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生物信息学个性化分析、TCGA/GEO数据库挖掘分析等服务

七师兄 生信之家 2022-04-16

   如您看了某篇最新发表的高分文章的创新思路与漂亮图表,让你心里很痒痒,想模仿这篇文章的生信分析的套路, 如何得到呢?


医药加平台推出生信高级分析服务 (由医药加生信班专家讲师-宋伟博士团队提供服务)



宋伟老师简介


个人成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。


研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。


培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。


培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等。

强强联合

      生物信息是一种综合性的学科,也是一门工具。它与临床医学、动植物学、微生物学等方向有这密切的联系,通过生信分析可以——获得理论或基础的结论、指导实验方向和丰富文章内容


我们需要“强强联合”,把各自擅长的领域联合——研究方向领域基础+生信高级分析。个性的分析服务,可以节省时间、提高质量。


高级分析特点:不同项目方向做高级生信分析,设计不同的创新思路,达到课题研究目的,获得结果(图表)及结论。


定制化数据分析内容展示:

类别

分析项目

分析内容

单组学高通量高级分析

(基于已有的标准分析结果,添加高级分析)

转录组学:lncRNA、miRNA、mRNA、circRNA测序/芯片数据。

基因组学:全基因组测序、外显子测序/芯片数据。

表观组学:DNA或RNA甲基化测序/芯片数据。

蛋白组学:ITRAQ质谱数据。

代谢组学:GC-MS,LC-MS,NMR

宏基因组学:16s测序、宏全基因组测序数据。

差异表达基因筛选;

无监督聚类的PCA或HeatMap分析;

有监督聚类的OPLS-DA分析;

基因上下游调控预测(miRNA,TF);

VENN图分析;

蛋白与蛋白互作网络分析;

WGCNA模块分析;

基因相关性分析;

lncRNA(circRNA)与mRNA共表达分析及网络构建;

关键lncRNA(circRNA)或miRNA功能分析;

竞争内源RNA(ceRNA)预测;

多组样本不同时间(浓度)递增数据分析;

筛选关键基因(lncRNA、circRNA或mRNA);

GSEA富集分析;

生存预后分析;





基于公共数据库的高级分析。

基于TCGA/GEO/SRA/EBI数据库做癌症靶标预测(miRNA, lncRNA, mRNA)和通路功能筛选。

多套数据整合分析.

多组学整合分析(基于标准分析结果,添加高级分析)

全转录组整合分析;

转录组与蛋白组整合分析;

蛋白组与代谢组整合分析;

基因组与转录组整合分析;

表观组与转录组整合分析;

个性化定制分析(想法帮你实现)

根据需求做图、做表;

基于参考文献思路进行生信分析;

基于客户制定的分析思路进行生信分析。

中药/单体网络药理学分析

中草药单体成分分析及有效成分预测

药物单体靶标蛋白预测及功能分析

药物功能网络药理学分析


结果图例展示:

示例图 调控网络图,例如ceRNA网络或PPI网络


示例图 GSEA富集分析


示例图 基因功能富集分析(GO和PATHWAY)


示例图 非编码RNA的功能富集分析(pathway)


示例图 WGCNA权重共表达分析



示例图 基因在疾病中的生存预后分析(KM曲线)


示例图 时间(浓度)递增序列数据分析


示例图 网络药理学分析


关于我们

宋伟博士服务团队

成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发,每年为科研院所的几百个生信分析项目提供高级分析服务。


研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。



生信高级分析服务评估咨询:医药加范老师, 15301721511 (手机,微信号)


5月份医药加课程安排


5.11-12广州南洋长胜酒店第9期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
5.11-12广州南洋长胜酒店TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班
5.11-12广州南洋长胜酒店2019全国科研作图高级学习班
5.11-12广州南洋长胜酒店第6期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题学习班
5.18-19上海中兴和泰酒店第12期实用医学统计与GraphPad作图学习班 
5.31-6.2上海中兴和泰酒店第42期循证医学与meta分析(含网状meta分析)三天精讲学习班
5.25-27上海中兴和泰酒店第13期基因编辑技术学习班
5.25-26上海中兴和泰酒店蛋白质组学实验设计与数据分析学习班
5.25-26上海中兴和泰酒店全国非编码RNA数据分析与设计学习班


5.25-26上海中兴和泰酒店第4期全国临床预测模型构建与基于R语言统计分析学习班
6.1-2上海中兴和泰酒店非编码RNA如何学才能避免走很多弯路? 这里有答案!

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