常看到的看火山图都是竖起的,左、右部分高亮的为差异OTU,而作者将图像放倒(顺时针旋转90度),以Y轴零刻度为分界面,上部为富集OTU,下部为下降OTU也很直观,而且耳目一新;
2017年7月23日

扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

如果使用原始相对丰度或表达值,范围通常为0-100或0-1000000,而大部分的OTU或基因较低,做出的图会使绝大数据的数量颜色处于低丰度区,很难发现规律;因此需要数据变换,常用的方法有两类:
2017年7月22日

扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了

OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);
2017年7月19日

扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。
2017年7月13日

微生物相关网络构建教程中文:MENA, LSA, SparCC和 CoNet四种网络

重抽样Bootstrapping下载conet-boot-settings.txt修改方法同permut,加载,运行,另存配置conet-boot.cfg。生成了204个点,1719个边的网络;
2017年7月12日

扩增子图片解读7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分

物种分类学名称不认识我也认识的不多,见的越多,认识的越多。起码常见的几个高丰度的门要认识,如Proteobacteria变形菌门、Actinobacteria放线菌门、Bacteroidetes
2017年7月11日

扩增子图表解读6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元

图中非重叠部分为每个组特有,图中重叠部分为重叠各组共有,并将数字标示在该范围内;如B中仅蓝绿重叠区的175代表仅在这两者在共有的OTU数量;而中间的96代表在三组中均共有的OTU。
2017年7月10日

扩增子图表解读4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy

曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。
2017年7月8日

扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)

data.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。
2017年7月6日

抗击新型冠状病毒的潜在“分子武器”

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2020年2月11日

遗传:微生物组数据分析方法与应用

Repo数据库整理来自15篇文章中的33个人类微生物组IBD、糖尿病、肥胖和癌症等分类和年龄回归数据集,研究者可按类浏览下载这些数据,用于进一步挖掘和方法评估[137];意大利特伦托大学Nicola
2019年9月5日

南科大翟继先组招聘,博士生8万+,博后34万+

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年5月16日

专场介绍 | 第12届中国R会议(北京)可视化专场(文达卓众冠名)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年5月15日

2019第十四届全国菌根学术研讨会(第二轮通知)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年5月13日

宇宙简史|生物学家也要了解的物理

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年5月3日

最前沿的科学, 寻找最聪明的你—“宏基因组”公众号编辑招募

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年4月23日

Nature综述:微生物构成的氮循环网络(必读)

被nirK编码),而且这两种酶在细菌和古生菌中都普遍分布。这两种酶都存在于外周质细胞内,不会直接有助于节约能量。这两种酶也可以一起出现在同一个微生物内,比如海洋红嗜热盐菌(Rhodothermus
2019年4月22日

【疯狂的消化之旅】消化系统简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年3月31日

德国耶拿大学植物微生物组实验室急招博士生项目,申请截止19年3月20日

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年3月19日

Microbiome:微生物组名词定义

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年3月19日

第七届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年3月11日

DADA2中文教程v1.8

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年2月8日

QIIME 2用户文档. 18使用q2-vsearch聚类OTUs(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月31日

QIIME 2用户文档. 17序列双端合并read-joining(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月30日

QIIME 2用户文档. 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2018.11)

novo)和有参(reference)去嵌合体流程。对于此过程的细节,详见Uchime的论文和vsearch的帮助文档。(推荐USEARCH软件主页有比较详细的教程,vsearch帮助读起来不方便)
2019年1月29日

Science新闻:肠道菌群又添一大功能,揭示你的真实年龄

为了验证DNN的结果,我们还采用了随机森林、支持向量机和弹性网络回归方法进行验证。与DNN方法相比,所有这些方法的效果都很差(平均绝对误差超过11年)。除此之外,我们还训练了一个与DNN模型(MAE
2019年1月29日

QIIME 2用户文档. 15进行纵向和成对样本比较q2-longitudinal(2018.11)

组平均线和意大利面点(dot)也可以通过“绘图控件”中的“散点大小”和“散点不透明度”滑块进行修改。它们调整单个点的大小和不透明度。最大化散点不透明度和最小化线不透明度,以将这些转换为纵向散射图!
2019年1月28日

QIIME 2用户文档. 14机器学习预测样品元数据分类和回归q2-sample-classifier(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月27日

扩增子三部曲:2分析流程(共7节万字)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月10日

扩增子三部曲:1分析图表解读大全(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月9日

QIIME 2用户文档. 13数据评估和质控Evaluating and controlling(2018.11)

"https://data.qiime2.org/2018.11/tutorials/quality-control/qc-mock-3-observed.qza"基于比对过滤序列Excluding
2019年1月8日

QIIME 2用户文档. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月7日

QIIME 2用户文档. 11数据筛选Filtering data(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月6日

QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata(2018.11)

问题根据表tabulated-sample-metadata.qzv中的表格,有多少样本与subject-1相关?有多少样本与gut肠道部位有关?提示:使用搜索框和/或列排序选项来帮助执行此查询。
2019年1月5日

QIIME 2用户文档. 9数据导出Exporting data(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月4日

QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)

"https://data.qiime2.org/2018.11/tutorials/importing/casava-18-single-end-demultiplexed.zip" unzip
2019年1月3日

QIIME 2用户文档. 7差异丰度分析gneiss(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2019年1月2日

QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月31日

QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月28日

QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月26日

QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

注意:目前q2-demux和q2-cutadapt不支持双端条码的样品拆分,而且只能在正向序列中查找条码并进行拆分。因此,目前这种类型的样本拆分需要使用其他工具(例如bcl2fastq)在QIIME
2018年12月24日

QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月21日

QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2018.11)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月20日

QIIME 2:可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月19日

Nature Method:DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月12日

NBT:根际微生物组结构改变使番茄具有抗青枯病性

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年12月7日

BIOM:生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式,优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中,且格式统一,体积更小巧,目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持:
2018年12月4日

东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年11月29日

基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.28/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz wget
2018年11月18日

一片看懂肠道菌群在人体中的作用-岛国科普又走在了我们前面

人类肠道总共发现了200种左右的细菌,如大家熟悉的乳酸菌。每个人的细菌相当的不一样,虽然体内的细菌每天会一点一点发生细微的变化,但不会有很大的变化,恐怕在人的一生当中肠内生态系统的类型也不会改变。
2018年11月17日

生信人值得拥有的编程模板-Shell

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年11月15日

生信人值得拥有的编程模板-Perl

DATABASE; #} ############################################################################### #Main
2018年11月14日

Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年11月5日

Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年11月3日

宏基因组学习交流5群成立

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年10月29日

重磅!肠道菌群再次爆发!3篇齐聚Nature正刊!!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年10月28日

NBT:根际微生物组抗番茄枯萎病(IF:35.724)

0.01)。然而,青枯雷尔氏菌的种群在D10和D14上保持相似,并且在有或没有TRM1-10预处理的情况下没有显著差异。在植物中,仅用R.solanacearum处理的Moneymaker中的R.
2018年10月12日

R语言绘图:28个实用程序包

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年9月21日

PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿?

