影像组学③：ITK-SNAP进行图像手动分割

前期介绍了影像组学基本流程及目前主要的软件（请翻阅之前更新的文章），今天给大家介绍一款的这款图像标注的常用软件itk-snap，简单易上手，常用于脑功能mask获取和组学ROI勾划，后续主要用于包括matlab、AK等软件用于提取组学特征。

一、软件下载

ITK-SNAP 安装包下载：http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP3，建议选择3.6.0稳定版，根据提示进行安装。

二、图像导入（文件载入要求文件路径及名称不包含中文）

两种方法：第一种是直接拖动较为简单，可以拖入单张图片或者文件夹。第二种是进入软件界面点击左上角的File，然后选择Open Main Image。如文件夹下含多个图像序列，此处会显示多个序列列表，选中待勾画序列，点击下一步即可导入，最后点击finish。

导入图像会出现图像的基本信息

图片基本信息

除了dicom文件之外还可以处理NiFFTI、NRRD、VTK等其他格式的医学图像。

图像导入完成后界面

三、分割：

读取完图片之后进入软件界面，需要进行操作的主要在左侧toolbox。勾画工具分为画刷和画笔两种，左侧为画笔，按住左键勾画闭合轮廓后确认即可填实、得到目标区域；右边为画刷，需要手动完整涂抹目标区域：按住左键涂抹、按住右键擦除。画好外圈轮廓之后摁回车即可生可以按住鼠标右键不放，对切片视图进行放大或缩小，按住鼠标左键不放，对切片视图进行平移。视图下方的 zoom to fit 可以使切片视图恢复到适合的大小。调整图像对比度：Tools -> Image Contrast -> Contrast Adjustment。（具体细节读者自行摸索）。绘制闭合轮廓，点击下方accept。

图像勾画工具

红色区域为ROI

如果要勾画多个ROI，可从菜单栏Segmentation->Label Editor进入如下界面，手动修改label命名、从而更直观。

不同颜色代表不同区域

不过勾画对应病灶前，记得先选择病灶的类型label（软件左下角）:Active Label

四、保存ROI

当我们完成已标注的数据后，直接将其出，点击Segmentation栏->Save选择对应的格式即可（注意：保存格式根据后续特征提取软件所要求保存，nifti用的最多）

后期将提供一个itk-snap软件的操作视频供大家学习。

制作不易，欢迎大家帮忙转发、推荐，除了更新一些有学习意义的影像方面资料以外，后续将抽时间、不定期推出系列影像组学相关学习给大家，流程简单、流程可控不求人，谢谢。