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6月26日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例21例，其中境外输入病例4例（广东2例，上海1例，甘肃1例），本土病例17例（均在北京）；无新增死亡病例；新增疑似病例1例，为境外输入病例（在上海）。
当日新增治愈出院病例5例，解除医学观察的密切接触者791人，重症病例与前一日持平。
境外输入现有确诊病例85例（其中重症病例1例），现有疑似病例1例。累计确诊病例1899例，累计治愈出院病例1814例，无死亡病例。
截至6月26日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例405例（其中重症病例8例），累计治愈出院病例78444例，累计死亡病例4634例，累计报告确诊病例83483例，现有疑似病例8例。累计追踪到密切接触者761444人，尚在医学观察的密切接触者7876人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者12例（境外输入8例）；当日转为确诊病例1例（无境外输入）；当日解除医学观察2例（境外输入1例）；尚在医学观察无症状感染者106例（境外输入64例）。累计收到港澳台地区通报确诊病例1689例。其中，香港特别行政区1196例（出院1091例，死亡7例），澳门特别行政区46例（出院45例），台湾地区447例（出院435例，死亡7例）。
据北京市卫健委消息，6月26日0时至24时，北京新增报告本地确诊病例17例、无症状感染者4例，无新增疑似病例；无新增报告境外输入确诊病例、疑似病例、无症状感染者。6月11日0时至6月26日24时，累计报告本地确诊病例297例，在院297例。尚在观察的无症状感染者25例；无新增报告境外输入新冠肺炎确诊病例、疑似病例和无症状感染者。全市有14个区无本地报告新增确诊病例，具体为平谷区自有疫情以来无报告病例、延庆区155天、怀柔区141天、顺义区139天、密云区136天、石景山区12天、门头沟区11天、房山区11天、东城区10天、通州区6天、朝阳区5天、西城区4天、海淀区1天、昌平区1天。
中国疾控中心26日在官网公布的《2020年6月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展》提到，北京本次疫情流行的新冠病毒为L基因型欧洲家系分支Ⅰ，排除动物病毒外溢和武汉流行毒株导致的可能性。大规模人群检测结果提示，与新发地批发市场无关的人群感染率极低，北京疫情近期有望得到控制。
本次北京疫情的病毒来源是哪里？此次公布的文件提到，从1例53岁与1例25岁的男性病例和北京新发地批发市场环境采集的标本中获得的3株病毒基因分析显示，北京本次疫情流行的新冠病毒为L基因型欧洲家系分支Ⅰ，该毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”；可以排除由动物病毒外溢传染人，也排除今年4月前北京本地传播毒株或武汉流行毒株导致本次疫情。疫情在新发地批发市场的传染模式，推测主要为人与人之间直接接触传播和/或经物品表面污染的间接接触传播。对于疫情趋势，文件提到，自6月13日关闭新发地批发市场以来已过11天、接近新冠肺炎最长潜伏期，相关暴露人员发病风险越来越低、其密切接触者也在有效管理中，预计新发地批发市场相关传播的疫情已基本得到控制。虽然最近发现若干与新发地批发市场无关联、感染来源尚待进一步调查的病例，提示后续防控可能存在一定的复杂性；但北京开展大规模人群检测结果提示，与新发地批发市场无关的人群感染率极低；在北京已经加强监测和强力扩大社交距离的防控措施下，疫情进一步传播风险低。北京疫情近期有望得到控制。文件提到，北京对确诊病例的密切接触者、新发地批发市场暴露者、中高风险街道/乡镇的人员需要采取隔离和核酸检测。6月12～22日，对重点地区、重点人群累计采样达294.8万人，累计检测量达234.2万人，粗阳性率为1.2/万。