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年9月5日

Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼

上图看到查询qiime,发现目前bioconda已经有8744个软件及版本收录,qiime有1.9.1和1.8.0,大多数在Linux和OSX都可以使用。安装时可以指定版本,如不指定则安装最新版本。
2018年9月3日

PNAS-2018-多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物

R包Adonis检验,先将OTU表抽样至10000条,再计算非权重和权重的Unifrac距离矩阵,并将生长时间和地点作为因子统计差异。beta_diversity_through_plots.py
2018年8月18日

PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年8月12日

vsearch2.8.1中文帮助文档(免费64位版usearch)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年8月7日

35张图,看懂肠道和大脑的魔性关系,绝对涨知识!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年7月8日

超强综述 | Rob Knight等手把手教你分析菌群数据(全文翻译1.8万字)

包括标记基因、宏基因组以及宏转录组测序,不同的微生物组具有不同的方法,从而产生不同的结果。所有广泛应用的方法都具有其不同的优缺点,因此,问题、假设、样品类型和分析目标都应该与所选的方法相关(表1)。
2018年7月5日

Docker的基本使用-Ubuntu18.04

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年7月4日

水稻微生物组时间序列分析3-冲击图展示时间序序列变化

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年6月22日

水稻微生物组时间序列分析2b-散点图拟合

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年6月18日

水稻微生物组时间序列分析2a-相关分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年6月14日

Nature:根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年6月9日

斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年6月2日

宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月24日

如何快速评估16S rRNA基因引物的覆盖率及特异性

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月23日

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月22日

他发现了古老疟疾背后的元凶,也在质疑声中开创了致病生物的新时代

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月19日

HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2

如果基础知识体系不完善,自学存在困难的小伙伴,急时上车也是不错的选择。成为实验中不可或缺的人,赶快点击阅读原文报名我们的培训,加速你入行!http://www.ehbio.com/Training
2018年5月18日

微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦!!!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月14日

宏基因组

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年5月9日

三文读懂PCA和PCoA(一)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月30日

教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

通过下载iTOL官网上提供的进化树不同数据集注释模板(网址:http://itol.embl.de/help.cgi#annot,模板下载参考下图操作),将自己的数据按照模板修改从而获得注释文件。
2018年4月28日

RandomForest:随机森林预测生物标记biomarker——分类

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月27日

宏基因组

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月24日

菌群采样神器,随时免费申领

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月23日

特别推荐:短链脂肪酸分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月21日

水稻微生物组时间序列分析精讲1-模式图与主坐标轴分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月20日

二代三代转录组测序分析实战班

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月19日

ggplot2笔记5:通过图层构建图像

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月17日

水稻微生物组时间序列分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年4月13日

《Cell》杂志22篇微生物文章文章为微生物组领域疯狂打Call!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月29日

ggplot2笔记4 语法基础

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月28日

根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展(Biotechnology Advances IF=10)

Transporter,HKT1)基因的表达下调,限制钠离子进入根系,同时使幼苗HKT1上调,从而促进幼苗与根系之间钠离子的循环。在盐胁迫下,AMF可以选择性地增强钾离子和钙离子的吸收、提高钾钠比。
2018年3月28日

有声专栏-宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月27日

ggplot2笔记3:工具箱——误差线、加权数、展示数据分布

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月23日

16S+功能预测也能发Sciences:尸体降解过程中的微生物组

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月22日

ggplot2笔记2:图层的使用——基础、怎样加标签、注释

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月19日

ggplot2笔记1:认识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月18日

R语言笔记4:向量、矩阵的数学运算

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月14日

用顺丰寄便便,可以吗?最新室温存储样本宏基因组学研究文章

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月13日

R语言笔记3:提取R对象的子集

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月13日

Nature替宠物正名了:宝宝身体好,猫狗或真不可少!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月10日

VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月9日

R语言笔记2:读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月8日

R语言笔记1:数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月7日

微生物培养的福音:一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站!!!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月6日

R画月亮阴晴圆缺:corrplot绘图相关系数矩阵

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月2日

宏基因组-微生物组文章目录索引(1803)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年3月1日

宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化》),同时也接收Markdown格式(有道云笔记)、Word格式。请将公众号文章/Markdown链接,或Word文档及图片文件发送到公众号邮箱:
2018年2月28日

创新宏表观组团队招人啦!纽约西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月27日

新年开工——相关性分析了解一下?

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月26日

人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少?

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月25日

考拉:你以为我想呆萌?幼年吃屎长大磕毒,差点就没活下来

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月24日

riverplot绘制桑基图

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月23日

KEGG在线数据库使用攻略

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月22日

菌群与疾病的关系探讨之一:先有鸡还是先有蛋?

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月21日

ggalluvial:冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月20日

R语言添加p-value和显著性标记

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月19日

非洲诸国人人都在嚼的“小草”,还没毒死人民却将毁掉整个国家

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月18日

R语言交互式可视化包CanvasXpress

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月17日

土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难,却造就全球7千万后裔

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月15日

第一轮通知 | 5月11-13日,中国肠道大会!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月14日

Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月13日

Nature Reviews:全新的益生元定义和范围

新定义扩展了益生元的作用菌群,除了可以作用于双歧杆菌(bifidobacteria)和乳酸杆菌(lactobacilli)外,还可以作用于其它有利于身体健康的菌群,如罗氏菌(Roseburia),
2018年2月12日

Nat. Biotechnol.扩增子测序革命—用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月11日

看完这些能控制大脑的寄生虫,你会怀疑人类!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月10日

视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月9日

原核转录组非编码RNA研究

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月8日

R语言聚类分析--cluster, factoextra

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月7日

堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月6日

微生物样本取样及微生物基因组DNA提取建议

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月5日

梅毒狂想曲

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月3日

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月2日

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1802)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年2月1日

土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化

北京与西藏两个样地的所有土壤样本,共得到了1,118,928条序列,最终以24,931条序列作为最小的序列数对20个样本进行标准化重抽。物种注释信息以50%的可信度并基于RDP分类数据库进行标注。
2018年1月31日

Nature Microbiology:肠道菌群如何划分肠型

为了使肠型概念更有意义,标准化是必不可少的。除了上文提到的技术困难外,单个样品的分类也受到同批次其它样品的影响。这种方式定义的肠型在不同研究中很难比较。例如,在一次单独的研究中,大部分的样品为ET
2018年1月30日

Cell综述:代谢控制中的脑肠轴

因为高脂饮食1周就可以改变肠道对营养物质的敏感性,但是想要逆转高脂饮食带来的危害,可能需要几周甚至更长。除此之外,高脂饮食引起的肥胖对后代的肠道功能也有影响,会导致后代更易患肥胖、糖尿病、脂肪肝。
2018年1月29日

只要11天,浓度1000倍的抗生素也无效,“超级细菌”将成人类的最大威胁之一

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月27日

编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月26日

轻松看懂机器学习十大常用算法

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月24日

Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月23日

你想知道的“ROC曲线”

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月22日

简单读懂微生物基因组的泛基因组学

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月21日

致命病毒为何疯狂袭击人类?都怪我们那群会飞的远房亲戚

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月20日

Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?(news & views)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月18日

Annual Reviews|微生物组与人

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月17日

Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗?快看此文

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月16日

3分和30分文章差距在哪里?

