点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟葡萄不加冰，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读土壤有机碳(SOC)是全球生态系统中重要的碳库，受到包括施肥在内的各种农业措施的影响。过量施氮是茶园系统中一项重要的田间管理措施。然而，施氮对土壤有机碳的影响机制，特别是微观机制尚不清楚。本研究利用宏基因组学方法，在不同施氮量的茶园中探讨了施氮对碳循环基因、SOC降解酶以及表达这些酶的微生物的影响。结果表明，施氮显著改变了C循环基因和SOC降解酶的丰度，尤其是与不稳定碳和难降解碳降解相关的基因。此外，在不同施氮量下，表达β-葡萄糖苷酶和几丁质酶的微生物群落存在显著差异。在门水平上，参与C降解的微生物类群高度相似且丰富，而在属水平上，只有特定类群表现出不稳定碳和难降解碳降解；这些SOC降解微生物在施氮条件下显著富集。冗余分析(RDA)表明，土壤和凋落物性质对SOC降解群落有显著影响，土壤pH和DOC、凋落物生物量和总多酚(TP)影响显著。随机森林(RF)算法显示，土壤pH值和优势类群能有效预测β-葡萄糖苷酶的丰度，而土壤pH值和DOC、修剪凋落物TP和高丰度微生物类群能有效预测几丁质酶的丰度。本研究表明，长期施氮对SOC降解酶以及表达这些酶的微生物产生了显著的积极影响，从而对多年生茶园生态系统中的土壤碳储存产生潜在影响。图文摘要论文ID原名：Metagenomics

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟LKJ，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读六溴环十二烷(HBCDs)是2013年《斯德哥尔摩公约》列出的全球普遍存在的持久性有机污染物(POPs)。从水体到植物，甚至在人体等多种环境介质中都能发现它们的存在。高度的生物累积特性使HBCDs构成了紧迫的公共卫生问题。本研究证明了台湾农业土壤中的原生微生物群落可以在没有额外碳源激励的情况下分解HBCDs。降解动力学在第一次处理后达到0.173/天，第二次处理后达到0.104/天。在增加碳源后，速率常数降至0.054–0.097/天。羟基脱溴代谢物和环裂解长链烷烃代谢物被鉴定为支持土壤微生物群落利用的潜在代谢途径。通过纳米孔测序建立的宏基因组显示，HBCD处理后土壤微生物群落的组成发生了显著变化。通过排序、比较相对丰度和进行网络分析，鉴定得到包括Herbaspirillum、Herbaspirillum、Brevundimonas、Azospirillum、Caulobacter和Microvirga在内的新型细菌类群，可以通过卤代/芳香化合物降解、谷胱甘肽-S-转移酶和水解酶活性帮助HBCD生物转化。本研究将宏基因组学研究、降解动力学和代谢组学策略相结合，提出了一种实用的方法，使我们能够破译HBCDs的自然衰减和修复机制。图文摘要论文ID原名：A

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟前路漫漫，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读蚯蚓转化是一种生态友好的生物过程，可将牲畜粪便转化为良性营养丰富的有机肥料。然而，关于蚯蚓转化的牲畜粪便对蚯蚓肠道微生物群中抗生素抗性基因组的影响知之甚少。本研究进行了实验室规模的蚯蚓堆肥，通过宏基因组分析全面评估了蚯蚓以牛粪(CM)为食时肠道中抗生素抗性基因(ARGs)的变化。同时评估了铜(Cu)作为食品添加剂的作用。CM显著增加了前肠和中肠中的抗生素抗性基因组，而减少了后肠中的抗生素抗性基因组。在金属抗性基因(MRGs)中也观察到了类似的趋势。值得注意的是，CM中的Cu对蚯蚓肠道中ARGs和MRGs的组成影响不大。CM改变的蚯蚓肠道微生物组是ARGs和MRGs转变的主要原因。在蚯蚓粪便中，Cu

