[抢个跑] 席卷纽约的BA.2.12.1，以及其他
前言
话说，各位，今天有点正事儿，只有很短一点空闲时间写公众号，所以昨天明明说好的两更三更，那都是在豁胖……今天可能只够勉强水一更
那么这一更的机会，咱就八卦八卦纽约的最新变异株BA.2.12.1吧，顺便再更新一点BA.4和BA.5的情报之类的，毕竟这玩意最对口，不用专门查资料，张口就可以随便吹。
另外，昨天说好的八卦欧洲不明原因儿童肝炎，但是呢，今天简单打听到了一些碎片信息，感觉情况比预想的复杂，再加上咱也不是学医的，要写这玩意儿只能纯靠搬运没法搞原创~如果料太少太散的话，勉强凑点东西出来容易翻车，反而不美~所以各位不如宽限两天，且容咱再探再报呗。
各位，咱首先例行划个胖，
BA.2.12和BA.2.12.1这俩，都是咱们这边提交的，
顺便还抢跑抢赢了纽约本土选手Raj Rajnarayanan老师~
（Raj老师他们也独立发现了BA.2.12.1这个分支，但抢跑速度慢了两天……）
其实，出现新的变异株完全不是啥稀罕事儿，
毕竟，只要新冠病毒还在传播，就随时在发生变异，
传播规模越大，变异规模也就越猛。
而BA.2.12.1这类变异株之所以有资格拥有姓名，
其实是因为大家出于方便，
而给变异过程中值得特别留意的某些分支赋予一个约定俗成的称呼而已。
那么BA.2.12.1相对于其他无名分支而言，
值得留意的点是啥呢？
第一，
这一点也是我们之所以能够率先揪出来这个分支，
并且认为有必要把它提交给Pango委员会的直接原因……
用人话来说，Omicron家族正在发生一场轰轰烈烈的趋同演化大戏，
全世界不同地方的多款Omicron，
都在2-3月份左右不约而同地演化出了刺突蛋白L452位点突变。
所以我们把近期冒头的，带有S:L452突变的分支给筛了出来，
其中已经拿到Pango官方命名的有：
BA.2.9.1：英国特产，特征定义突变S:L452M（以及其他9个保守突变）；
BA.2.12.1：北美特产，特征定义突变为S:L452Q（以及S:S704L）；
BA.2.13：比利时/荷兰特产，特征定义突变S:L452M（以及其他1个沉默突变）。
当然了，其他各方也提交不少，包括：
BA.4：南非特产，特征定义突变S:L452R；
BA.5：南非特产，特征定义突变S:L452R；
BA.2.11：法国特产，特征定义突变S:L452R（以及其他1个ORF1ab突变）；
已接收但暂未命名的某分支：葡萄牙特产，特征变异突变S:L452R（以及N:L211F）。
趋同趋到这种地步，也是没谁了……
不过呢，BA.2.12.1跟上述其他几个分支还不大一样。
具体而言：
首先，BA.2.12.1有流行病学意义上比较清晰的蔓延扩散路径。
它的上一代，也就是BA.2.12，
这货是典型的印度特产，
去年12月初就有了（几乎跟元祖版BA.2同期出现……），
然后输入英国，
接着扩散到欧陆；
而BA.2.12.1本尊则于2022年1月中下旬首先在加拿大阿尔伯塔检出，
之后扩散到美东各州，尤其在纽约站稳了脚跟。
然后，BA.2.12.1还有刺突蛋白双突变（L452Q和S704L）。
这里顺便解释一嘴，
大伙儿都知道，Omicron本身已经有很大一大堆突变了，
所以某些朋友可能会觉得奇怪，
为啥BA.2.12.1额外多出两个就值得留意了？
这是因为，Omicron一代目是体内持续养蛊模式养出来的，突变相对更容易累积（详见：《今日果·昨日因》）；
而BA.2.12.1这类子毒株，
基本都是抗原漂变的产物，
突变累积相对更困难，
同时更能体现当前的选择压。
两三个月时间漂变出来两个刺突蛋白突变，还是需要关注的。
其中，S704L也颇有点趋同的意思…
——请品鉴：
如上图，BA.1和BA.2几乎前后脚演化出了刺突蛋白S704，
并且BA.1+S704L（也就是BA.1.9，巴西特产）表现出了相对于BA.1的明显相对增长优势，
