【直播】【智能计算系列学术报告】从序列到互作--铁载体视角下的微生物群落动力学

直播信息

报告题目

从序列到互作——铁载体视角下的微生物群落动力学

报告人（单位）

李志远 研究员  北京大学前沿交叉学科研究院

报告时间

2022年5月13日（周五）15:30

主办方

之江实验室

国家技术标准创新基地（智能计算）

浙江省智能技术标准创新促进会

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报告人介绍

李志远，北京大学前沿交叉学科研究院研究员。2009年于北京大学获得物理学士学位，2014年于加州大学旧金山分校获得生物物理博士学位。2015年-2019年在普林斯顿大学开展博士后研究。2019年至今在北京大学定量生物学中心任研究员。课题组研究以“生物系统中的自组织规律”为核心，以数据挖掘和网络动力学等计算方法为手段，着重关注于如下几个领域：1. 微生物从演化到群落互作中的定量科学；2. 多细胞体系中模式生成的数学规律；3. 生物大数据挖掘的方法建设；4. 传染病动力学和对非药物干预的建模。目前已在Science，Nature Microbiology，Nature communications，Cell，PNAS等期刊发表文章十余篇。

报告摘要

微生物以分泌次级代谢产物的方式主动塑造微环境。自然界中的游离铁极度匮乏，而微生物需要铁进行代谢和繁殖。大部分微生物以合成并分泌强力螯合铁的次代产物铁载体（siderophore）的方式富集环境中的铁，并通过相对应的受体将结合了铁的铁载体吸收。铁作用是微生物互作中的瓶颈点,并对菌群之间的互作和群落结构起关键作用。课题组专注于“微环境-微生物”的反馈回路，以数据挖掘和动力学模型为手段，力图在几个典型的微生物体系中建立从演化到细胞策略到群落生态动力学的定量图像。通过数据挖掘和共进化分析，我们重建了假单胞菌中的铁相互作用网络。对此系统的动力学模型进行分析，我们发现了和传统理论生态学迥异的新稳定性判据，并揭示了此体系中“合作者”与“欺骗者”稳定和动态共存的底层规律。

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编辑：王媛媛

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