广大粉丝的期待下,生信宝典系列易生信培训班为大家提供一条走进生信大门的捷径,真正的实操教程,独创线下2天+线上5天+线下/上2天三段式教学,给予充足的实践和发现问题的时间,真正实现独立分析大数据。
2018年1月15日

一顿“寄生虫大餐”,或能治好干净引来的免疫病

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月14日

【重镑】一片看懂肠道菌群在人体中的作用-岛国科普又走在了我们前面

人类肠道总共发现了200种左右的细菌,如大家熟悉的乳酸菌。每个人的细菌相当的不一样,虽然体内的细菌每天会一点一点发生细微的变化,但不会有很大的变化,恐怕在人的一生当中肠内生态系统的类型也不会改变。
2018年1月13日

看完这部纪录片之后,我想把身上的细菌寄生虫供起来

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月13日

Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月12日

地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象

如果铁建造的形成有生物过程参与,那么其中含碳物质的缺失可能是由于光合铁还原微生物将三价铁与细胞分离从而使绝大部分的含碳物质没有参与到沉积过程中。如果含碳物质进入到沉积物中,就会发生以下反应而被氧化:
2018年1月11日

比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月8日

NC:自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关联分析MWAS)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月7日

关于学术论文Figures,你不能不知道的秘密

科技研究资料经过整理和计算各种必要的统计指标后,所得的结果除了使用适当的文字表达外,常常还需用统计表进行表达分析。统计表主要以列的形式展示分析结果,具有避免冗繁文字叙述,便于阅读、分析比较等优点。
2018年1月6日

16S测序,不知道OTU你就out了!

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月5日

功能预测之Tax4Fun

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月4日

ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品

尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少也需要6次以上生物学重复,如人类这种无法控制基因型和生活环境的研究对象,实验组至少30个起才容易发现有统计为意义的差异菌。
2018年1月3日

宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月2日

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(18版)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2018年1月1日

网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月31日

METAGENassist帮你搞定宏基因分析的所有图形需求

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月30日

生信小白的福音——免费在线分析扩增子数据SILVAngs

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月29日

一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月28日

Nature:宏基因组关联分析综述——你想要的全在这

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月27日

用在线RaxML构建系统发育树

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月26日

Nature: 来自细菌的通告——群感效应简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月25日

Nature Review:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月23日

ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月22日

Adonis和ANOSIM,安能辨我是雄雌

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月21日

SR: 培养组学与扩增子高通量测序共同揭示人类肠道真菌群落结构

1.利用培养组学方法,从14份不同地理位置、患病或健康的人类粪便样本中分离出17800个真菌菌落,包含41个真菌物种,其中10个物种首次在人体肠道中被发现。病人肠道内的真菌多样性及丰度高于健康人;
2017年12月20日

Nat Biotech: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月20日

16S单V4区是最佳选择?——引物与测序平台选择大讨论

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月19日

漫谈16S的前世今生

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月18日

样本命名注意事项——优秀的课题从一个好名字开始

有人说既然你要名称完整的反应样本的基本信息,那我把所有信息都放上去好了,结果弄出来一个样本名字好长一串,那这样的名字也起不到统一命名的意义,本来是想更简单,结果看着这么长一串头都大了还做什么项目。
2017年12月17日

原来你是这样的排序分析

、RDA和CCA等排序分析方法。这些分析成图相似,且都是通过样本点之间的距离反映样本间菌群结构的相似性和差异性。因此很多研究人员纠结于如何选择恰当的排序方法来研究自己的测序数据或展示自己的研究结果?
2017年12月16日

16S预测细菌表型-bugbase:革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月15日

聚类OTU vs 降噪识别生物序列——谁将主宰扩增子领域未来

数据需要先进行预处理,把样本通过barcode分开(Demultiplexing)并去除引物。原始数据在保证不含有非生物的序列之后在利用DADA2进行接下来的处理。DADA2最新的版本是1.6.0。
2017年12月14日

最简单漂亮的免费在线生信绘图工具

绘图页面布局参照下图,提供数据和必选参数就可提交了。如果想更多调整布局和增加元素,可在对应版块针对性修改。成功绘出的图片会显示在页面下方,并提供下载功能。绘制完后,可继续调整参数,以使图满足需要。
2017年12月13日

小学生都学Python了,你还不知道怎么开始

http://nbviewer.jupyter.org/github/phelps-sg/python-bigdata/blob/master/src/main/ipynb/pandas.ipynb
2017年12月13日

如何用FAPROTAX预测微生物群落功能

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月12日

多样性测序需要多少重复?

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月11日

你想要的生信知识全在这—生信宝典

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月10日

一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月8日

生物信息9天速成班—成为团队不可或缺的人

在生物学领域,随着二代测序和多组学的发展,生物信息工程师己经成为了生物学团队中不可或缺的岗位。差不多每个老板都想招一位懂生信的人才,在团队中承前启后,成为团队快速发展的引擎,全力为团队打Call。
2017年12月7日

“P值”背后那些不可不知的事儿

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月6日

【震惊】漱口水居然增加糖尿病,高血压发病率

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月5日

扩增子SCI套路--3系统总结

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月4日

整个世界都是你的已知条件(生信学习心得)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月3日

一文读懂“随机森林”在微生态中的应用

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月2日

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
2017年12月1日

Nature: 地球微生物组计划首发成果—揭示地球多尺度微生物多样性

通过Greengenes数据库建树、UniFrac距离计算,用QIIME进行alpha-多样性(图a)分析,richness与纬度、pH和温度的相关性,beta-多样性(图c)的分析,以及16S
2017年11月30日

Nature Reviews: 拥抱未知:解析土壤微生物组的复杂性

全球土壤微生物生物量分布。估算全球土壤微生物生物量总量(所有微生物类群的总和:细菌、真菌、古菌、原生生物和病毒)(图a),主要微生物类群对总土壤微生物生物量库的贡献(图b)。图b的估计是根据参考文献
2017年11月29日

浅聊多样性测序样本重复问题

在16S等多样性测序领域中,大家问得较多的问题是:每个分组在没有重复情况下,是否可以做多组(或者两组)间差异分析?今天我们从分析原理、生物学意义以及性价比三个角度对这问题进行说明。
2017年11月28日

学术图表的基本配色方法

Excel本身的颜色主题保存格式为.xml,你可以找到Excel对应的保存地址导入或者导出。所以如果有现成的xml文件,将.xml文件复制到类似如下的地址:(根据你的电脑用户名等,如:Peter)
2017年11月27日

【深度好文】我们的未来在哪里?

