RNAseq无生物学重复,教你用edgeR进行两样本间差异分析(附万能代码+输入文件,替换成自己的数据,一键出图):
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我们经常遇到客户送3比3测序样本,但是可能因为某种因素最后导致只有1比1能用,那这个时候,我们怎么差异分析呢?
今天,科研部就教大家:RNAseq无生物学重复,教你用edgeR进行两样本间差异分析,得到差异分析结果表:
首先,你电脑得有R和Rstudio软件,随后我们在桌面新建一个文件夹1,并将输入文件(FPKM.txt和单样本edgeR差异分析.R代码放在该文件夹下,FPKM就是测序后矫正之后的数据)
用Rstudio打开代码,一键运行:
直接出结果:
那有个这个代码和输入文件后,你只要将数据替换为你自己的数据就行,非常简单。输入文件和代码我已经上传百度云了,大家可以下载下来备用:
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近十年,国家在973,863等国家级课题中强调了生物信息学的重要性。各种生信数据库快速发展,如GEO\TCGA\UCSC\Ensemble\COSMIC\Oncomine\String数据库等,极大地推动了临床的发展。
现在,挖掘一下数据库,分析一下结果就是一篇SCI论文,简简单单。
但是,唯一的难处就是入门需要人带。没人带的时候,很多同学根本找不到门,更不要谈入门了。
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