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟小木，编辑：微科盟小编、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读背景和目的：肠道菌群是人体肠道微生物群的重要组成部分，但其在结直肠癌(CRC)中的作用仍不明确。我们进行了一项荟萃分析，以揭示真菌菌群对CRC的贡献。方法：本研究从之前发表的7篇文章中检索了粪便宏基因组数据集，并建立了一个额外的内部队列，共计1329个宏基因组(454个CRC、350个腺瘤和525个健康受试者)。分析了真菌菌群组成和微生物相互作用。候选CRC富集真菌物种(Aspergillus

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列。它简单、快速、应用广泛。扩增子测序可以有效地识别微生物高可变区并有效获取微生物物种的信息。扩增子测序包括16S

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点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟小木，编辑：微科盟小编、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读肠道微生物群的组成与免疫检查点抑制剂(ICI)治疗的临床反应有关，但对于与ICIs临床获益相关的特定微生物组特征还缺乏认知。我们对ICI治疗前从招募的晚期皮肤黑色素瘤患者(n=165)的五个观察性队列中收集的粪便样本进行鸟枪法宏基因组测序。将该数据集与先前发表的147个宏基因组样本进行整合，我们发现肠道微生物组与对ICIs的反应具有队列依赖性相关性。机器学习分析证实了微生物组与ICIs的总缓解率(ORRs)和无进展生存期(PFS)之间的联系，但也揭示了基于微生物组的特征在不同队列中的重复性有限。因此，鉴定出一组与反应者相关的物种，包括Bifidobacterium

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟小木，编辑：微科盟茗溪、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读背景：肠道微生物与不同类型癌症的免疫治疗反应有关。然而，肠道微生物对肝胆肿瘤免疫治疗的影响仍不清楚。本研究旨在探讨晚期肝胆肿瘤患者肠道微生物与抗PD-1免疫治疗临床反应的关系。方法：从一线化疗进展到不能切除的肝细胞癌或晚期胆道癌患者被纳入研究。在抗PD-1治疗前和治疗期间收集粪便样本，并通过宏基因组测序进行分析。鉴别出显著差异富集类群和预后相关类群。进一步利用KEGG数据库和MetaCyc数据库对差异富集类群进行注释，探讨肠道微生物群影响肿瘤免疫治疗的潜在机制。结果：本研究共纳入65例接受抗PD-1治疗的晚期肝胆肿瘤患者。74个分类群在临床获益组(CBR)显著富集，40个分类群在非临床获益组(NCB)显著富集。在这些分类群中，Lachnospiraceae

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech今天微生态公众号将和大家回顾一下近两年来医学微生态文章，本期囊括了2020年至今母婴相关微生物最值得看的60篇高影响因子文章，涉及多个研究领域，有助于了解最新科研动态。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这60篇文章对应的pdf文档，感兴趣的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法关注《微生态》公众号，在公众号回复1108，即可获得文章信息Excel表格；分享此微文到朋友圈或一个人数≥30人的生物医学科研微信或QQ群（朋友圈请不要设置分组可见；微科盟的微信群不包含在内），30

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech今天微生态公众号将和大家回顾一下近两年来元素循环微生态文章，本期囊括了2020年至今植物-土壤碳氮磷微生物最值得看的60篇高影响因子文章，涉及多个研究领域，有助于了解最新科研动态。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这60篇文章对应的pdf文档，感兴趣的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法关注《微生态》公众号，在公众号回复1104，即可获得文章信息Excel表格；分享此微文到朋友圈或一个人数≥30人的生物医学科研微信或QQ群（朋友圈请不要设置分组可见；微科盟的微信群不包含在内），30

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech今天微生态公众号将和大家回顾一下近两年来国内外肠道微生态文章，本期囊括了2020年至今肠道菌群与消化道疾病最值得看的100篇高影响因子文章，包括了NATURE/CELL/NATURE子刊/CELL子刊，涉及多个研究方向，有助于了解最新科研动态。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这100篇文章对应的pdf文档，感兴趣的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法关注《微生态》公众号，在公众号回复消化道，即可获得文章信息Excel表格；分享此微文到朋友圈或一个人数≥30人的生物医学科研微信或QQ群（朋友圈请不要设置分组可见；微科盟的微信群不包含在内），30