严建兵教授,2015年获杰出青年基金,2016年入选长江学者奖励计划,华中农业大学植物科学技术学院院长,作物遗传改良国家重点实验室副主任。
2017年11月26日

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

/mnt/bai/yongxin/test/metagenome17/circos/circos-0.69-3/bin/../lib/Circos/Heatmap.pm
2017年11月24日

扩增子SCI套路--2组间差异分析

说明:mean分别为两组样品物种的平均相对丰度,sd分别是两组样本物种相对丰度的标准差。P值为对两组检验原假设为真的概率值,p<0.05表示存在差异,p<0.01表示差异显著,q值为假发现率。
2017年11月23日

教程 | 用MetaPhlAn2分析微生物物种丰度

对于生信分析者来说,分析软件就像是他的第二个大脑。选择一款适合自己的软件,总能达到事半功倍的效果。MetaPhlAn2能否成为你的神助攻呢?要亲自试了才知道哦~感兴趣的小伙伴们,赶紧动起来吧。
2017年11月22日

宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o

${file/.bam/}.anvio.bam done产生叠连群contig数据库产生带有注释信息的contig数据库,可以包括物种、功能等。需要做以下三件事:
2017年11月21日

环境因子关联分析——我应该选择CCA还是RDA分析?

在做微生物项目的时候,想检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系,这一类使用物种和相关环境因子组成数据的排序叫作限制性排序(constrained
2017年11月20日

【重镑】一片看懂肠道菌群在人体中的作用-岛国科普又走在了我们前面

人类肠道总共发现了200种左右的细菌,如大家熟悉的乳酸菌。每个人的细菌相当的不一样,虽然体内的细菌每天会一点一点发生细微的变化,但不会有很大的变化,恐怕在人的一生当中肠内生态系统的类型也不会改变。
2017年11月18日

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

https://bitbucket.org/berkeleylab/metabat/downloads/metabat-static-binary-linux-x64_v0.32.4.tar.gz
2017年11月17日

测序技术的前世今生—Nature纪念DNA测序40周年

我们对人类基因组测序的能力远远超过了我们解析基因变异的能力,这在一定程度上解释了为什么临床医学还没有完全接受WGS。尽管如此,在一些领域里,DNA测序已经被证明是有用的,我们在这里强调其中的三个。
2017年11月16日

扩增子SCI套路--1微生物群落结构差异分析

上图是多样本总体分类学组成树状图,在各分类水平比较样本间物种组成。该图的优点是能够从多个分类水平展示及比较样本间的物种组成,缺点是一次能够展示的样本数较少,且信息较多,不容易说明问题。
2017年11月15日

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/genomecov.html
2017年11月14日

中文速读微生物组(宏基因组)前沿文献——这个可以有

总之,此公众号的团队在幕后大量无私奉献的工作,让大众了解本领域最接近真相的科普;让同行可以在日常零散时间,中文快速阅读前沿文献,分类查找和学习专题文献,助科研事半功倍。向你们的工作致敬!
2017年11月12日

基于人工智能的文献检索,导师查找,更聪明

上次推出的GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务文章讲述了文献检索的良器。
2017年11月11日

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.7.2/Salmon-0.7.2_linux_x86_64.tar.gz tar
2017年11月10日

LEfSe分析,你真的懂了么

score大于预设值的显著差异物种,即具有统计学差异的Biomaker,默认预设值为2.0(看横坐标,只有LDA值的绝对值大于2才会显示在图中);柱状图的颜色代表各自的组别,长短代表的是LDA
2017年11月9日

宏基因组基础知识梳理

宏基因组组装的效果主要跟以下几个因素有关:样本的测序数据量,物种的多样性,物种丰度分布不均匀等,这些因素都会造成宏基因组组装,比如细菌等单物种的组装更加困难,这也是目前宏基因组研究中有待突破的难点。
2017年11月8日

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

SRR1976948.abundtrim.subset.pe.fq.gz基本都全部可以找到。这是因为原始序列中包含大量illumina测序的错误,而在拼接中被丢弃或校正。
2017年11月7日

Rhizosphere、Rhizoplane到底谁才是根际,根际土该如何取?

说到根际(Rhizosphere)不得不提Bulk、Rhizoplane、Endosphere,尤其是Rhizosphere与Bulk、Rhizosphere与Rhizoplane经常傻傻分不清。
2017年11月6日

计量宏基因组学数据分析的方法及进展

高通量测序。构建DNA文库后,用高通量测序仪进行测序,得到基因组序列。3)数据质量控制。去除DNA文库中的人工序列,低质量序列,宿主污染序列,接头污染序列等,以得到高质量测序数据用于后续分析。4)
2017年11月5日

Nature: DNA提取vs数据分析,谁对结果影响大?

在该实验中,作者设计了两个阶段的双盲检测,阶段1(实验)+阶段2(生物信息分析),文中评估不同因素对结果的影响,结果显示DNA提取方法影响实验结果,且其影响程度高于生物信息学方法。
2017年11月4日

宏基因组实战4. 基因注释Prokka

https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/prokka_tutorial.html
2017年11月3日

人体对微生物的管控

1917进化出一套在营养极端缺乏的条件下获取能量,因为它获取能力比致病菌高,且本身无致病能力,在逼死(或饿死)同类(致病菌)的情况下,让宿主(人类)受益。
2017年11月2日

宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

0.00结果N50和N75在metaspades结果更好,如果有计算资源,且不缺时间,推荐使用metaspades。但如果没有上T内存的服务器,项目周期又紧张,直接用metahit出结果。
2017年10月31日

人类微生物组项目HMP是怎么取粪便样品的?

将标签纸⑤贴在带勺粪便采集管②(若粪便采集管自带标签可不用再贴)、运输保护管④及自封袋⑥上。在所有标签上注明取样对象信息(姓名、样本编号、样本类型、取样时间等)。
2017年10月30日

【重磅】史上最全的论文图表基本规范

如果想知道一张位图的图片分辨率,再Windows系统中可以右击该图片-选择属性-摘要-高级即可看到该图片宽度和高度的像素水平和垂直分辨率、位深度等信息。图片尺寸与分辨率、物理尺寸的计算关系如下:
2017年10月29日

宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip unzip
2017年10月27日

海洋可培养微生物的鉴定与分类

MCCC)。该中心成立于2004年,挂靠于国家海洋局第三海洋研究所,是专业从事海洋微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构,负责全国海洋微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与国际交流。
2017年10月26日

还找不到想要的文章吗?公众号搜索方法大全

其实我们很多原创文章的链接原文链接也是链接到“最新目录”一文。公众号发布的文章无法修改,但是素材是可以持续更新的,我们的最新目录只是一个素材,只能通过菜单或阅读原文访问。
2017年10月25日

宏基因组分析实战教程1. 背景知识

直接使用淘宝账户登陆,学生可购买9.9每月的1折优惠,1核,2G内存,1M带宽,40G存储;学习数据分析应该够用了。如果不是学习,还是建议自己买高配电脑或服务器吧,好点配置三年租金和服务器等价了。
2017年10月24日

DNA提取也能发Nature?当然!

