mNGS及古细菌DNA检测应用推荐：PCR去污染试剂盒

描述

在研究和诊断中，PCR是一种检测DNA是否存在的敏感方法。PCR中使用的聚合酶经常被E.coli DNA污染。当检测少量细菌DNA时，污染的DNA可能导致灵敏度降低和假阳性。其他污染源可能是dNTPs、缓冲体系、引物/探针，以及操作过程中引入的DNA污染。

一般来说，对细菌的检测和分型采用16S或23S rDNA基因保守区段为靶点的广谱范围探针。该方法对细菌DNA污染非常敏感，而大多数Master mix和聚合酶中都发现细菌DNA的痕迹（Figure 1）。当使用qPCR检测或定量少量的细菌DNA时，污染的E.coli DNA可能会导致假阳性结果。

Figure 1. 多个品牌的PCR Master mix中检出E.coli 23S rDNA。反应体系是多品牌的Master mix、23S DNA探针和水（不加模板）。实验组的所有Master mix都能检出痕量的E.coli 23S DNA，Cq值介于30-35。

为了解决这个问题，我们开发出PCR去污染试剂盒，既能去除Master mix中细菌DNA污染，又不影响PCR反应的灵敏度。此外，该试剂盒无RNase活性。

优势

     1. 减少背景污染，提高目标基因检测下限；
     2. 不影响PCR检测灵敏度；
     3. 简单易用，操作方便。

应用

   1. 去除PCR及RT-PCR的mastermix中E.coli内源DNA污染及其他DNA污染；
   2. 用于终点PCR和探针依赖的qPCR；
   3. 用于细菌检测及基因分型；
   4. 用于古细菌DNA检测。

组分及特性

1. dsDNase：双链特异性DNA酶，去除Master mix、引物及探针等的污染DNA；

2. DTT：60℃条件下，能够不可逆灭活dsDNase，确保模板DNA不被清除。

不降低反应灵敏度

  DNA污染是高灵敏度应用面对的主要问题。这些应用，以低丰度DNA为目标检测基因，极易受到污染DNA的干扰。因此，任何影响PCR灵敏度的去除DNA污染的方法，都是不能使用的。

Figure 2. 用PCR去污染试剂盒处理/未处理的mastermix、5个10倍梯度稀释的gDNA和水（NTC）为模板进行qPCR检测。与NTC untreated组相比，NTC decontaminated组在45个cycle仍然没有信号，说明PCR去污染试剂盒能最大程度去除mastermix中的污染。PCR去污染试剂盒处理前/后数据相比，Cq值并没有明显改变，说明基本不影响反应灵敏度。

订购信息

     ArcticZymes Technologies成立于20世纪80年代后期，总部位于挪威。致力于从海洋生物中识别新的冷适应酶，用于分子研究、体外诊断和治疗领域。

    上海倍笃生物科技有限公司，聚焦细胞治疗、基因治疗、类器官研究、mNGS病原微生物检测等领域，是ArcticZymes Technologies的中国独家代理。

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