[定心丸]塞浦路斯的“双毒合一”是个啥子鬼？
今天咱不兜圈子了，
开局就来个铁证如山啊~
请看下图，
这24个所谓的“混合毒株”，
它们就完全不在一根演化树分支上头……
——请品鉴：
↑ 上面是根据塞浦路斯1月7号上传的那24个测序记录生成的无根演化树（down sampled）。
其中每一个小圆点代表演化树上的一个测序记录，
不同的颜色代表不同毒株（可以参考左上角）
Omicron全都位于图右两点半方向；
Delta则位于图左，占了小半壁江山（没办法，这货毕竟当了很久的扛把子）。
然后问题就来了，
塞浦路斯所谓的发生了重组的24个序列（鲜红色小圆点），
全尼玛三不沾，
随机分布在Delta这一半演化树的不同分支上，
毫无规律可循~
用人话来解释，
这就是说这24个序列相互之间毫无亲缘关系，
用更浅显的人话来解释，
也可以说，
如果塞浦路斯这个实验室真的发现了Omicron/Delta重组的话，
那么他们就一口气发现了20多次独立重组事件
作为对比，
咱们来看看真正的重组毒株，
它们在演化树上是啥造型……
最近期的重读毒株，
应该是之前咱简单提到过一嘴的XC，
也就是起源于日本的Delta+Alpha缝合怪，
请看这里：[变异毒株]Delta时代的那些非Delta余孽们（下集）
——XC的演化树，请继续品鉴：
↑ 上面是选了24个XC测序记录生成的无根演化树。
24个鲜红色小圆点，
全都老老实实排在同一根演化树分支上~
（或者用黑话来说就叫monophyletic）
跟塞浦路斯那满演化树乱窜的24金刚形成了鲜明对比……
同样的思路，
稍微换个角度，
——请再品鉴这个excel表格（可能需要点开大图）：
↑ 上表首列是塞浦路斯公布的那24个序列，
首行则是这些序列里面跟Omicron相关突变。
24个序列里面，
有19个序列的涉嫌突变是刺突蛋白69/70del……
另外有5个的涉嫌突变则完全随机地分布在其他位点。
首先，刺突蛋白69/70del就不是啥特别稀罕的玩意儿，
市面上有差不多40种变异株的刺突蛋白69/70del发生比例超过80%。
——比如说，请品鉴：
↑ outbreak.info上面随手一截图就是这么多，
后面还有一长串，
但懒得翻页了，
各位将就看看吧……
然后呢，毫不意外，
Delta也会随机变出这玩意儿。
——请品鉴：
↑ 在Omicron面世之前，
已经有差不多4000多条带了69/70del突变的Delta了~
所以塞浦路斯实验室居然拿这玩意儿当做Delta+Omicron重组的实锤？？
这是有多么不熟悉业务？
当然，有的朋友眼尖，
可能已经看出来了，
4000个测序记录，
相对于Delta海量的数量而言，
其实比例很低（不过实际比例可能更高一点，原因后叙）。
但这一点恰恰就是最大的破绽。
各位你们想想，
现在这24个有问题的测序记录全都是Delta的底子（backbone），
还碰巧全都带了按说比例应该很低的69/70del突变，
结果它们居然还可以在演化树上各奔东西……
这尼玛到底是一种什么奇迹？
顺便一提，
至于剩下那5个夹杂了其他Omicron相关突变的测序记录，
它们互相之间的差别如此明显，
以至于又绕回到最开始的那个老问题（但这次甚至都不用对着演化树撸了）：
如果这是真的重组事件，
那就只能理解为，
塞浦路斯这家神奇实验室在短时间内发现了5次独立重组事件
来人啊，给塞浦路斯专家们上诺奖！
如果只是单纯扒皮的话呢，
其实最开始的那张演化树截图，
就已经足以实锤塞浦路斯这家实验室翻车了~
（正所谓，开局一张图，后面全靠吹）
所以下面部分各位其实可以看都不用看，
但也许各位会好奇，
这家奇葩实验室到底出了啥毛病？
很简单，
各位看看下面这篇预印本就清楚了~
——请品鉴：