如下图所示,横坐标为21种不同的DNA提取方法,纵坐标为碎片段比例,即点所处的位置越高,则该方法越容易引起DNA碎片化。由图中可以看出,方法4、10、12、19方法较差。
2017年10月23日

豆瓣8.9,惹哭亿万中国人的纪录片又来了!

作为国内首档大型中医药文化纪录片,它改变了纪录片向来“被动零点播出”的困境,闯进了一线卫视晚间920档,并取得了0.8的突出收视率,成为纪录片创下的第一个奇迹。
2017年10月21日

生信人值得拥有的编程模板-Shell

script ------------------------------------------------------------------------------- Copyright:
2017年10月20日

如何优雅的提问

菜鸟团团长健明也有一篇博文讲述”希望他回答问题应该如何做”,写的很详细,值得阅读,http://www.bio-info-trainee.com/1761.html。
2017年10月19日

微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

此外,国内本领域的中文共享材料是几乎空白的,你搜索到的顶多是公司的宣传材料,干货流程只掌握在少数公司和课题组内,很少有人共享,尤其是之前。我上周在本平台分享的宏基因组分析教程-Analysis
2017年10月17日

转录组分析的正确姿势

测序环节通常不需要自己操作,测序公司都很成熟,但测序的原理需要知道。这会影响到后续分析时参数的选择,比如知道什么是插入片段大小,什么是链特异性测序,什么情况会有接头序列,双端测序如何测等。
2017年10月16日

PICRUSt:16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

https://raw.github.com/picrust/picrust/master/tutorials/hmp_mock_16S.tab先从左侧下部get
2017年10月14日

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(国庆献礼)

document.write("阅读人数超4000+,本公众号近三月上百篇文章汇总,主打扩增子分析三部曲,总有一款适合你,快来挑选适合自己的干货吧。年前三月开展宏基因组专题季,又一大波干货在路上了。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2017年10月13日

宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

这是网站的速度特别慢,打开个PDF都要等好久,视频在Youtube上需要翻墙才能观看,这两天要开十八大,各种翻墙工具基本都难用,小编花了大约一天的时间,将课题全套的课件PPT、PDF,以及高清版视频
2017年10月12日

扩增子分析还聚OTU就真OUT了,试试unoise3

在biostack上看到了一段unoise2的介绍,写的不错,同时分享给大家[7]。UNOISE2:通过对Illumina测序平台结果错误纠正进行微生物多样性分析。Usearch主要三点:
2017年10月11日

扩增子分析神器USEARCH简介

人工重组微生物组实验分析,该软件得到的代表序列准确度和数量与真实更接近;这算法也被引用近1691次,被主流分析流程Mothur和QIIME同时引用,也是QIIME分析流程的默认算法。
2017年10月10日

生信人值得拥有的编程模板-Perl

DATABASE; #} ############################################################################### #Main
2017年10月9日

一文读懂微生物组

微生物组学是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物组包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒等。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。
2017年10月8日

五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/ggtree.html
2017年10月6日

微生物生态最值得阅读的30篇文章

学习16S扩增子、宏基因组思路和分析实战,快关注“宏基因组”,干货第一时间推送。
2017年10月5日

Endnote X8云同步:家里单位实时同步文献笔记,有网随时读文献

https://projectne.thomsonreuters.com/#/register?referrer=&app=cmty按提示,使用邮箱注册个人Endnote帐号。
2017年10月4日

我们从那里来—NG子宫日记 Womb

双胞胎机率与基因型相关,亚洲人异卵双胞胎机率是1/400,美国白人机率是1/88,尼日利亚人高达1/25。此外,年龄、季节等因素有关。在现代医疗条件辅助下,多胞胎机率上升了3-4倍。
2017年9月30日

一文读懂进化树

2005,22(3):792-802)认为贝叶斯的方法最好,其次是ML,然后是MP。其实如果序列的相似性较高,各种方法都会得到不错的结果,模型间的差别也不大。不过现在文章普遍使用的是NJ是ML模型。
2017年9月29日

生信媛养成记—实验汪自学生信之路-biostar handbook

虽然其中大部分人知道生信有用,有心想学,但每天实验到半夜累成狗,那有心情和时间自学编程,基本都没有读我推荐的书超过三页。此外,我要反思的是我推荐教材并不适多数人,反而把大家吓到了,不敢再学生信了。
2017年9月28日

组学重建真菌现有分类系统

在基因树中位于所有真菌基部位置的Microsporidia,在蛋白树中被分到了非真菌的单细胞真核生物中。蛋白树显示Microsporidia的蛋白组数据与原生动物更为相似,而不是真菌。
2017年9月27日

缅怀钟扬教授,2分钟视频回顾伟大植物学家钟扬对人类的贡献

5分钟微电影完整版视频链接https://v.qq.com/x/page/t0554i8waif.html,但晚上却突然失效,需要可以在后台回复“钟扬”获得相关视频下载链接。
2017年9月26日

微生物组学与植物病害微生物防治

2016)。并且在植物种子萌芽时期,由种子携带的的微生物群落也参与了新生植物土壤环境中的微生物组成多样性。植物叶际指栖息叶表面,茎表面,花表面以及果实表面部位的微生物,据统计全球的叶围面积约为109
2017年9月25日

最前沿的科学, 寻找最聪明的你—“宏基因组”公众号编辑招募

科研经验三部曲:云笔记、云协作、公众号零基础测序分析图表解读大全:老板再也不操心我的文献阅读宏基因组扩增子分析流程:零基础自学宏基因组扩增子统计绘图大全:中文首发
2017年9月24日

病毒入侵的故事—BBC细胞的暗战The Hidden Life of the Cell

病毒占领细胞仅一天之后,就已取得了全面控制权。随着正常给养的停止,细胞开始衰败。仅有的活动就是在细胞核内制造新的病毒大军。新军队可以自动组装,病毒怎么知道如何入侵人体细胞,如何冲破防御并进入细胞核。
2017年9月23日

价值4500元的微生物组培训资料

One。我感觉最主要的原因是讲高水平代性工作,太不接地气(比如埃博拉病毒进化,中国基本只有高院士团队在做),学员理解会很困难;而合作的低分文章一般实验设计原理比较简单,适合作为培训内容讲解。
2017年9月22日

Nature: 拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

Raoult和团队报告给全世界的重要成绩!利用培养组学这一强大工具,他们培养了许许多多已知和未知的细菌、古细菌、巨型病毒、真菌等微生物,上个月他们系统性报告了团队进展,依然很让人兴奋,特别推荐!
2017年9月21日

使用FUNGuild进行真菌功能注释

进入http://www.stbates.org/guilds/app.php,将准备好的OTU表格上传,点击“BeginAnalysis”,稍等片刻就能得到结果。
2017年9月20日