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech今天微生态公众号将和大家回顾一下近两年来根际微生态文章，本期囊括了2020年至今植物根际微生物最值得看的60篇高影响因子文章，包括了SCIENCE/NATURE/NATURE子刊/CELL子刊，涉及多个研究领域，有助于了解最新科研动态。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这60篇文章对应的pdf文档，感兴趣的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法关注《微生态》公众号，在公众号回复根际，即可获得文章信息Excel表格；分享此微文到朋友圈或一个人数≥30人的生物医学科研微信或QQ群（朋友圈请不要设置分组可见；微科盟的微信群不包含在内），30

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech今天微生态公众号将和大家回顾一下近两年来土壤微生物类文章，本期囊括了2020年至今土壤微生物最值得看的150篇高影响因子文章，涉及多个研究领域，有助于了解最新科研动态。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这150篇文章对应的pdf文档，感兴趣的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法关注《微生态》公众号，在公众号回复土壤，即可获得文章信息Excel表格；分享此微文到朋友圈或一个人数≥30人的生物医学科研微信或QQ群（朋友圈请不要设置分组可见；微科盟的微信群不包含在内），30

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟Moon，编辑：微科盟汤貝、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读硫酸钠胁迫可提高土壤中镉（Cd）的迁移率，微生物的硫氧化能力和镉抗性，而耐胁迫相关代谢物的积累与土壤镉的有效性和毒性增加有关。本研究用硫酸钠刺激受镉污染的好氧土壤微环境，来研究镉污染对土壤微生物群落结构、功能基因和相关代谢物谱的影响。宏基因组分析表明，硫氧化细菌和抗镉细菌携带分别编码sox、dsr、sqr基因和znt、czc、cad基因的基因簇。硫酸钠增加土壤代谢重编程：硫代谢的增强引发了三羧酸（TCA）循环的上调，促进了土壤细菌羧酸及其前体物质的分泌。高硫酸钠剂量诱导的有机酸积累可能导致Cd迁移率的增加。Pseudomonas和Erythrobacter

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：www.bioincloud.tech/pipeline-meta今天微生态公众号将和大家回顾一下过去发布的农林牧渔微生物类文章，本期囊括了2020年10月到2021年6月微生态公众号所发布的农林牧渔微生物最值得看的38篇文章（截至2021.6.30），顺序按照影响因子由高到低排列。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这38篇文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路今天微生态公众号将和大家回顾一下过去发布的口腔微生物类文章，本期囊括了2020年10月到2021年7月微生态公众号所发布的口腔微生物最值得看的12篇文章，顺序按照影响因子由高到低排列。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这12篇文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路今天微生态公众号将和大家回顾一下过去发布的土壤微生物类研究文章，本期囊括了2020年10月到2021年6月微生态公众号所发布的土壤微生物最值得看的46篇文章（截至2021.6.30），顺序按照影响因子由高到低排列。为了方便各位小伙伴们研读，我们整理了这46篇文章对应的pdf文档，有需要的小伙伴可以免费领取文献包。具体领取方式请参见文末。免费领取方法

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：微科盟蓝胖儿，编辑：微科盟木木夕、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载。导读在世界范围内对蓝藻水华的报道越来越多，这对水处理厂提出了挑战，并涉及到对人类健康和水生生态系统的风险。高级氧化处理包括高效和安全的水处理方法。过氧化氢（H2O2）具有更高的敏感性，在低浓度下对环境没有重大风险，因此H2O2被认为是缓解蓝藻水华形成的可持续解决方案。在此，我们评估了在一个半干旱地区的水库中，该水库呈现浮游生物为主的蓝藻水华，在其中单次添加了H2O2（10

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：微科盟如风，编辑：微科盟木木夕、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载。导读肠道是一个稠密的生态系统，其中的肠道菌群是在出生时建立的。然而，不同的细菌被纳入肠道菌群的演替过程仍然是相对未知的。在本文中，我们使用16S

robustus培养上清液中就检测到72种可能的天然产物。所有四株厌氧真菌均产生的一种化合物被推测为一种与聚酮合成相关的苯乙烯吡喃酮baumin。分子网络模型量化了这些真菌产生的天然产物的串联质谱

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：微科盟Sunshine，编辑：微科盟木木夕、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载。导读人类阴道环境中有一群细菌，它们在维持阴道健康和保护环境免受各种泌尿生殖系统感染方面起着重要作用。这种细菌群体，也称为阴道微生物群，已被证明是由乳杆菌属成员所控制。几项采用16S