这篇涉及的领域比较小众偏门，
不太容易翻译成大白话解释清楚，
所以咱尽量重新组织语言八卦两句吧……
总而言之，
这篇预印本发表于2021年9月份（Omicron还没出世），
说的是伯尔尼大学几位老师发现，
用桑格研究所ARCTIC V3全基因组测序规范去测序Delta的话，
经常会发生刺突蛋白NTD结构域几个突变位点测不出来的毛病。
原因在于，
ARCTIC V3是一种基于扩增子堆叠（amplicon tiling）的测序技术，
每个扩增子覆盖大概350bp的测序范围，
然后扩增子之间有大概20bp的重合，
再然后，每个扩增子片段测到的序列会由某种黑科技算法拼起来，
最后就变成了咱看到的全基因组测序结果。
但是对于Delta呢，
伯尔尼大学的老师们观察到一个蹊跷结果~
——请品鉴：
↑ 简单来说，他们首先发现了刺突蛋白69/70del这个突变，
在Delta身上很容易漏掉，
接着顺藤摸瓜，
发现是第72R号扩增子出了毛病（也涉及到73R），
最后他们发现，
整个72R号扩增子的覆盖范围，
都有可能被漏掉。
（各位感兴趣的话，可以去下面这个链接围观更详细的讨论：
https://virological.org/t/missing-g21987a-mutation-in-sars-cov-2-delta-variants-due-to-non-specific-amplification-by-artic-v3-primers/764/11）
上面括号里的那个链接，
太过于偏门，
强行搬运过来只会掉粉……
所以就这样吧，
这里只贴一下链接里面出现的，
生信领域顶流巨咖、Pango掌门人、爱丁堡大学Andy Rambaut老师的总结陈词，
——请品鉴：
72号扩增子面对Delta掉链子的情况，也许说明了同样的翻车事故正在整个生信领域不为人所知的角落里默默发生……
这事儿的来龙去脉就在于，
首先，塞浦路斯这家翻车实验室用的正好是ARCTIC V3规范，
（这很正常，全世界很多实验室都用的这玩意儿）
——请品鉴：
然后，上面已经解释过了，
用ARCTIC V3测Delta的时候，
整个amplicon 72R负责的范围都有可能拉胯，啥都抓不到。
但是，虽然正牌拉胯了，
可PCR扩增的车轮没法阻挡……
于是这个区域但凡有一丢丢痕量级的污染，
都有可能被无情地扩增……
所以最后让我们回头看看塞浦路斯这24个所谓的[混合毒株]，
最醒目的Omicron相关突变出现在什么位置呢？
是的各位你们没记错，
刺突蛋白69/70del
哈哈哈哈~
对此，本公众号头号熟客，
好心肠的帝国理工Peacock老师表示……
——请品鉴：
容在下补充一句——这事儿不应该算是实验室质控拉胯的问题——因为每一家搞新冠病毒测序的实验室都会时不时发生类似情况！ 而且当拭子CT值特别高（也就是说病毒滴度特别低），然后引物版本没及时更新的时候，这种糗事儿尤其容易发生……
但是各位，
Peacock老师他本质上是个毒舌怪啊~
所以上面那段公道话，
咱给他二次加工翻译一发，
言下之意其实是：
大惊小怪的塞浦路斯乡下人！
这种常见事故也就你们没碰到过！
还好意思满世界嚷嚷？
丢人丢到奶奶家了啊！
然而，很可惜，
塞浦路斯人已经走火入魔了……
他们选择了继续嘴硬~
——请品鉴：
哎呦喂这个世界可真是太魔幻现实了
最后补充两句，
虽然塞浦路斯这次几乎可以肯定是实验室翻车事故，
而不是重组实锤。
但咱并不认为Omicron和Delta没法发生重组。
刚好相反，
鉴于目前Omicron和Delta传播的迅猛程度，
以及两种毒株弱到伤心的交叉免疫程度，
再以及新冠病毒共感染时的重组事件频率，
这两者发生重组只是迟早的事儿，
而且很有可能已经发生过了……
只不过暂时没抓住实锤而已。