史上最权威宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集

Method接收,还末在线发表。预印本于2017年6月12日发表在bioRxiv上,截止9月10日,文章已经被摘要阅读8641次,PDF下载3784,google
2017年9月19日

微生物多样性组间差异分析神器-STAMP

在应用之前,首先要整理STAMP文件,格式如下图。如果关心的是不同分类单元差异物种,那么前面几列是物种的分类单元等级,如果有4个等级(例如目,科,属,种),那么前面就有4列(Hierachical
2017年9月18日

肠道微生物与人类密切相关的方方面面

Odoribacter和Bifidobacterium含量高。双歧杆菌属的放线菌具有最高的遗传力(45.7%)。放线菌和双歧杆菌含量降低与载脂蛋白(APOA5)基因单核苷酸多态性(SNP)
2017年9月17日

岛国科普第2弹-再造人类生命的神奇细胞Human.Life.Our.Amazing.Cell

也许将来诱导多能细胞可以用来补充人体T细胞,实现延长寿命。年老小鼠循环年轻小鼠血液,使肌肉组织衰老情况明显改善。将来会不会有人为了保持年轻,每天更换年轻血液可就恐怖了。
2017年9月16日

根据16S预测微生物群落功能最全攻略

至此,目前常用的基于微生物marker基因的微生物群落功能预测工具介绍完毕。表1从不同角度列出了这些工具的特点,以方便大家选择使用。另外,根据卢瑟菌的个人理解,简单总结各工具的选择策略,仅供参考:
2017年9月14日

宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2:官方中文帮助文档

更易于安装:曾经QIIME的安装让无数生信人竞折腰,QIIME2引入了Miniconda软件包管理器,没有管理员权限也可以轻松安装;同时发布了docker镜像,下载即可运行;
2017年9月13日

植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

结论:我们系统的描述了谷子根系细菌群落结构,并发现了根表核心细菌组分。结果表明宿主植物在根表富集特异的细菌和功能。这些潜在的有益菌将可能作为生物肥料应用于农业发展。
2017年9月12日

零基础测序分析图表解读大全:老板再也不愁我的文献阅读了! 宏基因组扩增子(箱线,散点,热,曼哈顿,火山,韦恩,三元,网络)

本系列文章以数据分析中常用的8种图为例,包括:箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、维恩图、三元图和网络图等。通过结合具体实例来详细讲解,定能让你对此类文章理解更顺畅,读起来顺风顺水。
2017年9月11日

走进科学-盐碱地种出甜高粱

大家都知道我们中国人,喜欢喝一点酒,尤其喜欢喝白酒。高档的白酒一定要用红高粱来酿酒。但是我今天不给大家讲红高粱以及讲酒,我要讲一个由红高粱变异的东西,它叫甜高粱。
2017年9月10日

计量宏基因组学数据分析的方法及进展(四)

document.write("非常好的方法综述。作者翻译一共分六篇,目前只找到了第四篇,里面有前三篇的链接。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2017年9月10日

从生到死的全部秘密—人体内旅行 inside the living body

声波引起鼓膜振动,另一端的三块骨头也随着振动,它们在一生中都是同样大小,能把声音放大22倍,然后传入耳蜗,耳娲内有细小的听毛,随不同频率声波振动,它们只有头发的1/200粗细,且不可再生。
2017年9月9日

《自然》重磅:真是「成精了」!科学家发现肠道微生物竟会“模仿”人体细胞交流信号,控制血糖代谢 | 科学大发现

进一步研究发现,与对照组相比,定殖“工程化”大肠杆菌的实验组小鼠中,胰高血糖素样肽(GLP-1)和胰岛素浓度显著增加,这一现象与GPR119受体激动剂(治疗糖尿病药物)的效果相似。
2017年9月9日

中国微生物组计划—农作物微生物组:跨越转化临界点的现代生物技术

亿美元的市场价格将该技术转移给了孟山都。仅此一例可见农作物微生物组技术的应用潜力和市场规模。最近,欧盟和美国都启动了的作物微生物组重点研究项目,加大对作物微生物组基础和应用基础的研究。
2017年9月8日

Annu. Rev. Genet:植物微生物组——系统性见解与展望

增加菌种资源库的多样性,如农作物的微生物资源,将获得更合理的人工重组群落,用于研究可获得更可信的结论。同时全基因组的测序有助于完善参考数据库,改进数据分析的结果。
2017年9月7日

psRobot:植物小RNA分析系统

1335miRNAs靶基因的预测此步需要fasta格式的miRNAs序列,可以是miRBase上发表已知的,也可以是上面预测的。本文以上面预测的miRNAs为例,靶基因库为物种的cDNA序列。
2017年9月6日

基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.28/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz wget
2017年9月5日

史上最详细的微生物扩增子数据库整理

analysis>》被引829次。使用Mother分析的用户对它应该比较熟悉,更新也算比较频繁,推荐。Usearch之前推荐使用RDP数据库用于去嵌合,现在又推荐Sliva了。
2017年9月4日

2017年8月Science肠道菌群研究

PPARg)是负责维持这种保护循环的调节物。4.Science:肠道细菌与膳食类黄酮联手抵抗流感病毒感染造成的肺部损伤doi:10.1126/science.aam5336图片来自CC0
2017年9月3日

CC讲坛-大脑疾病背后的秘密-许执恒

接下来,我们又合作进行了机制方面的研究,这个工作因为是在全世界第一个提供了直接证据,所以在全世界引起了广泛的关注,大概至少有一百多家电视台和报纸进行了报道,包括SCIENCE、FOX
2017年9月3日

让尸体说话-法医密档

整部纪录片一共有十集,每集不过25分钟,但制作周期却长达三年。为求严谨,主创人员在筹备阶段就翻阅了大量法医学专著,并接受规范化培训。之后,摄制组联系了全国近五十个省、市的公安部门,奔赴实地进行考察。
2017年9月2日

岛国电影生物科普就是强—生物大跃进

document.write("两周前推荐的NHK纪录片,大制作,权力游戏级特效,大明星出演生物科普,绝对值得观看和收藏。后台回复“生命大跃进”即可获得下载链接。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2017年9月2日

我从哪里来,到哪里去-人体奥秘Inside the Human Body

document.write("上周推荐的BBC经典记录片,有时间一定要全家人看,让我们更了解自己。".replace(/\r/g,"").replace(/\n/g,"").replace(/\s/g,"
2017年9月2日

扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性,老板再也不操心的我文献阅读了

OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);
2017年8月31日

扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

如果使用原始相对丰度或表达值,范围通常为0-100或0-1000000,而大部分的OTU或基因较低,做出的图会使绝大数据的数量颜色处于低丰度区,很难发现规律;因此需要数据变换,常用的方法有两类:
2017年8月31日

扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)

data.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。
2017年8月31日

宏基因组扩增子统计绘图大全:中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)

主要学习箱线图绘制方法,Anova组间统计是否存在显著差异,TurkeyDecideTest方法进行检查。同时以微生物Alpha多样性指数为例进行展示。
2017年8月31日