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路岗位信息1多组学顾问（技术型营销管理岗）录用人数：20名提成算法：微生太销售没有按回款任务完成度算KPI，回款多少钱，就拿对应回款100%的提成，不会因为没有完成任务而拿不到提成；即使是预付款项目，只要到款，也是拿对应回款100%的提成，而不会因为项目实际上还未执行而扣下一部分提成。岗位要求：A、分微生态顾问、代谢组顾问、转录组顾问、基因组顾问、蛋白组顾问5种细分岗位，熟悉以上5种组学之一，硕士或以上学历（生物类、医药类、农林类等相关专业）；B、有丰富的组学（例如微生物组、转录组、基因组、代谢组、蛋白质组）科研项目或组学营销管理岗工作经验者优先；C、发表过SCI相关论文者优先考虑。岗位职责：A、依托微生太旗下学术公众号的流量，指导某一方向（如微生态、代谢组）技术型营销团队（20-30名队员）开展多组学科研服务（如宏基因组测序分析）的线上精准营销；B、依托《微生太中国PI数据库》，指导某一方向（如微生态、代谢组）技术型营销团队（20-30名队员）开展多组学科研服务（如宏基因组测序分析）的线下精准营销；C、协助团队中多组学老师洽谈科研服务合作；D、负责联合对应学科（如微生态学）的科学家发起重大科研项目；注：（1）微生太公司旗下学术公众号共有18万+的科研粉丝以及13万+的科研微信好友；（2）《微生太中国PI数据库》，可以极大地提高营销的精准度和效率，帮助寻找靶标客户，完成订单，具体信息宣讲会透露。薪酬待遇：北京多组学顾问工资方案：第1月:基本工资20000元*80%+0%团队回款提成；第2月:基本工资18500元*80%+0.1%团队回款提成；第3月:基本工资17000元*80%+0.15%团队回款提成；第4月:基本工资15500元+0.2%团队回款提成；第5月:基本工资14000元+0.25%团队回款提成；第6月:基本工资12500元+0.3%团队回款提成；第7月:基本工资11000元+0.4%团队回款提成；第8月:基本工资9500元+0.5%团队回款提成；第9月:基本工资8000元+0.6%团队回款提成；第10月:基本工资6500元+0.7%团队回款提成；第11月及以后:基本工资5000元+0.8%团队回款提成；其他城市工资=北京工资*对应的城市工资系数；另外，业绩突出者可以获得公司的B类股，拥有分红权和投票权，与微生太团队一起创业。职业培训：A、入职3周为封闭式专业知识和综合能力培训；B、入职后几乎每周都有集中学习，主要学习捕获科研订单的专业知识和管理能力；C、可以自愿选择参加“微生太自学博士计划”，而且还可以有经济奖励和微学分，学分越多，越有利于职位的晋升。工作地点：北京、南京、广州、上海、深圳、西安、武汉均可；工作时间：全职工作，周一到周五为工作日，每个工作日8个小时；福利：提供所在城市的五险一金，免费体检，带薪休假，团建活动，股权激励，配备工作电脑，手机，手机卡。推荐奖励推荐成功者奖励2000元京东购物卡或6000元科研服务代金券，被推荐人被微生太公司录用而且通过试用期，即视为推荐成功。推荐人负责把被推荐人的简历发给人才官杨老师（微信：18018730665）或者被推荐人在投简历时说明推荐人姓名。2000元直接给京东购物卡或劳务费；6000元科研服务代金券可以用于抵扣在微生太公司购买宏基因组测序分析等科研服务的项目款。

DNA，dDNA，而不是也包含来自自由病毒颗粒的DNA的eDNA）的两种方法，即离心和过滤。第一次表征了结晶dDNA片段，并在相同位点比较了细胞和病毒宏基因组。由于细胞溶解作用，高速离心影响CR30

derersum）），在其生存环境中设置相似浓度的全氟烷酸类化合物（PFAAs），探究了人工湿地中PFAAs去除工艺的关键机制，强调了沉水植物和微生物群落在去除环境中PFAAs的巨大作用。

95％CI，1.13-7.01）；如果具有这种轨迹的婴儿出生在亚裔母亲家庭，则发现花生过敏的可能性更高（校正后OR值，7.87；95％CI，2.75-22.55）。其特征是鞘脂代谢不足和艰难梭菌C.

