寻求“自由”，获得在精神事务上的自主权
随着欧洲经济的增长和破坏性入侵频率的下降，公元1000年后不久，一个联系更加紧密的欧洲正在崛起。近期的皈依使冰岛和波希米亚融入欧洲的宗教和王朝体系，波兰和丹麦也是如此。人们从人口密度更高的西部向东部迁移，这意味着密集的农业生产方式得以推广，因此为了养活不断增长的人口，他们种植了更多粮食。许多活动都是由教会机构——尤其是修道院——带领的：它们是一种相对稳定的存在，由当地精英成员捐赠，也是这些阶层的家园。修道院有时是政治和经济力量的先锋：9世纪末，乌赫尔伯爵吉弗雷德再次移民加泰罗尼亚，与他合作的是耕种乌赫尔平原的修道院。
主教们通过以主教座位（cathedra）命名的大教堂（cathedral）领导周边的教区。大多数欧洲城市都有一个洗礼教堂，正是在那里，当地人成为了基督徒。城市一词来源于古罗马的“市民”（civitates），因此现在成为英文中的city，而最著名的城市是教会和世俗事务的行政中心。尽管有其他建在圣徒坟墓上的教堂和礼拜堂，但它们都隶属于该市的母教堂——洗礼教堂。
尽管有修道院的影响，有地主家庭的偶尔支持和圣徒的零星灵感，但直到12世纪，乡村地区的宗教牧养仍是零散的，在整个欧洲几乎没有统一。贵族家庭有自己的家庭神父，他们的成员能够建立修道院和女性修道院。地主能够在自己的地产上为受抚养者修建教堂；他们任命神父并装饰圣坛，以供所需。主教们为教会学校的神职人员提供培训中心，他们发挥了重要的作用。公元1000年以前，已婚男子仍然有可能成为神父，同时拥有家庭。
无论罗马与某些欧洲地区相距多远，它都是无与伦比的基督教中心。在教宗的仪式中，罗马帝国的象征意义仍然清晰可见：法衣、圣歌和头衔。教宗不仅抬高了当地罗马圣徒的地位——殉道者彼得和保罗、涅柔斯和阿喀琉斯——还助长了早期在君士坦丁堡蓬勃发展的圣母崇拜。公元800年，查理大帝来到罗马接受加冕。后来德意志国王们也来到这里寻求加冕。事实上，正是神圣罗马帝国皇帝亨利三世（1017—1056）鼓励将世界上的教会视为一个以教宗为首脑的等级官僚结构。教宗是罗马这座独一无二城市的主教，也是世上基督的代理人，他赋予主教职位和权威，而主教们也相应像优秀的牧人一样，监督教区以及其中的所有信徒。或者说，理想状态应当如此。
现在，从罗马产生的愿景是教会的等级制度和教规，以及摆脱世俗权力的自由，即教会自由（libertas ecclesiae）。在这个世纪初，法国北部的上帝和平运动表达了类似观点，该运动敦促教会利用其权威控制骑士暴力，保护弱势群体；米兰的帕塔里亚运动也表达了类似观点，他们对控制著名的米兰教堂的贵族教会统治提出抗议。克吕尼修会已经在更有限的意义上发展了自由的理念，它只对罗马负责，不向任何其他世俗权威负责。教宗格列高利七世（约1015—1085）领导了改革；在早期职业生涯中，希尔德布兰德曾是克吕尼修士，即使成为教宗，他仍然保持着原先的身份。
格列高利七世提出，教会自由这一强有力的概念根植于罗马的自由（libertas）观，这激发了新的神学、法律和外交活动。格列高利试图使帝国和皇室不再干涉教会的任命，从而允许教会官员自由行事，而不是伟大君王的代理人。花钱买教会职位的行为（买卖圣职罪）和提拔不能胜任的亲属担任教会职位（尼哥拉党人行为）的做法是根深蒂固的，由此教宗辩论派开始出现态度的重大转变，认为这是一种不可容忍的权力滥用。格列高利七世利用教宗使节——经授权能够在欧洲各地行动的使节——为教宗的案件进行辩论，并将其运用到当地的情况中。
这种抱负的转变必然演变为一场政治斗争，争夺任命主教、召集基督教法庭、立法和修正婚姻、界定战争和商业道德的权力，有时还涉及纠正统治者的权力。由此格列高利和当时的皇帝亨利四世（1050—1106）发生了冲突，并导致精神领袖使用终极武器：将皇帝逐出教会，逐出基督教生活的仪式。公元1077年在卡诺萨，一场戏剧性的较量迫使亨利四世进行一场有辱人格的忏悔仪式，寻求与教宗和解。在神圣亲属关系传统已经扎根的社会中，国王是有号召力的军事领袖，他们期望民众忠诚于己，而教会希望由神父引导基督教社会，如何才能实现这一雄心勃勃的新愿景？
12世纪时，统治者和主教之间发生了几次类似的冲突，主教们维护教会的“自由”，即在精神事务上的自主权。教宗和皇帝之间的斗争偶尔会导致在选择教宗时出现分歧。公元1159年，欧洲统治者被要求在两位教宗中选出一位，这两位都是由罗马的枢机们选举产生的：亚历山大三世与维克托四世。前者是一位极为活跃的立法者和领袖，得到了除皇帝腓特烈一世和帝国主教以外的所有人支持。这种失调会带来非常实际的结果，因为在这样一个分裂时期，谁将得到信徒缴纳的什一税？谁能任命主教？谁来裁决向罗马上诉的案件？
教宗的主张与王室司法管辖权相抵触，特别是在神职人员的法律地位方面。有时国王不仅会以原则对抗主教，还会采用一些奇怪的做法。比如，波兰最早的本地斯拉夫主教之一斯坦尼斯瓦夫（1030—1079）是一位受过教育且有能力的领袖，在他所服务的国王博莱斯瓦夫二世的命令下壮烈殉难，成为殉道者。争论的焦点不仅是一系列关于教会财产的对抗，还有主教惩罚国王道德的权利。正是因为将神父带上法庭的权利和教宗在英格兰的权威问题，英格兰国王亨利二世（1133—1189）与其前任大臣、顾问和朋友、后来的坎特伯雷大主教托马斯·贝克特（约1118—1170）之间产生了裂痕。贝克特在他的大教堂被人谋杀，公元1173年，教会迅速封他为殉道者，人们对此的反应热烈而广泛：托马斯是一位英国圣徒，但他的故事在英吉利海峡之外也很有意义。
最终，国王和高级教士形成了一种融洽关系，因为统治者依赖只有教士才能提供的仪式支持和培训，而教会机构则依赖只有国王能够保证的保护和特权。因此到了公元1200年，王朝统治者与教会法庭共同对民众进行管辖。大量的事务得到处理：遗嘱认证、亵渎和异端审判，以及对所有人生活至关重要的婚姻事务。
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