微生物相关网络构建教程:MENA, LSA, SparCC和CoNet

重抽样Bootstrapping下载conet-boot-settings.txt修改方法同permut,加载,运行,另存配置conet-boot.cfg。生成了204个点,1719个边的网络;
2017年8月30日

扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。
2017年8月30日

扩增子统计绘图8网络图-MENA

CCA3热图:差异菌、OTU及功能4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy5火山图:差异OTU数量及变化规律6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元7三元图:三组比较特有或共有OTU
2017年8月30日

扩增子统计绘图7三元图

此图展示KO和OE突变体中特异或共有富集的OTU,本数据因为是测试数据,过统计显著的每组只有一个显著富集的OTU,没有共有富集的OTU。详细的图片讲解,可参考7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分
2017年8月29日

扩增子图片解读7三元图:美的不要不要的,再多用也不过分

物种分类学名称不认识我也认识的不多,见的越多,认识的越多。起码常见的几个高丰度的门要认识,如Proteobacteria变形菌门、Actinobacteria放线菌门、Bacteroidetes
2017年8月29日

Assembling the microbial dark matter阅读笔记

接近完整的基因组,可以用来研究代谢。但是,尽管使用了表征结果做好的工具来完成工作了,也还是要仔细检查每一个contigs的分类、可视化不同的覆盖度信息或使用自动化工具来评估宏基因组的拼接质量。
2017年8月29日

扩增子图表解读6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元

图中非重叠部分为每个组特有,图中重叠部分为重叠各组共有,并将数字标示在该范围内;如B中仅蓝绿重叠区的175代表仅在这两者在共有的OTU数量;而中间的96代表在三组中均共有的OTU。
2017年8月28日

扩增子统计绘图6韦恩图:比较组间共有和特有OTU或分类单元

绘制2-5组的韦恩图,并学习导出为PDF文件;本节需要在第3节热图的edgeR统计分析差异OTU的基础上继续运行,通常我们至少要再计算一组差异OTU,比较不同存差异OTU间的共有或特有情况。
2017年8月28日

中文扩增子分析视频教程推荐

http://v.qq.com/vplus/98682419ecb6f54de370ba49c9e883e0/videos
2017年8月27日

央视与遗传发育所合拍《锄禾者新说》科教片

该节目拍摄由中科院科学传播局协助,并得到中科院遗传发育所的大力支持。节目于2017年6月12-13日在中央电视台科教频道分上、下两集播出。
2017年8月27日

我从哪里来,到哪里去-人体奥秘Inside the Human Body

Body》,帮助你理解人体。适合不同层次的人群观看。小朋友也可以看懂。里面有许多镜头相当经典,如:额面发育,受精过程,皮肤感染,听力形成等等,其中的细节与医学书籍上的描写是一模一样。
2017年8月26日

扩增子图表解读5火山图:差异OTU数量及变化规律

大家经常看到的看火山图都是竖起的,左、右部分高亮的为差异OTU,而作者将图像放倒(顺时针旋转90度),以Y轴零刻度为分界面,上部为富集OTU,下部为下降OTU也很直观,而且耳目一新;
2017年8月25日

扩增子统计绘图5火山图:差异OTU数量及变化规律

火山图展示差异OTU数量及变化规律;横轴为相对丰度变化的差异倍数,纵轴为相对丰度取Log2对数值;红色点为显著上调的OTU,绿色为显著下调的OTU,灰色为不显著变化的OTU;
2017年8月25日

宏基因组学入门四部曲之向前一步

生物信息的学习重在实战,我在专业领域基础知识的同时也开始了数据模仿处理的项目实战(奶酪宏基因组),并且已经拼接完成。在此感谢提供学习资料的生信菜鸟团群主健明师兄以及李琪师兄和杨耀华师兄的指点。
2017年8月24日

扩增子图表解读4曼哈顿图:差异OTU或Taxonomy

曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。
2017年8月24日

扩增子统计绘图4曼哈顿图:差异OTU和Taxonomy

Taxonomy排序,并筛选OTU表中存在的 library(dplyr) taxonomy$id=rownames(taxonomy) taxonomy
2017年8月24日

扩增子统计绘图3热图:样品相关分析,差异OTU

图中可到OTU95在OE中高表达,而其它OTU均在OE中下调;表达该基因的表达,主要来拟制一些OTU。这些OTU的编号较大,代表其丰度较高。比如OTU_1,就是聚类结果中最高丰度的OTU。
2017年8月23日

宏基因组学入门四部曲之初识

做宏基因组的人可能对上面的图并不陌生,这是属于分箱步骤中的contig可视化。我第一次来到现在的研究所,看到师兄在绘制的图就是这个,当时感觉很漂亮很神奇。以下是我在那一年后入门宏基因组时所做的笔记:
2017年8月23日

如何查找基因在发表研究中的表达

“Experiments”蓝色链接,新窗口中有所有收集实验的列表,可在上方Filter后面文本框查找关键字过滤,如搜索”nitrogen”,会自动过滤相关研究;此时我们再单击下方的“Filter
2017年8月23日

扩增子统计绘图2散点图:Beta多样性

采用PCoA展示样品间的最大差异,代码以bray_curtis为例,其它距离只需替换为weighted_unifrac,unweighted_unifrac即可。
2017年8月22日

扩增子统计绘图1箱线图:Alpha多样性

绘图和统计全部为R语言,建议复制代码,在Rstuido中运行,并设置工作目录为存储之前分析结果文件的result目录。
2017年8月21日

岛国电影生物科普就是强—生物大跃进

人类是遥远5亿年前因两个偶然的重叠而诞生的奇迹!将世界考古与基因研究最新突破一一还原,让自然科学粉儿热血沸腾的全景CG远古世界再现。在Gakki的带领下,让我们回到五亿年前的地球做个时光旅行!
2017年8月20日

Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节

微生物组学研究最大的问题:实验难重复。就像古希腊哲学家赫拉克利特说“人不能两次踏进同一条河流”。微生物组实时在变,己有文章表明动、植物的细菌组在昼夜间都有10-20%的部分存在显著的变化(Cell,
2017年8月19日

宏基因组-扩增子分析流程:中文首发,史上最详系,零基础自学

本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
2017年8月18日

扩增子分析解读7物种分类统计,筛选进化树和其它

本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分零基础的人,更好的理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
2017年8月17日

NC:MetaSort通过降低微生物群落复杂度以突破宏基因组组装难题

Communication上。赵老师是中科院北京生科院的研究员,之前人事关系在中科院遗传发育所(现转至动物所),集体活动经常见面;而且我的导师经常请赵老师指导组内学生的各类开题、中期、答辩等活动。
2017年8月16日

扩增子分析解读6进化树,Alpha,Beta多样性

本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分零基础的人,更好的理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
2017年8月15日

扩增子分析解读5物种注释,OTU表操作

将OTU表转换为Biom格式,这样便于其它软件对其操作。可添加上面获得的物种信息,这样表格的信息就更丰富了,再转换为文本,便于人类可读,同时使用summarize-table查看OTU表的基本信息。
2017年8月14日

