总体方案的推进实施可以分为打基础和全面推进两个阶段。第一个阶段，从2020年起到2025年以前主要是打基础、做准备，适时全面开展准备工作情况评估，查堵安全漏洞，适时启动全岛封关运作。第二个阶段，2035年以前，主要是全面推进自由贸易港政策落地见效。实施全岛封关运作后不再保留洋浦保税港区、海口综合保税区等海关特殊监管区域。海南省政府争取在2023年底前具备封关硬件条件，2024年底前完成封关各项准备工作。2021年6月10日第十三届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过《中华人民共和国海南自由贸易港法》，同日中华人民共和国主席令第八十五号公布，即日起施行（链接：中华人民共和国海南自由贸易港法）。国家建设高水平的中国特色海南自由贸易港，是推动改革开放新格局，建立开放型经济新体制，促进国家经济平稳健康可持续发展；是深化市场化改革，打造法治化、国际化、便利化营商环境的迫切需要。国家在海南全岛设立海南自由贸易港（以下简称“海南”），分步骤、分阶段建立自由贸易港政策和制度体系，宗旨是为实现贸易、投资、跨境资金流动、人员进出、运输来往自由便利和数据安全有序流动。在实现有效监管的前提下，建设全岛封关运作的海关监管特殊区域。对货物贸易，实行以“零关税”为基本特征的自由化便利化制度安排。对服务贸易，实行以“既准入又准营”为基本特征的自由化便利化政策举措。一是货物贸易。确立“一线放开、二线管住、岛内自由”的以“零关税”为基本特征自由进出、负面清单例外的监管模式。在海南与中国关境外其他国家和地区之间设立“一线”，在海南与内地之间设立“二线”。海南与境外双向流通放开。在海关依法进行监管下境外与海南之间，货物、物品可以自由进出。负面清单目录外货物进入自由贸易港免征进口关税。以联运提单付运的转运货物不征税、不检验。从海南自由贸易港离境的货物、物品按出口管理。海南进入内地管住。货物由海南进入内地，原则上按进口规定办理相关手续。物品由海南进入内地，按规定进行监管。对海南前往内地的运输工具，简化进口管理。内地进入海南管住。货物、物品以及运输工具由内地进入海南，按国内流通规定管理。货物可以比照出口实行退税制度。海南与内地的双向流通之间涉及的货物、物品以及运输工具的具体办法由国务院有关部门会同海南省制定。岛内流通自由。各类市场主体在海南依法自由开展货物贸易以及相关活动，海关实施低干预、高效能的监管，实现自由贸易港内企业自由生产经营。由境外启运，经海南自由贸易港换装、分拣集拼，再运往其他国家或地区的中转货物，简化办理海关手续。货物在海南不设存储期限，可自由选择存放地点无需保税仓储存。实施“零关税”的货物，海关免于实施常规监管。
通关便利简化流程手续。除依法需要检验检疫或者实行许可证件管理的货物外，海关对其他货物进入海南径予放行。内地货物经海南中转再运往内地无需办理报关手续，应在自由贸易港内海关监管作业场所（场地）装卸，与其他海关监管货物分开存放，并设立明显标识。场所经营企业应根据海关监管需要，向海关传输货物进出场所等信息。二是服务贸易。推进服务贸易自由便利，破除跨境交付、境外消费、自然人移动等服务贸易模式下存在的各种壁垒，给予境外服务提供者国民待遇。在告知、资格要求、技术标准、透明度、监管一致性等方面，进一步规范影响服务贸易自由便利的国内规制。对负面清单之外的跨境服务贸易，按照内外一致的原则管理。三是负面清单。国务院商务主管部门会同国务院有关部门和海南省制定的禁止、限制进出口货物、物品清单，不可以自由进出；对服务贸易实行负面清单管理制度，并实施相配套的资金支付和转移制度。大幅放宽海南市场准入，强化产权保护，保障公平竞争，打造公开、透明、可预期的投资环境，进一步激发各类市场主体活力。一是市场准入承诺即入制。国家放宽海南市场准入，严格落实“非禁即入”，在“管得住”的前提下，对具有强制性标准的领域，原则上取消许可和审批，建立健全备案制度，市场主体承诺符合相关要求并提交相关材料进行备案，即可开展投资经营活动。备案受理机构从收到备案时起，即开始承担审查责任。对外商投资实行准入前国民待遇加负面清单管理制度。实行以过程监管为重点的投资便利措施，逐步实施市场准入承诺即入制。具体办法由海南省会同国务院有关部门制定。二是优化政务服务。海南按照便利、高效、透明的原则，简化办事程序，提高办事效率，优化政务服务，建立以电子证照为主的设立便利，以“有事必应”、“无事不扰”为主的经营便利，以公告承诺和优化程序为主的注销便利，以尽职履责为主的破产便利等政策制度。具体办法由海南省人民代表大会及其常务委员会制定。三是依法保护知识产权。国家依法保护私人和法人财产的取得、使用、处置和继承的权利，以及依法征收私人和法人财产时被征收财产所有人得到补偿的权利。促进知识产权创造、运用和管理服务能力提升，建立健全知识产权领域信用分类监管、失信惩戒等机制。加强区块链技术在知识产权交易、存证等方面应用，探索适合自由贸易港发展的新模式。