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扩增子测序是一种二代靶向测序技术,它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列。它简单、快速、应用广泛。扩增子测序可以有效地识别微生物高可变区并有效获取微生物物种的信息。
扩增子测序包括16S rDNA, 18S rDNA以及ITS的测序。16S rDNA是细菌分类学研究中最常用分类的marker基因信息,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。
1. 用R语言进行菌群α多样性分析
2. 用R语言进行菌群β多样性分析
3. 用R语言进行微生物、环境因子相关性分析
4. 论文图片的编辑和排版
5. 16S分析结果文件夹及结题报告的解读
6. 用LEfSe寻找在组间有差异的特征微生物
7. R语言Venn图分析组间特有和共有的物种
8. QIIME2+Galaxy PICRUSt进行16S功能预测
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