Comment:研究微生物,只靠多组学根本不够

enough?[1]的评论性文章。通过阅读这篇文章我对微生物组学有了更为深入的了解。以下是几位专家的观点,我简单地翻译了一下,让我们来看看:
2017年8月13日

微生物应用 | 农业废弃物资源化利用

从传统的“土-水”两相界面(A)到“土-生-水”三相界面(B)
2017年8月12日

扩增子分析解读4去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表

本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分零基础的人,更好的理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
2017年8月11日

扩增子分析解读3格式转换,去冗余,聚类

本系统文章叫分析解读,即有详细的扩增子分析流程代码,又有本人对使用参数、备选参数意义的解读,可以让大部分零基础的人,更好的理解数据分析过程,并可亲自实践在自己的课题上,获得更好、更合理的实验结果。
2017年8月10日

扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物

PE300也比较常见,但PE150过短分辨率低,而PE300价格高且末端序列质量过低;此外454在之前研究较多,但现在设备已经停产;PacBio读长长可直接测序16S全长1.5kb代表未来的趋势。
2017年8月9日

扩增子分析解读1质控,实验设计,双端序列合并

PE300也比较常见,但PE150过短分辨率低,而PE300价格高且末端序列质量过低。此外454在之前研究较但设备已经停产,PacBio读长长可直接测序16S全长1.5kb代表未来的趋势。
2017年8月8日

扩增子分析QIIME2. 9训练特征分类集Training feature classifiers

"https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/training-feature-classifiers/85_otu_taxonomy.txt" #
2017年8月6日

扩增子分析QIIME2. 8数据筛选Filtering data

subject-2-filtered-distance-matrix.qzaReferencehttps://docs.qiime2.org/2017.7/tutorials/filtering/
2017年8月6日

SILVAngs:免费在线宏基因组扩增子分析系统

包括各步统计结果的可视化,如序列长度分布、序列分类、稀释曲线、OTU与参考序列相似度、比对相似度/质量等;每个图都可以放大查看或下载矢量图svg格式。如下图:样品稀释曲线及其标准误差
2017年8月5日

扩增子分析QIIME2. 7元数据Metadata

"https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/metadata/unweighted_unifrac_pcoa_results.qza" qiime
2017年8月4日

扩增子分析QIIME2. 6数据导出Exporting data

查看结果文件信息导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中,名为feature-table.biom,可用biom程序对文件进行格式转换和分析
2017年8月4日

扩增子分析QIIME2. 5数据导入Importing data

最典型的导入数据,是原始测序数据的导入。实际上,我们可以从分析的任何一步导入数据,继续分析。比如合作者提供了biom格式的OTU表,我们可以导入,并进行下游的统计分析。
2017年8月3日

Review:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

宏基因是指直接研究环境样品作为遗传学材料。广义来説其包括环境基因组、生态基因组学和群体基因组学。传统的微生物学和微生物基因测序依赖于单克隆的培养,早期环境基因测序克隆16s
2017年8月2日

antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

核酸研究杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库,可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询。
2017年8月1日

扩增子分析QIIME2. 4-沙漠土分析实战Atacama soil

下载双端实验数据(使用10%抽样数据方便下载和演示):分别为正向、反向和barcodes序列三个文件;文来自亚马逊云,有时无法下载或断开,只下载一个文件不同时间多试几次就成功了。 mkdir
2017年7月31日

扩增子文献1简单套路发高分文章--白杨内生和根际微生物组结构

OTU数量展示使用了截断图,因为根际土中微生物数量是非常大的,而内生菌种类很少,使用截断图减少图中留白更加美观;不同种组织的颜色选用与实物相近,使人产生亲切感(根深棕,茎浅绿和叶深绿);
2017年7月30日

扩增子文献2拟南芥根微生物组的结构和组成

同A类似,将根际土组替换为木材(牙签),模拟死亡根系非活体的定殖过程。定义了根系特异的OTUs(深蓝色)、木材特异的OTUs(橙色)和根系和木材共同富集的OTUs(浅蓝色)。c.
2017年7月29日

Gordon文章:1功能微生物组研究典范—采用甘露糖苷选择性抑制尿路致病性大肠杆菌

Nature:在肠道中选择性清除致病大肠杆菌(重磅)http://www.xunludkp.com/papers/read/1058090408?kf=mobile.search
2017年7月28日

扩增子分析QIIME2. 3粪便菌群移植FMT分析实战

"https://data.qiime2.org/2017.6/tutorials/fmt/fmt-tutorial-demux-2-10p.qza"序列质控评估#
2017年7月27日

扩增子分析QIIME2. 2分析实战Moving Pictures

统计各门类的火山图,坐标轴还没有详细解释,但其意思是越靠上越显著差异。此图采用Python的bokeh库生成的交互式图形,可以点击图中的点来查看具体的详细,如具体的分类学信息。相当于表1的可视化。
2017年7月26日

科研经验3:公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口

原创保护。保护知识产权,一般连发30篇以上原创文章的公众号且有一定阅读量,会受到腾讯原创邀请,以后原创的文章可以添加原创标识,如果有人末经授权抄袭或转载你的作品会被检测到,你有权进行投诉。
2017年7月25日

科研经验2:云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台

实验常用的文档还有通讯录、组会表、共享打印机安装方法等等。还有其它精品博文、学习心得等,可以一并共享。大家共同学习进步,也方便新人有学习的平台,无人指导下快速入坑。
2017年7月24日

扩增子分析QIIME2. 1简介和安装

更易于安装:曾经QIIME的安装让无数生信人竞折腰,QIIME2引入了Miniconda软件包管理器,没有管理员权限也可以轻松安装;同时发布了docker镜像,下载即可运行;
2017年7月21日

科研经验1:云笔记积累个人知识体系

DNA甲基化分析、Evolution进化、Microbiota微生物组等十几大类。是这些笔记,让我搭建了个人的分析技术体系,积累了经验,提高了工作效率。每每回看,收获满满。
2017年7月20日

宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验

我在PLOB上发布的文章两篇阅读均7000+;PLOB是国内生信的综合技术共享平台,只是近两年不怎么更新了,实在可惜。2013年我发布的《RepeatMasker安装方法与使用》和《Win8
2017年7月18日

扩增子分析QIIME. 3以管理员安装QIIME1.9.1至Ubuntu16.04

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/support_files/denoiser/FlowgramAlignment sudo
2017年7月15日

扩增子分析流程2. 使用Docker运行QIIME

home/resultReferencehttp://mp.weixin.qq.com/s/HLHiWMLaWtB7SOJe_jP3mA
2017年7月4日

扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录

http://download.virtualbox.org/virtualbox/5.1.22/VirtualBox-5.1.22-115126-Win.exeQIIME
2017年7月3日

宏基因组公众号创立——如何注册一个名字好记的公众号

http://woodcorpse.blog.163.com/blog/static/634420312011105113524943
2017年5月21日