MTS01可显著改善CS诱导的慢性阻塞性肺病综合征，其特点是减轻炎症，改善肠道细胞核糖体生物合成活性和线粒体功能，系统地恢复血清中异常氨基酸代谢，减少肺组织炎症。来源于Parabacteroides

decomposition（FOND）的模型来模拟微生物残体碳库，并用13C标记的微生物残体降解实验数据验证模型的有效性和准确性。该研究对于更好地模拟与预测土壤碳循环和气候变化具有重要意义。

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路岗位信息1多组学顾问（技术型营销管理岗）录用人数：20名提成算法：微生太销售没有按回款任务完成度算KPI，回款多少钱，就拿对应回款100%的提成，不会因为没有完成任务而拿不到提成；即使是预付款项目，只要到款，也是拿对应回款100%的提成，而不会因为项目实际上还未执行而扣下一部分提成。岗位要求：A、分微生态顾问、代谢组顾问、转录组顾问、基因组顾问、蛋白组顾问5种细分岗位，熟悉以上5种组学之一，硕士或以上学历（生物类、医药类、农林类等相关专业）；B、有丰富的组学（例如微生物组、转录组、基因组、代谢组、蛋白质组）科研项目或组学营销管理岗工作经验者优先；C、发表过SCI相关论文者优先考虑。岗位职责：A、依托微生太旗下学术公众号的流量，指导某一方向（如微生态、代谢组）技术型营销团队（20-30名队员）开展多组学科研服务（如宏基因组测序分析）的线上精准营销；B、依托《微生太中国PI数据库》，指导某一方向（如微生态、代谢组）技术型营销团队（20-30名队员）开展多组学科研服务（如宏基因组测序分析）的线下精准营销；C、协助团队中多组学老师洽谈科研服务合作；D、负责联合对应学科（如微生态学）的科学家发起重大科研项目；注：（1）微生太公司旗下学术公众号共有18万+的科研粉丝以及13万+的科研微信好友；（2）《微生太中国PI数据库》，可以极大地提高营销的精准度和效率，帮助寻找靶标客户，完成订单，具体信息宣讲会透露。薪酬待遇：北京多组学顾问工资方案：第1月:基本工资20000元*80%+0%团队回款提成；第2月:基本工资18500元*80%+0.1%团队回款提成；第3月:基本工资17000元*80%+0.15%团队回款提成；第4月:基本工资15500元+0.2%团队回款提成；第5月:基本工资14000元+0.25%团队回款提成；第6月:基本工资12500元+0.3%团队回款提成；第7月:基本工资11000元+0.4%团队回款提成；第8月:基本工资9500元+0.5%团队回款提成；第9月:基本工资8000元+0.6%团队回款提成；第10月:基本工资6500元+0.7%团队回款提成；第11月及以后:基本工资5000元+0.8%团队回款提成；其他城市工资=北京工资*对应的城市工资系数；另外，业绩突出者可以获得公司的B类股，拥有分红权和投票权，与微生太团队一起创业。职业培训：A、入职3周为封闭式专业知识和综合能力培训；B、入职后几乎每周都有集中学习，主要学习捕获科研订单的专业知识和管理能力；C、可以自愿选择参加“微生太自学博士计划”，而且还可以有经济奖励和微学分，学分越多，越有利于职位的晋升。工作地点：北京、南京、广州、上海、深圳、西安、武汉均可；工作时间：全职工作，周一到周五为工作日，每个工作日8个小时；福利：提供所在城市的五险一金，免费体检，带薪休假，团建活动，股权激励，配备工作电脑，手机，手机卡。推荐奖励推荐成功者奖励2000元京东购物卡或6000元科研服务代金券，被推荐人被微生太公司录用而且通过试用期，即视为推荐成功。推荐人负责把被推荐人的简历发给人才官杨老师（微信：18018730665）或者被推荐人在投简历时说明推荐人姓名。2000元直接给京东购物卡或劳务费；6000元科研服务代金券可以用于抵扣在微生太公司购买宏基因组测序分析等科研服务的项目款。

