文献详解|免疫相关lncRNA哪里找？NC文章有思路，想知道怎么复现12分+的生信文章吗？

免疫系统的失调可能是癌症发展的主要原因，现如今免疫治疗也逐渐成为一种前景光明的癌症治疗方案。鉴于基因表达的紊乱已被证明与多数疾病有关，目前大多数研究都是集中在免疫相关编码基因上的，而lncRNA作为基因表达的调控元件，仅有少量研究表明免疫相关的lncRNA是和疾病相关的。为了辅助确定免疫治疗的靶点，加深对lncRNA的了解及探究其在免疫调节中的作用，则变得很有必要。

2020年2月21号发表在Nature Communications（影响因子12.121）上的Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifiespotential oncogenic biomarkers 这篇文献则系统的研究了免疫相关的lncRNA。

1.   在泛癌中鉴定免疫相关lncRNA

基于作者自创的ImmLnc算法，在TCGA的33种癌症类型中鉴定了免疫相关lncRNA。通过对每个免疫相关通路的lncRNA数据量分析，发现富集到细胞因子和细胞因子受体通路的lncRNA是最多的，而他们是癌症免疫治疗的靶点，我们可以推测鉴定出的免疫相关lncRNA是后续探究免疫治疗的潜力股。每个癌症约有2000多个lncRNA是和免疫相关的，占全部lncRNA的20%。

2.   免疫相关lncRNA在癌症中的表达分析

为了进一步探究免疫相关lncRNA的功能，筛选了准确度较高的lncRNA进一步进行分析，发现大多数免疫相关lncRNA都是上调的，且大多数免疫相关lncRNA是和细胞因子通路相关的。

作者为了验证Immlnc分析得到的结果，基于Immlnc算法，分析了其他数据集（ICGA/GEO）中的lncRNA–pathway 重复性，发现在lncRNA 通路上存在overlap。为了进一步验证Immlnc算法，作者探究了筛出的免疫相关lncRNA在癌症中的表达，发现免疫相关lncRNA的差异表达水平更高，尤其是在肺癌和肾癌这种适合免疫治疗的癌中。 

3.   免疫相关lncRNA与免疫细胞浸润的相关性

作者分别用两种方法，探究了免疫相关lncRNA与免疫细胞浸润的相关性。通过分析与免疫细胞浸润相关的lncRNA在全部鉴定出的免疫相关lncRNA中的比例，发现大多数lncRNA是和免疫细胞浸润水平是相关的，说明lncRNA在免疫调节中可能有重要作用。在大多数癌症中，免疫相关lncRNA也都是和免疫细胞浸润是相关的。

4.   基于ImmLnc，可以鉴定肿瘤相关lncRNA

作者基于lncRNA–pathway在癌症种类的出现频率，以及lncRNA在癌症中的差异表达，对鉴定的lncRNA进行了排序。发现已知的癌症相关lncRNA的排序靠前。而排序top10的免疫相关lncRNA中有已知的癌症相关基因，作者进而对这两个已知的癌症相关基因做了表达分析及富集分析。

5.   基于免疫相关lncRNA，区分肿瘤亚型

鉴于癌症亚型是做个体化治疗的关键，所以有必要看看鉴定出的lncRNA能否用于癌症亚型的区分。作者以肺癌为例，通过Immlnc算法鉴定了28个免疫相关lncRNA，进而把肺癌分成了3个亚型。随后作者对3个亚型的特征进行了分析。最终得出结论：C1患者具有较高的细胞增殖和分化率，且预后较差。

6.   不同亚型的免疫学特征

作者进一步在与免疫治疗相关的层面分析了这3个亚型。通过肿瘤突变负荷，同源重组缺陷(HRD)分数，免疫、CYT和MHC评分的累积分布，发现C2样本可能是最适合进行免疫治疗的。通过TCGA的化疗数据分析，恰好发现更高比例的C2患者对化疗有反应，且免疫治疗潜在靶点的基因在C2患者中的表达高于C1患者。

文章到这里就讲解完了，总的来说，作者基于自创的ImmLnc算法鉴定了免疫相关的基因，并探究了这些免疫相关基因在癌症中的表达情况及其与免疫细胞浸润的相关性，并基于免疫相关lncRNA，对肺癌进行了亚型区分，进而探究了不同亚型的肺癌在疾病特征和免疫治疗反应上的差异。

7. 总结

文章从癌症类型的筛选、通路的选择（免疫相关）、分子类型（LncRNA）的确定、LncRNA与mRNA相关性算法的开发、免疫浸润相关的分析、临床性状与基因与免疫浸润水平的相关性分析、lasso风险模型构建、免疫打分、表观遗传与免疫浸润间联合分析等等，瞬间让文章的逼格上升到了10+的水平。文章的分析思路已讲解完，看完文章的思路是不是有很多的想法：针对泛癌，除了文章中提到的免疫通路相关的LncRNA，那是不是换另一种分子类型（Mrna 、假基因、m6a相关基因等等）、换另一种通路类型？换另一种疾病特征（癌转移、复发等等）也可以复现？针对某种癌症，是不是有更多的切入点？头脑风暴大爆发，真想跟感兴趣的小伙伴一起分享分享，接受预约，名额有限。

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