落实公司法等法律法规，加强对中小投资者的保护。加大知识产权侵权惩罚力度，对知识产权侵权行为，严格依法追究法律责任。四是促进市场公平竞争和平等经营。海南建立统一开放、竞争有序的市场体系，强化竞争政策的基础性地位，落实公平竞争审查制度，加强和改进反垄断和反不正当竞争执法，保护市场公平竞争。海南各类市场主体，在准入许可、经营运营、要素获取、标准制定、优惠政策等方面依法享受平等待遇。具体办法由海南省人民代表大会及其常务委员会制定。五是负面清单。对涉及国家安全、社会稳定、生态保护红线、重大公共利益等，国家实行准入管理。外商投资准入负面清单由国务院有关部门会同海南省制定，报国务院批准后发布。海南坚持金融服务实体经济，推进金融改革创新，率先落实金融业开放政策。重点围绕贸易投资自由化便利化，分阶段开放资本项目，有序推进海南与境外资金自由便利流动。一是构建多功能自由贸易账户体系。以国内现有本外币账户和自由贸易账户为基础，通过金融账户隔离，建立资金“电子围网”。
二是便利跨境贸易投资资金流动。实现银行真实性审核从事前审查转为事后核查。在跨境直接投资交易环节，按照准入前国民待遇加负面清单模式简化管理。在跨境融资领域，试点合并交易环节外债管理框架，完善企业发行外债备案登记制管理。在跨境证券投融资领域，扶持海南具有特色和比较优势的产业发展，并在境外上市、发债等方面给予优先支持。
三是扩大金融业对内对外开放。率先在海南自由贸易港落实金融业扩大开放政策。支持建设国际能源、航运、产权、股权等交易场所。加快发展结算中心。
四是加快金融改革创新。支持发展房地产投资信托基金（REITs）。放宽外资企业资本金使用范围。创新科技金融政策、产品和工具。
一是自主减免征收政府性基金。海南可以根据发展需要，自主减征、免征、缓征除具有生态补偿性质外的政府性基金。二是简化税制。全岛封关运作时，将增值税、消费税、车辆购置税、城市维护建设税及教育费附加等税费进行简并，在货物和服务零售环节征收销售税；全岛封关运作后，进一步简化税制。国务院财政部门会同国务院有关部门和海南省及时提出简化税制的具体方案。三是“一线”零关税。全岛封关运作、简并税制后，海南对进口征税商品实行目录管理，目录之外的货物进入海南，免征进口关税。进口征税商品目录由国务院财政部门会同国务院有关部门和海南省制定。全岛封关运作、简并税制前，对部分进口商品，免征进口关税、进口环节增值税和消费税。对由海南离境的出口应税商品，征收出口关税。目前实施的优惠政策如下：1是在全岛封关运作前，对在海南港注册登记并具有独立法人资格的企业，进口用于生产自用、以“两头在外”模式进行生产加工活动或以“两头在外”模式进行服务贸易过程中所消耗的原辅料（具体见链接文件中的《海南自由贸易港“零关税”原辅料清单》），自2020年12月1日起免征进口关税、进口环节增值税和消费税（链接：关于海南自由贸易港原辅料“零关税”政策的通知）。2是全岛封关运作前，对海南注册登记并具有独立法人资格的企业进口自用的生产设备，除法律法规和相关规定明确不予免税、国家规定禁止进口的商品，以及链接文件中的所附《海南自由贸易港“零关税”自用生产设备负面清单》所列设备外，自2021年3月4日起免征关税、进口环节增值税和消费税（链接：关于海南自由贸易港自用生产设备“零关税”政策的通知）。3是全岛封关运作前，对海南注册登记并具有独立法人资格，从事交通运输、旅游业的企业(航空企业须以海南自由贸易港为主营运基地)，进口用于交通运输、旅游业的船舶、航空器、车辆等营运用交通工具及游艇，自2020年12月25日起免征进口关税、进口环节增值税和消费税（链接：关于海南自由贸易港交通工具及游艇“零关税”政策的通知）。4是对《船舶所有权登记证书》签发日期为2020年10月1日至2024年12月31日，在境内建造船舶企业向运输企业销售且符合条件的船舶（指同时符合购进船舶在“中国洋浦港”登记、购进船舶从事国际运输和港澳台运输业务），实行增值税退税政策，由购进船舶的运输企业向主管税务机关申请退税。购进船舶运输企业的应退税额，为其购进船舶时支付的增值税额（链接：关于海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知）。 5是建设博鳌乐城国际医疗旅游先行区四是货物、物品进出“二线”税收比照进出口管理。货物由海南进入内地，照章征收关税和进口环节税；扩大原产地政策，对鼓励类产业企业生产的不含进口料件或者含进口料件在海南自由贸易港加工增值达到一定比例（目前是30%）的货物，免征关税，照章征收进口环节增值税、消费税。对行邮物品由海南自由贸易港进入内地，按规定进行监管，照章征税。具体办法由国务院有关部门会同海南省制定。货物由内地进入海南自由贸易港，按照国务院有关规定退还已征收的增值税、消费税。五是离岛游客限额内免税。全岛封关运作、简并税制前，对离岛旅客购买免税物品并提货离岛的，按照有关规定免征进口关税、进口环节增值税和消费税。全岛封关运作、简并税制后，物品在海南和内地之间进出的税收管理办法，由国务院有关部门会同海南省制定。2020年6月29日，财政部、海关总署、税务总局联合发出海南离岛旅客免税购物政策的公告，对乘飞机、火车、轮船离岛(不包括离境)年满16周岁离岛旅客实行限值（10万元人民币）、限量（化妆品每人每次限购30件，其他不限）、限品种免进口税（关税、进口环节增值税和消费税）购物。具体见《附件：离岛免税商品品种及每人每次购买数量范围》（链接：关于海南离岛旅客免税购物政策的公告）。