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iHSMGC)。iHSMGC包含10,930,638个基因，检测到4,879,024个新基因。基于iHSMGC对人类皮肤耐药基因组特性的研究证实，皮肤共生菌，如葡萄球菌（Staphylococcus

(微多样性)，并以一种微多样性-感知的方式对微生物种群进行比较，与现有方法相比，大大提高了基因组比较的准确性。inStrain可用于任何宏基因组数据集的微多样性分析和严格的菌株比较。

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：弈轩，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读目前，许多新发现的微生物都是通过非分离培养的技术（如宏基因组学）进行研究的。由于这些菌群尚未在实验室中分离和生长，因此大部分生物特性仍然是模糊且未知的。

模型用于描述介于经典消费者-资源模型和微生物新陈代谢生化模型之间的中等复杂程度的群落动态。考虑不同物种如何分配蛋白质组来调节养分吸收的群落动力学数学模型，可以为微生物群落的生态特性

disease》的文章，本文研究了一名GvHD病IV期的青少年患者每周服用四次FMT后肠道细菌群（细菌微生物群）、真菌群（真菌微生物群）和病毒群（病毒微生物群）的纵向动态变化。本文除了运用16S

pathways》的文章，该文章综述了肠道微生物群与锯齿状通路的潜在联系，并提出了肠道微生物参与结直肠癌发生的可能机制。肠道微生物群是除了组织学和分子特征外的一个重要环境因素，对其进行研究可

《环境微生物学培养基手册》工具书，（英文PDF）微生态科研学术群期待与您交流更多微生态科研问题（联系微生态老师即可申请入群）。了解更多菌群知识，请关注“微生态”。

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路今天是第二期大合集，微生态将和大家回顾一下2020年度人体/动物微生物类的微文，本期囊括了2020年一年中微生态公众号所发布的最值得阅读的人体/动物微生物类微文。癌症综述

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路糟糕的2020终于过去了，我们迎来了崭新的2021年。今天是新年的第一天，小编先祝大家2021年：新年快乐！科研顺利！今天是一期特别的合集，我们筛选了2020年度环境类最值得看的微文，本期囊括了2020年一年中微生态公众号所发布的最值得看的环境微生物类的土壤、根际、植物，碳氮循环、水环境、抗生素抗性、互作，方法理论，抗生素抗性等类别，顺序按照阅读量由高到低排列，点击题目即可链接到微文内容土壤科研

的代谢组学工具，对文库中174种化学成分最多样化的菌株进行排序。该研究为了创建96孔的代谢组学阵列，对每一株菌株进行发酵，并将色谱方法应用于产品。他们基于效力和结构特征对白色念珠菌Candida

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：小白同学，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读二代测序所得土壤微生物群落的基因信息为微生物生态学研究带来了新的机遇，但也给数据分析带来了挑战：数据集的高度稀疏，加上方法上的局限性，造成了有偏分析。方法学方面的研究试图通过数据转换来进行改进，但却通常忽略了进行分析所需的假设。数学和计算机技术的发展使得基于模型的分析方法更加可行，特别是潜变量模型（LVM）。作为无监督学习的基础，LVM允许以直接整合数据分布的方法对进化、时间序列和数据结构进行分析。尽管有这些优点，LVM却很少被应用于土壤微生物组的数据分析。本文回顾了处理二代测序数据的一些方法，提倡基于模型的分析方法，这里重点关注假设检查对于选择最佳分析方法的重要性。本文还提出了未来潜在的研究方向，主张将测序产生的原始数据集用来表示检测到的微生物而非其丰度，并采用层次模型，在分析群落之前将这些检测结果转换为丰度信息。总之，模型评估对于定量分析十分重要，并且可以在后续分析中进一步改进。目前对于环境因素如何调节土壤微生物群落和微生物如何影响生态环境的了解都还处于起步阶段，深入理解新的分析方法有利于充分地将其运用到高通量测序数据的解读中。论文ID原名：You