所以咱们当时担心BA.2+S704L也可能具有相对于BA.2的增长优势~
至于刺突蛋白L452，
上面已经提到了，
趋同趋得亲妈都不认识了……
并且L452Q本身更是老牌阴间突变（比如当初凶名赫赫的Lambda）……
所以，总结总结，
正是出于以上两点考虑，
我们第一时间提交了BA.2.12.1~
（并且出于流程需要，也顺便提交了BA.2.12）
第二，
这一点在我们提交时还不明显，
毕竟那时候市面上只有200来条序列而已，揣摩不出来啥增长趋势。
但仅仅过了16天，
这玩意儿在GISAID上的序列数量就飙到了2000条左右。
两周翻了八九倍可还行？
其中，美帝独占1400多条，
再其中，纽约独占800多……
——请品鉴：
总之，相对元祖版BA.2，
BA.2.12.1在美国大概就是这么一个增长优势……
——请品鉴：
当然了，照惯例，以上这个48%的数字有点水分，
我们私下算了下，
初步排除掉一些混杂因素之后，
BA.2.12.1三月份以来在美国相对于BA.2的增长优势差不多是10%左右；
另外，作为参考，
耶鲁Grubaugh老师基于康州数据算出来的增长优势则是这么个造型~
——请品鉴：
倍增时间10天左右，
相对于美国当前（4月15日）其他变异株的增长优势则是34%。
（解释一嘴，美国当前还有一些BA.1系列拖后腿）
顺便一提，最近有些朋友在后台提问：
BA.2.12.1多出来的L452Q（以及BA.4/BA.5多出来的L452R）会不会导致肺嗜性/致病性上升？
这个瓜显然还没熟……
耐心等几个月回来再吃也来得及~
但这个说法背后的信源，
也就是前段时间发表在Nature Signal Transduction and Targeted Therapy那篇Letter~
——请品鉴：
以上这篇咱就不搬运了，
因为……它的结论可能有点问题（不保熟啊）~
就咱这边知道的信息，L452位点的突变似乎不太能影响合胞效率、酶切效率和感染效率。
具体到Omicron的情况：
Omicron合胞效率更低，这个可能是刺突蛋白F375和H505两个位点的锅（东大佐藤老师的说法）；
Omicron酶切效率更低，这个可能是刺突蛋白S2多个突变位点共同作用的结果（UW Veesler老师的说法）；
Omicron改走内吞体则可能是刺突蛋白N969K突变的锅~
现在看来，L452的突变现在看来应该还是主打的免疫逃逸……
（而且Omicron本来就有肺嗜性~不然当初天津那42%的肺部病征是哪儿来的）
顺便八卦几句BA.4和BA.5的现状呗~
之前BA.4和BA.5一共在南非占了七成比例，
现在两边分家了，又是怎么样的造型呢？
——请先品鉴：
BA.4在南非豪登省的流行率，已然突破七成~
——请再品鉴：
BA.5在南非夸祖鲁纳塔尔省的流行率，也突破了六成~
划江而治了可以说是……
与此同时，
虽然南非最近检测严重不足，以至于确诊人数没法看，
但豪登省和夸祖鲁纳塔尔省的入园人数、检测阳性率和有效再生数却都有所上涨~
——比如说：
以上是豪登省和夸祖鲁纳塔尔省的入院人数，
明显可见，从3月中旬起，涨幅还挺明显。
——南非之外的情况：
以上是根据GISAID上传序列汇总的情况，
此外还有几个地区已经发现但暂时没上传，
另外还有些地方的病例PCR检测没发现，但污水检测却发现了……
总之就是突出一个稳步扩散吧~
当然，以上并不是最焦虑的~
最焦虑的情况可能是，
在BA.4和BA.5之后，
Omicron系列疑似又添了新丁……
这次出现在南非东开普省，
暂时序列数很少，所以不算实锤，
但是已经发现的序列，造型很焦虑……
大致上有点类似BA.1.1和BA.4的重组产物，
刺突蛋白出现了了P9L、K444N和E484T三个新增突变，
以及S446G和S496G两个回复突变，
此外还继承了BA.1.1的R346K，还有BA.4的F486L和R493Q……
——请品鉴：
这尼玛还有完没完了……