https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=215(请复制链接至浏览器打开,或点击左下方“阅读原文”跳转)https://www.bilibili.com/video/av841912358/VASP是目前最流行的第一性原理软件之一,但维也纳大学仅仅提供软件源代码,输入文件参数众多,一些输出文件需要进一步后处理才能可视化。目前用得比较多的软件有vaspkit、p4vasp、sumo、lev00、pwmat等等。基于此,历时近5年易文才老师开发出这一软件。qvasp是一款能够辅助快速使用VASP的软件工具集,通过相对独立的模块及易掌握的命令,能够使VASP用户迅速产生VASP的输入文件,以及迅速处理VASP的输出文件,便于进一步的图形可视化。qvasp采用Fortran和bash两种语言编写,具备外部工具易扩展、用户易上手使用的技术特点,能够在众多超算中心以及大规模材料计算发挥重要作用。了解它是如何工作的对您将来高效地使用比较重要,首先来看它的文件结构:
qvasp作为主程序会伴随着后面的关键字调用不同的功能的子程序,以产生或处理相应的文件。比如,使用qvasp-fix,则程序会首先调用$qvasp/exefile/POSCAR/fix-pos.x这个小程序来固定原子位置,之后会调用 $qvasp/exefile/Tools/defaultpre.sh来产生INCAR, KPOINTS, POTCAR以及提交任务用的vasp5.pbs脚本程序,之后再您仔细检查和修正各输入参数后,提交作业。这样做的好处是,可以把这个大工具分为无限多的模块小工具,非常利于程 序的模块化和随时加入新的工具。如果你觉得qvasp后面接的关键字太多太复杂,记不住,那么调出帮助文档是最好的选择。通常,调出帮助文档的方式为qvasp-help,而当你任意输入错误的指令,比如qvasp-wrong这个时候,qvasp默认为你现在需要帮助文档,即立即会打印出帮助文档供你参考。
下面将使用qvasp-help调出帮助文档来一览它的功能:
我们可以看到,它可以依照咱们的需求帮助咱们的需求产生INCAR文件,简 单处理得到POSCAR,产生K-mesh的KPOITS文件和方便地产生各种POTCAR文件,还有计算完成后处理数据的各种软件(读能量,处理能带DOS等),并且将来这些工具会进一步增加,学术宝宝们再也不用四处去找这些工具发愁了。
1. 在Linux系统中解压:tar -zxvf qvasp.tar.gz (需要在linux用命令解压,而不是在windows中解压好后再上传,这样你会失去文件的权限)用户使用手册 VASP快速使用辅助软件v2.22. 在$qvasp/exefile/POTCAR中分别补全VASP赝势文件(未得到VASP官方许可无法提供最新赝势包到软件里),vtstscripts(开源代码,已经放好), 修改 INCAR至适应自己的常用体系(DIY功能)。3. 选择合适的showstatus.sh,重命名为showstatus.sh(不同的计算平台需要选 择不同的showstatus.sh,例如PBS作业管理系统,则选择showstatus-pbs.sh覆盖掉showstatus.sh即可)。不清楚作业管理系统是什么样的,可以用类似 “bash showstatus-pbs.sh”的命令分别尝试执行这些showstatus脚本,看看哪个输出没有报错,即将那个改名成showstatus.sh即可。也可以自己参考showstatus-origin.sh手动修改脚本,达到适应自己服务器的需要。4. 手动添加环境变量 (注意改变路径,也可通过sh install.sh来自动产生)
这一则程序学术免费,但如果真的觉得对您的科研有所帮助,请在论文的计算部分引用,方法如下:The calculations were assisted by the qvasp code [1] [1] W. Yi, G. Tang, et al.qvasp: A Flexible Toolkit for VASP Users in Materials Simulations, Computer Physics Communications, 2020. 了解更多功能,请查阅该论文正文以及supporting informatio。对该程序有任何的改进建议,欢迎联系:yi.wencai@163.com
编辑:黄琦
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