MayDOI号：10.1038/s41591-020-01146-z原文链接：http://dx.doi.org/10.1038/s41591-020-01146-z图片来源：摄自dorisj

Biosciences，正在寻求基于微生物的药物来阻止难辨梭菌感染的复发，并且都处于后期开发阶段。Rebiotix正在对其灌肠形式的商业化FMT进行关键的3期研究。Vedanta

以往的数据表明，特定选择的捐献者和高质量粪便与FMT研究的临床成功率有关。此外，使用多次FMT比单一FMT更能促进微生物植入和临床成功。然而，在本研究中，移植的间隔较长

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：独世，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读混合培养的生物技术过程的发展取决于对微生物生态系统如何响应干扰的理解。本文揭示了来自生物废水处理厂的含油微生物种群中广泛的表型可塑性和生态位互补性。本研究对为期14个月每周采的原位样品进行宏组学分析（宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学和代谢组学）。基于1,364

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：艾奥里亚，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读人体肠道微生物菌群作为一个复杂的生态系统，其中栖息着数千种微生物。人体的肠道菌群由宿主的基因型和环境因素（如饮食）共同驱动，这导致了不同个体之间的肠道菌群大不相同。本文讨论了肠道菌群的稳定性和恢复力两个基本的生态特征及其与人类健康之间的相关性。微生物多样性、代谢灵活性、功能冗余性、微生物-微生物的相互作用以及宿主-微生物的相互作用在维持恢复力方面表现出至关重要的作用。抗生素处理会导致肠道生态系统平衡受到扰动甚至被破坏，导致功能丰富度和微生物多样性显著下降，并影响正常的代谢活动。因此，这种扰动所导致的不稳定状态甚至不健康的稳定状态可能导致疾病的产生。目前有关对肠道菌群的调控，以防止或恢复由扰动引起的不健康状态的策略主要包括粪便微生物菌群移植、益生菌或不可消化的碳水化合物的添加，以及对摄入饮食的调整等。然而，越来越多的研究表明，由于微生物菌群在个体间所表现出的独特差异，人与人之间对饮食和扰动的响应在程度和方向上也存在个体间的差异。从临床的角度来看，能够在扰动前改善肠道微生物生态系统的弹性，或在扰动后恢复其平衡，将显著有益于人体健康。这可能使得我们需要对个体遗传学、饮食、肠道菌群和其他可能涉及的环境因素进行个性化的或基于分组的理解，以更有效的开展相关治疗。论文ID原名：Gut

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：gu做成熟，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读土壤微生物呼吸是预测未来气候和碳(C)循环反馈的重要不确定性来源。然而，它对气候变暖的反馈和潜在的微生物机制仍然知之甚少。结果表明，温带草原生态系统的土壤微生物呼吸(Q10)的温度敏感性在7年的变暖过程中持续下降了12.0±3.7%。微生物群落的变化在调节土壤呼吸热适应中起着重要作用。将微生物功能基因丰度数据纳入微生物激活的生态系统模型可显著提高土壤微生物呼吸的建模性能5-19%，并将模型参数的不确定性降低55-71%。此外，建模分析表明，微生物的热适应可以显著减少异养呼吸(11.6±7.5%)，从而减少土壤C的损失。如果这种微生物介导的抑制效应普遍发生在不同的空间和时间尺度上，土壤微生物呼吸对气候变暖的响应可能比先前预测的要小。论文ID原名：Gene-informed

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：李红霞，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读生命活动过程中生理或病理变化的细胞机制涉及新陈代谢。更准确的说是关于能力的代谢，特别是葡萄糖、脂肪酸和氨基酸；以及维持细胞稳态的分解代谢和合成代谢之间的平衡。生活方式和饮食习惯影响新陈代谢，营养不良人口的感染率上升和达到国家过度进食人群代谢综合征相关疾病的爆发可以说明这一点。2002年，

