itol.toolkit包是一个CRAN收录的开源R包。（https://cran.r-project.org/web/packages/itol.toolkit/index.html）主要用于系统发育树可视化在线平台iTOL的注释模版文件生成，自动化工作流为用户降低数据整理输入门槛，全面解锁iTOL的强大功能：1.

的插值点位置不同。当时，与插值点位置相同；当时，与插值点位置相同；当时，与插值点位置相同；当时，与插值点位置相同；当时，与插值点位置相同；当时，与插值点位置相同。实验结果如下：全部代码见

程序实现程序实现见https://github.com/weihuayi/fealpy/tree/master/example/NonLinearParabolic_example.py(6)

开发者：张瑞丰教授团队开发单位：北京航空航天大学邮箱：zrfcms@buaa.edu.cn代码下载：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=252https://github.com/zrfcms/EAPOTs作为EAPOT

开发者：张瑞丰教授研究团队开发单位：北京航空航天大学邮箱：zrfcms@buaa.edu.cn代码下载：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=251https://github.com/zrfcms/SPaMDSPaMD

1.【科学代码】VaspCZ：一个提高效率的VASP计算辅助程序2.【科学代码】计算全同玻色体系的格林函数、密度分布和相变等热力学和基态性质的C++代码3.【科学代码】REANN:

https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ/blob/master/docs/python3_install_tutorial.md.扩展阅读

开发者：熊羽诺（杭州）代码下载：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=245授权协议：GPL-3.0存在相互作用的多粒子全同玻色体系的热力学性质和基态性质的数值模拟是重要的前沿课题，比如液氦超流的微观机制和超固的第一性原理计算。超冷原子分子物理的兴起更是迫切需要这方面的精确数值计算。人们广为采用的传统方法是基于路径积分的蒙特卡洛方法，尤其是Boris等人开创的虫算法(Worm

软件包下载页面：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=168（请复制链接至浏览器打开，或点击左下方“阅读原文”跳转）EzReson是一款由扬州大学化学化工学院汪洋教授开发的基于波函数的化学共振分析软件[1]，可读入常规DFT计算的结果，得到所研究分子体系的各共振结构，并给出它们相应的权重比例、相对能量、投影大小等信息，从而能为诸多化学问题提供独到的诠释。该软件由Python3语言编写，为开源程序（遵循GPLV3协议），可在EzReson的Github页面免费获取：https://github.com/yangwangmadrid/EzReson。如果用户在论文、报告或网络媒体中使用到EzReson，请引用下列论文：1.

开发者：刘贵斌；褚淼；张泽英；余智明；姚裕贵开发单位：北京理工大学；北京化工大学代码下载：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=244https://github.com/goodluck1982/SpaceGroupIrepSpaceGroupIrep

软件包下载页面：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=183（请复制链接至浏览器打开，或点击左下方“阅读原文”跳转）开发者：何朝宇，师习之；开发单位：湘潭大学；编程语言：C++/C;

开发者：朱通，曾晋哲开发单位：纽约大学-华东师范大学计算化学联合研究中心代码下载：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=230https://github.com/tongzhugroup/reacnetgenerator文档：https://reacnetgenerator.njzjz.win授权协议：LGPL-3.0使用视频：https://www.koushare.com/video/videodetail/21234近年来，反应分子动力学

等开发单位：中国测绘科学研究院开源类型：开源版本：4.0邮箱：zhangchy@casm.ac.cnQQ:

开发人员：易文才开发者单位：曲阜师范大学联系方式：yi.wencai@163.com下载页面：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=215（请复制链接至浏览器打开，或点击左下方“阅读原文”跳转）视频学习：https://www.bilibili.com/video/av841912358/VASP是目前最流行的第一性原理软件之一，但维也纳大学仅仅提供软件源代码，输入文件参数众多，一些输出文件需要进一步后处理才能可视化。目前用得比较多的软件有vaspkit、p4vasp、sumo、lev00、pwmat等等。基于此，历时近5年易文才老师开发出这一软件。qvasp是一款能够辅助快速使用VASP的软件工具集，通过相对独立的模块及易掌握的命令，能够使VASP用户迅速产生VASP的输入文件，以及迅速处理VASP的输出文件，便于进一步的图形可视化。qvasp采用Fortran和bash两种语言编写，具备外部工具易扩展、用户易上手使用的技术特点，能够在众多超算中心以及大规模材料计算发挥重要作用。工作机理了解它是如何工作的对您将来高效地使用比较重要，首先来看它的文件结构：qvasp作为主程序会伴随着后面的关键字调用不同的功能的子程序，以产生或处理相应的文件。比如，使用qvasp-fix，则程序会首先调用$qvasp/exefile/POSCAR/fix-pos.x这个小程序来固定原子位置，之后会调用

University)、周炜恩(军科院国防科技创新研究院)、张永超(西北大学)、吴超(湖南科技大学)、陈伟(北京大学)、彭辉(吉林大学)、杨迪(西安交通大学)、曹慧慧(湘潭大学)、

Irvsp是中国科学院物理研究所北京凝聚态物理国家研究中心的王志俊课题组开发的一个开源程序包。它通过处理VASP的波函数来计算空间群下能带波函数的不可约表示。该代码用波函数的平面波展开系数

开发者：张耀龙，蒋彬开发单位：中国科学技术大学化学物理系邮箱：bjiangch@ustc.edu.cn代码仓库：https://code.koushare.com/#/code/codeDetail?codeId=225https://github.com/zhangylch/REANN简介递归嵌入原子神经网络（REANN）是用Python和C++语言实现的针对分子或者周期性体系的势能、偶极矩以及极化率的通用深度学习开源软件。REANN利用原子轨道的线性组合构建电荷密度作为原子环境基础描述符，递归地引入环境依赖的可学习的轨道系数包含高阶相互作用，高效准确且对称性匹配的表达各种物理化学性质。整个软件是基于Facebook公司开发的Torch