[会员专享]nature microbiology图表复现之热图终结版
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❝本节来复现「nature microbiology」上的一张经典图表，图均基于「ggplot2」及其扩展包绘制，不借助任何外部工具，在小编看来整张图特色细节处约计「6」处，可以说包罗万象，下面来进行具体介绍，
❞已加VIP群的可在群内直接获取无需付费「Reduction of microbial diversity in grassland soil is driven by long-term climate warming」
论文原图
复现图
除过颜色与原图有差别，还有X轴阴影实在不知道怎么操作外可以说是基本复现了，细节那的确是多，下面来对小编的复现图做一番简单说明
图形解读
❝初看此图感觉无非就是简单的相关性热图，但是抛除AI等外部工具外那需要注意的细节是相当多
❞
细节1 Y轴文本颜色
细节2 Y轴标签背景
细节3 Y轴文本阴影
细节4 X轴文本颜色
细节5 分面间距 细节6 Y轴标签颜色
❝看似只有简单几点但是实现起来那是相当繁琐，看到Y轴标签文本风格首先应想到分面操作，但是分面背景及字体颜色均需要调整，这里就可以使用「ggh4x」来实现，那么如何给Y轴文本在分面的基础上添加背景「annotation_custom2」函数呼之欲出，「最难的也是最容易被人忽视的当属在分面基础上修改Y轴文本颜色」这个的确值得深思，当然解决之道均在本文中；下面来看具体代码
❞
加载R包
library(tidyverse)
library(magrittr)
library(ggh4x)
library(grid)
数据清洗
df <- read_tsv("R.xls") %>% pivot_longer(-ID) %>%
left_join(.,read_tsv("p.xls") %>% pivot_longer(-ID),by=c("ID","name")) %>%
set_colnames(c("ID","name","Rvalue","Pvalue")) %>%
mutate(p_signif=symnum(Pvalue,corr = FALSE, na = FALSE,
cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
symbols = c("***", "**", "*", ".", " ")))
构建分组文件
group <- df %>% select(1) %>% distinct() %>% as.data.frame() %>%
rownames_to_column("raw") %>%
mutate(raw=as.numeric(raw),group=case_when(raw >3 & raw <= 17 ~ "Baclerial phyla",
raw <=3 ~ " ",
raw >17 & raw<=20 ~"Fungal\nphyla",
raw >20 & raw<=23 ~"Fungal\nguilds",
raw > 23 & raw <= 28 ~"Protistan\nlineages",
raw > 28 ~ "Protistan\ntrophic\ngroups")) %>%
select(-raw)
数据整合
df2 <- df %>% left_join(.,group,by="ID") %>%
mutate(across("ID",str_replace,"total","richness"),
across("name",str_replace,"Total.biomass","Microbial"),
across("name",str_replace,".biomass",""),
across("name",str_replace,"F.B.ratio","F:B ratio"))
定义因子
df2$ID <- factor(df2$ID,levels = df2$ID %>% as.data.frame() %>% distinct() %>% pull() %>% rev())
df2$group <- factor(df2$group,levels=df2$group %>% as.data.frame() %>% distinct() %>% pull())
df2$name <- factor(df2$name,levels=df2$name %>% as.data.frame() %>% distinct() %>% pull())
annotation_custom2函数用于注释
annotation_custom2 <- function (grob, xmin = -Inf, xmax = Inf, ymin = -Inf, ymax = Inf, data)
{
layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity,
geom = ggplot2:::GeomCustomAnn,
inherit.aes = TRUE, params = list(grob = grob,
xmin = xmin, xmax = xmax,
ymin = ymin, ymax = ymax))
}
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群内资源
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❞
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