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：厚朴，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读微生物调节着土壤中的养分循环，因此认为它们控制着陆地生态系统对大气养分输入的响应。因此，理解增加的N和P的有效性首先怎样影响土壤原核生物和真菌群落组成，以及这种变化怎样影响土壤元素循环是重要的。在温带草地中开展的9年的N添加和P添加实验中，我们测定了土壤微生物群落和土壤养分循环过程。N添加影响微生物群落组成，原核生物群落对N添加的敏感程度弱于真菌群落。P添加边际影响微生物群落组成，表明在这个草地生态系统中，微生物对P的选择低于N。土壤pH和总的有机碳含量是与原核生物群落组成相关联的主要因子，然而可溶性有机碳和可溶性N的比值是真菌群落组成的主要驱动因子。植物生物量和植物群落结构仅仅解释了微生物群落组成的一小部分。尽管微生物群落组成随着养分添加变化，但是微生物生物量含量和呼吸速率不改变，表明微生物群落的功能冗余。微生物呼吸，净N矿化，非共生氮气固定受非生物因子的控制程度强于植物生物量，植物群落结构和微生物群落，表明在养分输入增加的情形下群落的转变不一定在养分循环中体现出来。本研究表明大气N沉降可能会影响真菌组成强于原核生物，并且养分直接影响元素循环速率，而不是通过改变的植物或者微生物群落组成的调节。论文ID原名：Effects

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：YQ，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读挥发性有机化合物（VOC）是植物间信号传递的重要物质，其释放可应对生物胁迫（昆虫和病原攻击）和非生物胁迫。C6脂肪酸、类异戊二烯、水杨酸甲酯（SA）均是虫害诱导的植物挥发物（HIPV），而病原感染诱导的植物挥发物（MIPV）包括大麦黄矮病毒诱导的烯己酸甲酯、紫丁香假单胞菌诱导的β-紫罗酮和α-金合欢烯、欧文氏菌诱导的己烯醛和丙二醇。此外，有益微生物（固氮根瘤菌）可通过改变VOC提高植株抗性，如蚕豆在丛枝菌根诱导下倍半萜烯释放量降低，研究表明植物根系微生物诱导植物激素产生从而促进植物生长，然而大多数研究仅集中于直接相互作用，触发挥发化合物释放及其在邻近植物间的传播研究较少。根系分泌物如糖、有机酸、次生代谢产物和黏液聚合物在重塑根系微生物群落中发挥重要作用。根系分泌物的组成随植物基因型、发育阶段、外界胁迫而变化。研究表明拟南芥中茉莉酸和水杨酸的分泌改变根系微生物群落组成。空间分离的两株植物可以通过挥发性有机物进行信号交流，本研究假设病原感染诱导的植物挥发物会影响相邻植物的根系微生物群落。为验证这一假设，利用宏基因组分析解淀粉芽孢杆菌（Bacillus

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路编译：小白同学，编辑：小菌菌、江舜尧。原创微文，欢迎转发转载。导读表层土壤通过甲烷氧化细菌氧化作用吸纳大气中的甲烷，而草原和森林的过度开垦利用可能会降低土壤对甲烷的吸纳能力。本研究考察了草地利用强度（150个站点）和森林管理方式（149个站点）对表层土壤潜在甲烷氧化速率（PMOR）和甲烷氧化细菌（MOB）丰度及多样性的影响。通过测定微宇宙实验环境中的甲烷氧化速率发现，森林土壤中的甲烷氧化量大约是草地土壤的两倍。高强度的土地利用对甲烷氧化速率存在消极影响（-40%），施肥是其中的主导因素（导致PMOR下降20%）。相比之下，森林管理方式对土壤PMOR没有影响。森林土壤中甲烷氧化细菌以USC-α为主，而USC-γ只存在于不到一半的森林土壤样品中，却存在于几乎所有草地土壤样品中。USC-α丰度与森林土壤的PMOR呈正相关，而草地土壤中USC-γ对PMOR的贡献大于USC-α。土壤容重对草地和森林土壤的PMOR均有负面影响。研究还发现，PMOR对pH、土壤质地、土壤持水量和有机碳氮含量的响应在温带森林土壤和草地土壤之间存在差异。pH对PMOR无直接影响，但可以通过改变甲烷氧化细菌丰度间接作用于甲烷氧化速率。结果表明，减少草地利用强度并进行植树造林能够增加土壤吸纳甲烷的能力，pH等各种环境条件也对森林和草地中土壤微生物的甲烷氧化能力有一定影响。论文ID原名：Divergent