国民党主席明年进行改选，马办执行长萧旭岑日前接受专访时称，若卢秀燕有意角逐2028，依国民党的惯例，他会建议卢选党主席，此言在党内掀起波澜，引发外界对前主席马英九挺卢的揣测。朱立伦表示，党主席的任期是到明年10月，还有一年多的时间，这个时候来讨论这个问题，一方面会干扰整个党的运作、党内的团结，最重要的还会影响到包括卢秀燕、侯友宜，或国民党重要的领导人目前的工作。对此，萧旭岑强调，“并非挺哪一个人选党主席，而是认为任何要选领导人的人都要选党主席，因党的声誉、形象，和候选人无法分开，如果卢秀燕想角逐2028，她也应该选主席，也才能避免重蹈2020、2024的模式。”萧旭岑澄清，马英九并未私下就此议题跟他讨论，但马英九在2016年就主张选务与党务合一，这个想法到现在仍然没有改变，萧说，“不只是卢秀燕，若党内其他人士有意参选2028，他也是相同的标准，都赞成这些人出来竞选党主席。”马办执行长萧旭岑表示，卢秀燕有志在2028，应该力拼党魁。（台湾媒体）
虽然萧旭岑对外说明不是刻意挺谁，表示马英九对党魁人选没有特定立场，但近来在诸多议题上，马阵营与国民党中央之间也确实存在不同看法。
今年1月，马英九在选前接受外媒专访，强调两岸应该相互信任，被民进党大做文章，马之后并未现身侯友宜选前夜造势。马办执行长萧旭岑选后在专访中指出，事实证明不邀请马英九出席最后造势的晚会，是错误的决策，不仅伤害马英九，更伤害国民党候选人侯友宜。 萧旭岑提到，不邀马英九上台等于切割前任，也切割自己的信念，因为马英九没有讲错话，他讲的是两岸要有互信才能互动，这不是国民党的政策吗？你切割自己的信念，要支持者怎么出来投你票呢？马英九当然非常遗憾、也会难过。马英九在四月二度登陆，萧旭岑在随访返台后出席活动，直言此行并未获得国民党全力支持。他甚至喊话蓝营高层，马英九不会参与未来任何选举，他知道国民党可能有人会认为马英九是不是想要再选党主席，“我想是不可能的事情。”虽然国民党立刻澄清，对马此行给予全力祝福，但一些蓝营中生代，对马访陆有不同意见也是事实。萧旭岑当时还提出，蓝白应联手废“反渗透法”，破除阻挡两岸交流的障碍，也没有得到国民党方面的积极回应，即使传出马朱会面对此已有共识，但国民党之后没有任何行动。一些蓝营人士不讳言，国民党对修法有不同态度，朱立伦当然是想走在蓝色偏中间大块的部分，甚至争取点浅绿，所以应对上格外小心，党中央才没一面倒支持修法。六月，赖清德在陆军官校创校百年校庆致词时称，“首战即终战”是投降主义，引发外界热议。此言被认为是针对马英九而来。萧旭岑直指，自访问大陆后，国民党现在和马英九的关系存在距离。他谈到，“赖清德很聪明的抓到马英九和国民党之间的距离感”，在这样打之后，只有自己出来替马回击，国民党反而宁可去谈立法机构改革、民生法案。事实上，赖这次隔山打牛，同时是在打国民党。要是国民党不认真面对这次状况，类似的“偷天换日”情形恐会更加严重。台前立法机构负责人近期两度与卢秀燕会面，被外界认为挺卢意味明显。（台湾媒体）
此后，国民党再度回应与马英九方面的沟通没有问题。但无可回避的是，马英九在16年前，拿下765万票被当时中间选民广为接受的两岸主张，现在在蓝营内部都已经被视为仅代表深蓝群体。比起16年前，最大的变化是岛内所谓的“中间选民”大有从浅蓝向浅绿方向移动的趋势。这是造成现阶段蓝营政治人物从当年追随马到现在与马存在距离的原因。而从马的两岸路线在岛内政治光谱中的位置变化，也从中一窥台湾当前的政治格局比起2008年他就任之初，也已发生天翻地覆的改变。事实上，就两岸主张言，朱立伦与卢秀燕并不存在距离，不构成马挺谁的关键因素，而他们与马对两岸关系的看法，却都有不小的距离。马阵营主张选务与党务合一，认为卢若志在大位，应当力拼党魁也未必是针对朱，而是针对所有志在领导国民党的蓝营人士。但后者罕见地对马阵营撂下重话，认为是在影响党内团结，反映的是蓝营现任领导者面对卸任领导者的谏言，因为意见分歧累积情绪的一次集中爆发。未来的国民党若不能统一思想，在两岸论述上依然含糊其辞、厘而不清，可以想见，这种党内大佬们各吹一把号的现象仍会存在。