对注册在海南自由贸易港符合条件的企业，实行企业所得税优惠。2020年6月23日，财政部、税务总局发出海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知（“财税〔2020〕31号”），对海南企业2020年1月1日至2024年12月31日期间实行三项优惠政策（链接：关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知）。1是对注册在海南自由贸易港并实质性运营的鼓励类产业企业，减按15%的税率征收企业所得税。实质性运营是指企业的实际管理机构设在海南自由贸易港，并对企业生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制。对于仅在自贸港注册登记，其生产经营、人员、账务、资产等任一项不在自贸港的居民企业，不属于在自贸港实质性运营，不得享受自贸港企业所得税优惠政策。对总机构设在海南自由贸易港的符合条件的企业，仅就其设在海南自由贸易港的总机构和分支机构的所得，适用15%税率；对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港内的符合条件的分支机构的所得，适用15%税率。2是对在海南自由贸易港设立的旅游业、现代服务业、高新技术产业企业（按照海南自由贸易港旅游业、现代服务业、高新技术产业企业所得税优惠目录“财税〔2021〕14号”执行）新增境外直接投资取得的所得，免征企业所得税。新增境外直接投资所得应当符合以下条件：1）从境外新设分支机构取得的营业利润；或从持股比例超过20%（含）的境外子公司分回的，与新增境外直接投资相对应的股息所得。2）被投资国（地区）的企业所得税法定税率不低于5%。3是对在海南自由贸易港设立的企业，新购置(含自建、自行开发)除房屋、建筑物以外的固定资产或无形资产，单位价值不超过500万元(含)的，允许一次性计入当期成本费用在计算应纳税所得额时扣除，不再分年度计算折旧和摊销;新购置(含自建、自行开发)固定资产或无形资产，单位价值超过500万元的，可以缩短折旧、摊销年限或采取加速折旧、摊销的方法。2020年6月23日，财政部、税务总局发出海南自由贸易港高端紧缺人才个人所得税政策的通知（“财税〔2020〕32号”），对高端紧缺人才2020年1月1日至2024年12月31日期间实行优惠政策（链接：关于海南自由贸易港高端紧缺人才个人所得税政策的通知），对在海南工作的高端人才和紧缺人才，就其来源于海南的综合所得（包括工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费四项所得）、经营所得以及经海南省认定的人才补贴性所得，其个人所得税实际税负超过15%的部分，予以免征。纳税人在海南省办理个人所得税年度汇算清缴时享受上述优惠政策。髙端紧缺人才按照以下方法计算海南个人所得税政策减免税额：减免税额=(综合所得应纳税额-综合所得应纳税所得额×15%)×海南综合所得收入额÷综合所得收入额减免税额=(经营所得应纳税额-经营所得应纳税所得额× 15%) ×海南经营所得应纳税所得额÷经营所得应纳税所得额非居民个人工资、薪金所得减免税额=(工资、薪金所得应纳税额-工资、薪金所得应纳税所得额×15%)×海南工资、薪金所得收入额÷工资、薪金所得收入额非居民个人劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得减免税额=海南应纳税额-海南应纳税所得额×15%非居民个人经营所得减免税额=(经营所得应纳税额-经营所得应纳税所得额×15%)×海南经营所得应纳税所得额÷经营所得应纳税所得额。1是须在海南自由贸易港工作并一个纳税年度内在海南自由贸易港连续缴纳基本养老保险等社会保险6个月以上(须包含本年度12月当月)，且与在海南自由贸易港注册并实质性运营的企业或单位签订1年以上的劳动合同或聘用协议等劳动关系证明材料。无法缴纳社会保险的境外高端人才和境外紧缺人才，须提供与在海南自由贸易港注册并实质性运营的企业或单位签订的1年以上劳动合同或聘用协议等劳动关系证明材料。高端人才。属于海南省各级人才管理部门所认定的人才。或者属于:一个纳税年度内在海南自由贸易港收入达到30万元人民币以上(海南省根据经济社会发展状况实施动态调整)。紧缺人才。指“琼府〔2020〕41号”文件中所列海南自由贸易港行业紧缺人才需求目录(2020年版)18类人才。